从一般意义上讲，所谓功能是指事物的功效和作用，[38]而诉讼程序的功能，则是指诉讼程序各个组成部分及其相互之间的有机运作对人的行为和社会生活发展的实际影响。诉讼程序的功能不同于诉讼程序的目的，前者属于程序本身内部的结构性能力，是指诉讼程序对人的行为和社会生活发展的实际影响作用，属于实然性的范畴，后者是指立法者创制诉讼程序期望达到的社会理想，属于应然性的范畴，两者的价值内涵相异，但并不截然相对。其联系体现在：诉讼程序的目的是诉讼程序功能的根据和基础，诉讼程序目的的设定制约着诉讼程序功能的发挥，而诉讼程序的功能发挥无疑是诉讼程序目的得以实现的必备前提。
依此拓展开来，环境刑事诉讼的功能就可以界定为环境刑事诉讼制度和环境刑事诉讼活动对国家、社会、环境资源及社会成员所具有的功效和作用。环境刑事诉讼的核心目的就在于通过程序的运作，确定环境犯罪事实并正确适用法律来解决该刑事纠纷。为实现这一目的，环境刑事诉讼程序应当具备以下几种基本功能：
（一）权力制约功能
如果单从权力运行向度上看，环境刑事诉讼活动的结果在于实现国家刑罚权。而一旦国家为了发现刑事案件的真相应禁止实施哪些行为这一问题被提出，刑事诉讼法就作为一种建议之上的事物应运而生了。因此，刑法和刑事诉讼法实质上是对国家权力的抵制（限制）。[39]正如罗伯斯比尔所认为的那样：“诉讼程序，一般说来，不过是法律对法官弱点和私欲所采取的预防措施而已。”[40]
（二）交涉功能(www.xing528.com)
一般来说，程序起始于纠纷，而纠纷的本质是关于问题处理意见的矛盾。程序就是为了沟通意见并使意见达成一致。当事人有权利进行意见的讨论、辩驳和说服，并且是直接参与、充分表达、平等对话以达成“合意”，集思广益，促进理性选择的效果。[41]虽然，环境刑事诉讼程序与其他纠纷的解决程序在相互交涉的内容和交涉的空间上有所差异，但交涉功能仍不失为其不可或缺的重要功能。
（三）整合功能
通过环境刑事诉讼程序来追究环境犯罪，必须解决两个方面的问题：一是犯罪事实的认定，二是法律的适用。这就要求环境刑事诉讼程序应当具备整合功能，具体而言包括两方面：一方面是事实整合功能。由于环境犯罪案件的隐蔽性以及时间的一维性，进入环境刑事诉讼程序的事实可能并不完整，这就要求程序必须具备将碎片化的、不确定的事实整合为系统的、确定的事实的功能。另一方面是法律整合功能。法律整合是在法定程序下适用于具体案件的法律生成，其功能体现在将抽象、普遍、分散的法律规范合成一个具体的、有机的法律规范系统。
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