根据有关文献如《明史》、《明会耍》等书所载，明代官府藏书多为朝廷所颁赐。如永乐十五年（1417）四月，赐南京、北京的国子监、六部衙门书。又据邱溶的《访求遗书疏》谈到其时两京的国子监所藏除朝廷颁赐之书和原贮书版外，其余藏书数量不很多。所以现在很难钩勒出一个大致的轮廓，明周弘祖所撰《古今书刻》一书，虽然主要列举是中央官府机构和地方官府府州学的刻书，《江苏刻书》则记载了明永乐十八年（1420）迁都北京以前内府及各部院以及迁都北京以后南京部院的刻书，这些不妨视之为这是中央各部院和各地方官府的基本藏书。从这个书目中可以看出数字多寡不均，但亦可窥一斑而见全豹。
《皇明祖训》一卷，洪武间刊本（黄绫包背装）。
《洪武礼制》一卷，洪武间刊本（黄绫包背装）。
《诸藩诏敕》一卷，永乐二年（1404）刊本。
《永乐十三年会试录》一卷，永乐十三年（1415）刊本。
周弘祖《古今书刻》所录礼部（明成祖迁都北京后之礼部）刊书有：《大狩龙飞集》、《大礼集义》、《历科会试录》、《历朝登科录》、《素问钞》。
《补要袖珍小儿方论别集》十卷，《小儿痘疹方论》二卷，万历二年（1574）刊本。
《明宝训》四十卷，万历三十年（1602）刊本。
都察院为检察机关，主管弹劾官员、审理重大案件，明以前称御史台，洪武十三年（1380）改御史台设都察院。以都御史为长官，以下有副都御史、佥都御史、监察御史等属官。截至嘉靖、隆庆间，周弘祖所见都察院刻书有《史记》、《文选》、《潜夫论》、《杜诗集注》、《诗林广记》、《千家注苏诗》、《盛世新声》、《唐音》、《服仙神奇秘谱》、《玉机微义》、《诗对押韵》、《武经直解》、《孝经注疏》、《适情录》、《算法大全》、《琴韵启蒙》、《三国志演义》、《水浒传》、《千金宝耍》、《太平乐府》、《悟真篇》、《玉音海篇》、《七政历》、《毓庆勋懿集》、《雍熙乐府》、《烂柯经》、《万化玄机》、《披图测海》、《中原音韵》、《参同契》、《王氏藏集》、《杜研冈集》等三十三种。值得注意的是，都察院所刻有当时流行的通俗小说《三国志演义》和《水浒传》等。而都察院刻本《水浒传》是中国小说史上有关这个版本的唯一记载，颇值得重视。另《江苏刻书》载南京都察院于崇祯五年（1632）刊《唐策》。
国子监为明皇朝的教育管理机构和最高学府，并兼管书籍刊印，所印书籍称监本。明成祖朱棣迁都北京后，设国子监，南京国子监仍保留。周弘祖所见北京国子监刊书有《临川文集》、《淮海集》、《东莱集》、《樊川集》、《四书》、《书传》、《周易》、《四书集义》、《论语白文》、《孟子节文》、《周易音训》、《通鉴正误》、《丧礼》、《古史》、《西林诗集》、《韵略》、《青云赋》、《务本书》、《楚词》、《外篇衍义》、《忠经》、《幼小方》、《珍珠囊》、《唐诗》、《诗对押韵》、《玉浮图》、《字苑撮要》、《本草方》、《朱子语略》、《孟四元赋》、《小学》、《脚气治方》、《国子监志》、《山海经》、《官箴》、《四书抄释》、《仪礼图解》、《诗韵图谱》、《四时候气图》、《大都志》、《世史正纲》等四十一种。从书目看，经史并不著录，其余内容较为广泛。
南京国子监为明太祖建都南京所设置，成祖迁都北京后，南京仍设国子监。明初朝廷以行政命令征调杭州西湖书院所藏宋国子监书版与元杭州西湖书院所刻书版，为数在二十余万片，而且这些书都是宋元旧版，一加整理，不啻化身千百，是相当可贵的一批藏书。据周弘祖所载，南京国子监刊书数量很多，举例而言，《孝经》即有《孝经集解》、《孝经明解》、《孝经注疏》、《玄宗孝经》、《鲁斋孝经》、《范氏孝经》等多种。《大学》有《大学丛说》、《大学白文》、《鲁斋大学》等多种，由于数字较多，兹略分类举其数以见一斑：经部书有《孝经集解》等五十四种；子部书有《颜子》等二十种；史部书有《史记》等四十种。