私家藏书，聚之唯恐不多；既聚多，又恐流失而传之不久。故历代藏书家均煞费苦心，采取各种措施，对图书妥加收藏保管。在这一方面，元代藏书家与前代相比，在对图书的保管方法与技术上更加前进了一步。
为了有效地收藏、保管图书，元代藏书家承继前代藏书家的做法，专门造室筑堂置放图书，并取以表示自己情趣、志向的室名、堂名、书斋名，兼作读书治学、会客聚谈之所。如回回人马薜超吾“平生薄嗜好，好读书，所蓄几万卷，侨居豫章（今江西南昌），辟楼鹤轩之左，悉置书于其上，而以‘书垒'名之”。于是“书垒”之名闻于时。[37]剡县（今浙江竦州）王琰（1295〜1353），字汝圭，号屏山，参加延祐科举不中，遂绝意仕进，“择所居静旷隙地，面山筑室，题曰‘屏山'，因以自号……堂左为斋，贮书万余卷，扁曰’训经[38]。鄞县倪可与（1324～1376），家藏图书万卷，手校雠不倦，匾其藏书室日“履斋”[39]。元末萧山藏书家贾性之，筑室一区在阛阓之中，集古今图书以为燕游接客之处，王祎（1322～ 1373）题其斋室名曰“市隐”[40]。此种例子举不胜举，据分析统计，在一百二十七名元代藏书家中，有确切名称用以度藏图书的室、堂、斋约占总数的三分之一多。
在元代藏书家建造专以贮藏图书的室、堂、斋时，还往往借鉴前代藏书家经验，注意防止图书潮湿霉变，把图书藏于高楼之上，甚至专门筑楼以藏。如临海（今属浙江）陈孚，字刚中，号勿斋，历任上蔡书院山长、翰林编修、翰林待制。世业儒，自祖父梦间起筑楼藏书，名之“万卷楼”，大德间孚又新作之。楼上东西二间贮书，中间用以接待宾客，楼下为家族子弟修业之所，聚书多至万卷以上[41]信都（今河北冀县）吴钧，字元播，出身世宦之家，性喜书。晚侨居吴兴，筑楼沰溪岸边，北枕苍、卞、金盖、玉几诸山，命日“南楼”，且以自号，置书万卷其上。[42]纵观元代私家藏书，很多采用楼上贮书，楼下或为接客访谈，或为延师教子孙之处，故以万卷楼、某某楼命名的藏花楼颇多；这既有利于防水防湿，避免损坏图书，亦利于日常笄护，不使外人和孩童轻易接触。
如果说避免图书水浸霉变与鼠噬虫蛀是消除损耗图书严重隐患的重要方面，那么防止火灾则是免除图书遭到毁灭性破坏的必要措施。值得一提的是，元代藏书家们在建造藏书室、堂、楼时，已注意到防火安全措施。如上文所述经陈孚祖孙几代修筑成的“万卷楼”藏书楼即为一例。据载，是楼“为盈者五，东西两偏皆实以书，虚其中以为宾客之所登览”。书楼“宏壮而亢爽，四面溪山，环绕如拱，下临广池，荷芰交茂”[43]。另一藏书家维扬陈季模于所居扬子江心的马驼沙筑藏书楼，置放其家旧藏与新购得的五万卷图书，楼前凿池储水，楼后万竹森立。[44]这样的建筑，可说是独具匠心。既做到环境幽静优美，又注意到了防火安全措施。
为了防火，一旦发生火灾能及时得到充足水源，元代一些藏书家还选择临溪面水之处建造藏书楼。如鄞县胡琪（1250～1322）将所聚书“构精舍小溪上”[45]；常熟徐元震（1309～ 1355）营别业于松江笠泽之上，聚书数千卷。[46]
由于元代藏书家在筑楼藏书时已比较注意防火，故在关于元代私家藏书散佚的文献资料中，很少有被毁于火的记载。[47]与此相比，宋代这方面的记载就较多，很多当时著名的藏书家如宋绶、宋敏求、晁说之、李淑、叶梦得、李光等等的贼书都烬于火。这说明元代藏书家的藏书对于防火所采取的措施方面，比前代要前进一步，也取得了明显效果。
