元朝初期，由于蒙古与金连年战争，导致大连地区人口减少，大片土地荒芜。因此，元朝废除金朝所设置的金、复二州，并入盖州路，后又并入辽阳路。至元二十一年（1284年），元朝在金州城设置金复州屯田万户府，并在城南设哈思罕千户所，属辽阳行省辽阳路管辖。1330年，金复州屯田万户府更名为哈思罕总管府，统领大连地区民政。在现在的青泥洼桥一带设哈思罕千户所，千户所下设百户所；在庄河沿海设有巡防百户，管理石城岛、王家岛等地。
元朝后期，以蒙古族贵族为主的统治阶级疯狂兼并土地，横征暴敛，挥霍无度。加上黄河河堤连年失修，多次决口，民不聊生。阶级矛盾和民族矛盾的极端尖锐化，终于导致了元末农民起义。以红巾军为主力的农民起义军沉重打击了元朝在全国各地的统治，为朱元璋最后推翻元朝创造了条件。而红巾军起义爆发不久，就迅即波及大连地区。在与元军、倭寇的拉锯战中，金州、复州等地多次被红巾军攻占。
至正十一年（1351年）五月，刘福通、韩山童等人领导的红巾军在安徽竖起讨元大旗，拉开了轰轰烈烈的元末农民大起义序幕。长期郁积在人民内心的怒火，以烈火燎原之势向全国迅速蔓延，不久就波及偏处东北一隅的辽阳行省。就在当年，进入山东的一支红巾军——淮安陈佑率领的队伍从登州渡海，登陆辽东半岛。
刘福通塑像(www.xing528.com)
这支红巾军计划向辽阳行省发展，他们曾重创元军，一度攻陷金州，但终因后无援军，势单力寡，无法坚持下去。被元枢密同佥老婼带兵攻击后，陈佑率领的红巾军只好渡海回到山东。红巾军的这次进攻虽然失败了，但是在陈佑攻陷金州之后，居住在辽西地区的部分蒙古牧民受红巾军大起义的影响，多次爆发小规模的反抗斗争。
红巾军并非因此而放弃辽阳行省。
1358年年底，分为三路大军的红巾军在围攻元大都计划失败后，中路红巾军开始东进，转战辽阳行省南部地区。红巾军首先攻下全宁，烧掉翁吉剌部的鲁王宫府，随后攻克大宁。红巾军继续东进，在1359年一举攻占辽阳行省省会懿州，杀掉元懿州路总管吕震和辽阳行省儒学提举赵洙。占领懿州后，红巾军派遣一支500人的小部队，南下攻打广宁，不过因为元军早有准备而失败。红巾军再派大军攻打广宁，围攻的人马排到数十里外。广宁城被攻破后，广宁路总管郭嘉被杀。几个月的时间，红巾军已占据辽西大部地区，包括元朝辽阳行省的政治中心懿州。红巾军在此建立地方政权，任命毛居敬、关先生（关铎）、破头潘（潘诚）、沙刘儿、朱元帅等将领为辽阳行省平章政事，准备把辽阳行省建成红巾军在北方的重要基地之一，为夺取元大都创造条件。
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