如前所述，为了惩治环境犯罪，国家权力的介入成为必然，相应地就会对公民的个人自由造成严重的威胁；而要伸张和保障公民自由，就要对国家权力加以制约，这反过来又削弱了国家惩治环境犯罪的能力。正如丹宁勋爵指出的那样：“人身自由必定与社会安全是相辅相成的。每个社会均须有保护本身不受犯罪分子危害的手段。社会必须有权逮捕、搜查、监禁那些不法分子。只要这种权力运用适当，这些手段都是自由的保卫者。但是这种权力也可能被滥用，而如果它被人滥用，那么任何暴政都要甘拜下风。”[29]
在环境刑事诉讼程序涉及的国家权力中，侦查权是最突出的具有侵犯性的权力，其运行过程中对侦查相对人可能造成的权利侵犯更为严重。因此，在侦查权的适用过程中有必要对其进行一定的限制和规范。而行政法领域中的比例性原则作为现代国家权力自我约束机制，就有了被移植并内化的必要。
比例性原则原是行政法领域中的帝王条款，又被称为“最小侵害原则”“禁止过度原则”“相适应原则”或“平衡原则”，[30]无论称谓如何变换，其基本含义都是指行政机关实施行政行为时，应当考虑行政行为手段和目标之间的关系，将权力的运行规制在一个合理的框架内，以避免权力的无序行使和恣意妄为，同时兼顾其所代表的公共利益和所影响的行政相对方的个人利益；如果为了达到维护或增进公共利益的行政目标而不得不限制和剥夺行政相对方的合法权益与自由，应当选择对行政相对方损害最小的行为方式或方法，以使其试图维护和增进的社会公共利益与其损害的行政相对方的合法权益保持在合理的比例范围内。用德国行政法大师芙莱纳的话说，就是“不可用大炮打小鸟”。[31]
为了阐明比例原则所包含的内容，学者们通常将比例原则细分为以下三原则：
第一，适当性原则。适当性原则，又称妥当性原则，是指行政机关所采取的行政行为必须是为了实现合乎法律要求的行政目标，并且是有助于实现特定行政目标的正确行为。如果一项行政行为的作出不是为了达到法定的目的或无助于达到法定目的，则违反了适当性要求，从而违反了比例原则。依照德国联邦法院的解释，只要该行政措施或行为能够部分地有助于实现该目的，即不违反适当性原则。
第二，必要性原则。必要性原则，又被称为最小侵害原则，它是指行政机关在有多种方式达到同一行政目标时，在不违背或减弱所追求目的的效果之前提下，要保证所要采取的手段在诸种可供选择的手段中是最温和的、对行政相对方侵害最小的。(www.xing528.com)
第三，法益相称性原则。又称相当性原则，学界有时也称之为狭义的比例原则，是指行政机关所采取的行政手段给行政相对方造成的损害或不利影响，不得超过其所追求的行政目标包含的公共利益，干预的严厉程度与理由的充分程度之间要非常成比例。如果行政行为为了较小的公共利益而侵害了较大的个人利益，则不符合比例性原则的要求。
在环境刑事诉讼程序中，比例性原则要求环境司法机关的司法行为必须公允适当、具有合理性，根据环境违法行为的情节轻重、后果大小，选择合理的处罚标准，合理使用审判权。
第一，在环境刑事诉讼的启动程序中尽可能避免和限制强制性措施的适用，尽量采用非强制性的侦查手段。如果一定要使用强制性措施限制，应保持必要的限度。
第二，实施司法审查制度是在环境刑事诉讼程序中贯彻分权制衡原则的需要，也是实现正当程序主义理念的需要，更是保障侦查相对人人权的需要。
第三，完善环境刑事诉讼程序中的程序性责任，加强对司法机关非法行为的程序性制裁。
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