立案管辖，又称职能管辖或部门管辖。是指公安机关、人民检察院和人民法院等国家专门机关之间在直接受理刑事案件范围上的权限划分。[5]按现行《刑事诉讼法》的有关规定，环境监管失职罪、徇私舞弊罪、动植物检疫失职罪等与环境问题有关的职务犯罪，由检察机关立案管辖。公安机关管辖的是污染环境罪等15项罪名，规定不可谓不明晰。但这样的规定，在实践中的可操作性是比较差的，原因就在于现行的《刑事诉讼法》修订的时间早于《刑法》，当《刑法》及其修正案针对环境犯罪进行修正时，《刑事诉讼法》还一成不变，它所规定的立案管辖条款，并不是专为环境犯罪而设的。
立案管辖中的一个主要矛盾就是公安机关和人民检察院之间的管辖牵连问题。典型情形是：一人所犯之数罪，分属公安和检察院管辖的，即出现交叉管辖时，是否需要合并管辖？若合并管辖，应当如何确定管辖机关？
对于上述问题，《六部委关于刑事诉讼法实施中若干问题的规定》第6条已给出了明显的解答：“如果涉嫌主罪属于公安机关管辖，由公安机关为主侦查，人民检察院予以配合；如果涉嫌主罪属于人民检察院管辖，由人民检察院为主侦查，公安机关予以配合。”这是对公安机关与检察机关对一人犯数罪出现交叉管辖时的规定，这一规定在理论上被称作“次罪随主罪管辖原则”。
虽然“次罪随主罪原则”在理论上便于理解，在立法上也有相关依据，但主罪和从罪之间区分的标准，相关的法律法规中却尚付阙如，司法实践中尤其是在立案前，“次罪”与“主罪”很难泾渭分明。特别是，公安机关和检察机关就环境犯罪案件都有较大的自由裁量权，容易出现抢夺管辖或推诿管辖的情形。
有学者建议设立一个专门的立案管辖机关对环境犯罪实行统一管辖，这样一来比较节约司法成本，符合诉讼经济原则，二来还免去了无法把握“主罪”和“从罪”标准的尴尬。[6](www.xing528.com)
上述建议有一定的合理性，但笔者并不赞同通过另设机关的方式来解决管辖冲突问题。首先，我国目前的环境犯罪案件的数量还没有多到足以设立自上而下、体系化的专门立案管辖机关。其次，这样的专门立案管辖机关只解决了公检机关在就环境犯罪案件出现交叉管辖时的冲突问题，却无法解决其他类型的管辖冲突问题。譬如一人犯数罪，数罪中公诉罪名与自诉罪名共存的复合冲突，[7]专门的立案管辖机关就显得无能为力。虽然这种专门就环境犯罪案件进行立案管辖的方式有利于提高诉讼效率，但却可能侵犯自诉人的诉讼权利，并且一旦被告人提出反诉则程序上会出现尴尬（专门的立案管辖机关不能作为反诉被告人）。最后，这一问题可以通过程序本身来解决，而不必另设一个新的部门。中国制度建设中的权力本位色彩依旧突出，总是“过度相信权力的设定与行使而不相信程序的作用”，[8]任何问题的解决或是制度的建立最终总要诉诸一个新的执法部门的设立而忽略程序本身的力量。[9]
通过环境刑事诉讼程序解决该问题的思路如下：
（1）在司法实践中，由于犯罪案件的复杂性，有时会遇到一人犯数罪，公检双方发生交叉管辖的情形，基于环境风险预防原则，建议只要数罪中有环境犯罪，就以环境犯罪为主罪来确定管辖。若一案中的数罪均为环境类犯罪，公安机关和检察机关均得行使管辖权时，案件由最先接受报案的机关合并管辖。总之，在解决立案管辖不明或有争议的问题时，必须从大局和有利于防控环境犯罪的角度出发，按照确定管辖的原则精神予以正确处理。
（2）公安机关或人民检察院在侦查环境犯罪的过程中，如果发现犯罪嫌疑人还犯有属于人民法院直接受理的罪行时，应先接受控告人的控告，并进行必要的调查，然后在人民检察院提起公诉时，随同公诉案件移送人民法院，由人民法院合并审理。侦查终结后不提起公诉的，则应直接移送人民法院处理。
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