从书目看，明以前诸史皆全，通鉴类即有《资治通鉴》、《通鉴纲目》、《通鉴音释》、《通鉴问疑》、《通鉴外记》、《通鉴释文》、《通鉴前编》、《通鉴外记》、《通鉴释文》、《通鉴考异》、《通鉴纪事本末》等多种。集部书有《雅颂正书》、《皇明文衡》、《曾文质公集》等诗文集三十种。此外尚有《玉海》等杂书九十一种、《大明令》等本朝书十三种及《四箴书体》等法帖九种。从这些数字看，周弘祖所列南京国子监书目，有相当部分属利用征调自杭州西湖书院书版而印。如史部书，南京国子监所藏刻有著名的“二十一史”，其中《宋书》等七种为宋刻，辽、金两史翻刻元版，宋、元两史出自明刻，其余十种皆为元刻为有名的“三朝本”。
而据《江苏刻书》，南京国子监除利用元杭州西湖书院旧版印成著名的三朝本“二十一史”外，自成化至万历年间尚刻有不少史书和其他书，刊刻皆有年号可稽，其目为：
《史记集解索隐正义》一百三十卷，万历二十四年（1596）刊本。
《前汉书》一百卷，嘉靖九年（1530）刊本。
《后汉书》九十卷；《志注补》三十卷，嘉靖八年（1529）刊本。
《三国志》六十五卷，万历二十四年刊本。
《晋书》一百三十卷；《音义》三卷，嘉靖十年（1531）刊本。
《宋书》一百卷，万历二十一年（1593）刊本。
《南齐书》五十九卷，万历十九年（1591）刊本。
《梁书》五十六卷，万历三年（1575）刊本。(www.xing528.com)
《陈书》三十六卷，万历三十六年（1608）刊本。
《北齐书》五十卷，万历七年（1579）刊本。
《周书》五十卷，万历十六年（1588）刊本。
《隋书》八十五卷，万历二十三年（1595）刊本。
《南史》八十卷，万历十九年刊本。
《北史》一百卷，万历二十一年刊本。
《唐书》二百五十五卷；《释音》二十五卷，嘉靖三十七年（1558）刊本。
《五代史记注》七十四卷，万历五年（1577）刊本。
《宋史》四百九十六卷，成化十六年（1480）刊本（系成化十六年粤东朱英刻，嘉靖三十六年补刻）。
《辽史》一百六十卷，嘉靖八年（1529）刊本。
《金史》一百三十五卷，嘉靖八年刊本。
《十三经注疏》三百三十五卷，万历二十一年（1593）刊本。
《古史》六十卷，万历四十年（1612）刊本。
《子汇》二十四种、三十四卷，万历五年（1577）刊本。
《漕河通志》十四卷，万历问刊本。
《两汉纪》六十卷，万历二十六年（1598）刊本。
《真文忠公续文章正宗》二十卷，万历间刊本。
《朱子语略》二十卷，弘治四年（1491）刊本。
以上数字与书目可证南京国子监所刻书数量很多，而且从明初延续后明晚期，刊书一直未停止，而且上列数字不全，若仅以今之样书而言，南京国子监的藏书数量和质量皆在中央各部机构之上。此外，南京吏部、兵部、钦天监、工部、太医院、南京提学察院等也都刊有数量不等的书籍。如钦天监所刊《大明永乐十五年岁次丁酉大统历》，为永乐十四年（1416）刊本，用黄绫包背装。是书封面上均印有“大明口口x x年大统历”，并钤有红色印记，文曰：“钦天监奏准印造大统历日颂行天下，伪造者依律处斩，有告捕者，官给赏银五十两，如无本监印信，即同私历。”书后并刻有监正、监副、治理历法官姓名，以示书乃官印。从此书略可见明官书体制和对官印书籍管理之严峻。以此推论弘治问邱溶在《访求遗书疏》中所言两京国子监虽设典籍之官，但所收藏执掌只是累朝颁赐之书及原贮书版，别无其他书籍，恐未确。亦有可能此等情况后来有所改进亦未可知。
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