我国《刑事诉讼法》第3条规定：“对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。”分析可见，在我国享有刑事公诉权的就是检察机关。这种诉权分配在应付普通刑事犯罪案件时并无问题，但在应对环境犯罪时则显得力不从心。原因在于，许多环境犯罪往往具有科技含量高、隐蔽性强、被害人分散甚至不明确等特点，检察机关很难发现犯罪并行使诉权。而有条件承担这个责任的环境保护相关行政机关却又被排除在起诉权之外，这种诉权分配体系对于有效打击环境犯罪、加强保护环境是不利的。
反观国外，不同国家对待行政机关在环境犯罪起诉中的不同地位采取不同的态度，根据行政机关（主要是环保机关）在起诉时所处地位的不同而分为三种模式：
第一，独立的起诉模式。即国家直接赋予行政机关起诉权，如英国污染监测部门、水利局、地方机关负责环保法的实施及起诉工作。
第二，并行的起诉模式。即行政机关（主要是环保机关）与检察机关互相配合行使诉权，如荷兰。(www.xing528.com)
第三，辅助的起诉模式。有的国家则将环境犯罪公诉权赋予司法机关，由行政机关提供报告作为司法援助，从而加强环境犯罪案件的信息来源，如瑞典。[69]
综合国外司法实践，我们发现一个国家起诉模式的选择是一个多因素介入的结果，需要综合考量该国的宪政模式、行政机关和司法机关内部的人员结构、环境犯罪的发生现状等因素，据此，我国在界定环境犯罪诉权分配模式时也应当结合我国的国情。
于是有学者提出：“在我国环境刑事诉讼中，可以借鉴英国的做法，赋予环境保护部门独立的起诉权。”但笔者认为，就我国现阶段来看，这一想法也许难以实现。一方面，要重新调整现行司法机关的权力分配体制，对相关国家行政机关权力进行分配协调，这是一项巨大的工程；另一方面，我国现行环境保护专门行政机关“多而不协”，到底赋予哪个环境保护行政机关享有环境刑事诉权难以界定。现阶段先赋予环境保护机关以起诉建议权，起诉机关（检察机关）必须予以重视，在无充分证据证明可以拒绝时，则应予以采纳。等环境保护行政机关机构改革完成后，再通过《刑事诉讼法修正案》的方式规定由环境保护专门行政机关行使环境刑事诉讼起诉权。
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