有元一代社会动荡，战乱不断，兵匪盗贼肆虐。宋末元初著名文献学家、大藏书家周密，在其所若《齐东野语》卷一二《书籍之厄》中，总结了历代公私藏书图书散佚损毁情况后认为，随牛弘靖请开献书路，极论兴废，述五厄之说，其中兵火为最甚。而就元代而言，兵祸之患尤为大。为此，元代一些藏书家为使图书免于兵祸与防止偷盗，还特地开辟石室以藏图书。钱塘张雨（1277～1348），晚居三茅观，修玄史，历记道家高士，作黄段楼以藏古图书。又作水轩于浴鹄湾，在楼南数十步作藏书石室，集防火、防盗两用于一室。[48]真可谓别出心裁，用心良苦。
元代另一辟石室藏书的是著名学者胡三省（1230～ 1302）。胡三省，字景参，改字身之，号梅涧，台州宁海（今属浙江）人。曾师从王应麟，承父遗命为《资治通鉴》作疏证。几经反复，书成。宋末，饱尝元兵侵扰之苦，曾避兵乱于他乡。人元退居鄞。性喜聚书，为避兵乱，筑窖藏书。全祖望撰有《胡梅涧藏书窖记》[49]，所记颇详。至元二十六年（1289），宁波发生兵乱，胡三省因将图书藏于石室中得以幸免。(www.xing528.com)
元代藏书家对所藏图书编制目录不是很普遍，也没有如宋代晁公武、尤袤、陈振孙等这样著名的目录学家与私家目录学著作传世。但元代藏书家也做了一定的工作，并有其特点，其中做得最好、最有特色的当推上海庄肃。
庄肃，字恭叔，一作幼恭，号蓼塘，积书七八万卷，自编有《庄氏藏书目》。其分类办法是，于经、史、子、集外，复列山经、地志、医卜、方技、稗官、小说六目，合为十类。以甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十门标列。[50]除此之外，元代著名书法家陆友对其众多的藏书，第其箱帙，部分类别，编成《陆氏藏书目录》，故其图书上自经史传记，下至权谋数术、汜胜虞初、旁行敷落、百家众技之文，栉比而麟次，井然有序。[51]
见之于记载的元代私家目录还有袁桷，先将兵燹后幸存的家藏图书编为《袁氏旧书目》，将自己新搜购之图书编为《袁氏新书目》。[52]汲县王悻（1127〜1304）校勘其父天铎所遗藏书数千卷，编有《王氏藏书目录》。[53]岳飞五世孙岳自修（字德敏）编有《岳德敏书目》[54]等。
在对图书的收藏保管方面，还值得一提的是上面介绍过的将领出身的藏书家贾辅。贾辅在战乱中得到各种图书数万卷以后，筑万卷楼以贮之，郝经在为贾辅所撰的《万卷楼记》中详述其分类置放图书的情况云：
楼既成，尽以卷帙置其上而为之第，别而为九：六经则居上上，尊经也；传注则居上中，后传也；诸子则居上下，经之余也；历代史居中上，亚六经也；杂传记居中中，次史也；诸儒史论居中下，史之余也；先正文集及诸著述居下上，经史之余也；百家众流、阴阳图籍、山经地志、方伎术数则居下中，皆书之支流余裔也；其法书名画则居下下，艺成而下也。栉比鳞次，商切星汉。[55]
贾辅的这种分别类次、按类置放图书的分法，基本上是按照当时通行的经、史、子、集四部分类法，加以适当改变。但作为一武将出身的藏书家，能将图书安放得如此部类分明、井然有序，说明其有较深厚的文献典籍知识。而如此收藏置放图书，无疑十分便于保管、检索，也能防止散失。
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