对皇太极来说，皮岛是一个战略要地，明将毛文龙曾据守此岛，并召集辽东逃亡军民，建塞设防，还时不时地到后金军的后院放把火，使皇太极经常感受到威胁。崇祯四年（1631年），皇太极曾对皮岛发动攻击，但以失败告终。此后，皇太极对皮岛就暂时没有采取强攻的办法，而是展开了“和平攻势”，他曾两次致信沈世魁进行劝降，但均没有成功。
尚可喜归顺后，广鹿岛及周边岛屿已归属后金，唯独剩下皮岛上还驻扎明守军，后金当然不会留有后患，皇太极就把攻打皮岛一事提上了日程。
在攻打皮岛之前，后金发生了一件大事，那就是皇太极建国称帝。天聪十年（1636年），皇太极搞了一系列举动。首先是把国号金改成了清，把年号天聪改为崇德，然后在沈阳皇宫大政殿举行了即皇帝位的典礼，最后又把女真改成了满洲。
清崇德二年（1637年）二月，皇太极乘征服朝鲜之余威，命令贝子硕托、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜攻打皮岛。从二月二日起，清军发起猛攻，但遭到皮岛总兵沈世魁的顽强抵抗，经过一个多月的争夺，清军也没能得手。(www.xing528.com)
这样下去也不是办法，于是皇太极又派出他的弟弟、勇猛善战的阿济格率军增援。清军改变了战术，决定兵分两路，一路从东侧佯攻；一路以八旗军主力从西北侧进行重点攻击。四月八日傍晚，海上大雾弥漫，清军乘机向皮岛发起总攻。
正当皮岛上的明军全力以赴反击从东侧进攻的清军时，从西北方向偷袭的清军主力部队已经登上皮岛。尽管明军进行了阻击，但为时已晚，再加上兵心不稳，迅速溃败。总兵沈世魁被俘，副将金日观阵亡。明朝廷为什么不派兵增援呢？其实登莱总兵陈洪范来救援了，但却没打，转了一圈又走了。后来沈世魁不屈而被杀。
崇德三年（1638年）二月，沈世魁的残部走投无路，自称总兵的沈志祥接受了皇太极的招降，率领军民2500多人归顺了大清。同年夏天，明朝兵部尚书杨嗣昌下令，将皮岛附近诸岛上的残留兵民，全部迁往宁远、锦州（今辽宁兴城、锦州），致使大连沿海诸岛几乎成了无人区。至此，明朝经营了十余年之久的辽东海上防线彻底告终了。
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