宋代中央官方藏书最主要的机构是三馆和秘阁。三馆指昭文馆、史馆、集贤馆，其名始于唐代，称弘文馆、史馆、集贤院，分隶于门下省、中书省。五代后梁建都于汴，贞明中，以左长庆门东北小屋数十楹为三馆。赵匡胤称帝之当年，建隆元年（960）二月，改弘文馆为昭文馆。太平兴国二年（977），宋太宗幸三馆，看到是处“湫隘卑痹，仅蔽风雨，周庐微道，出于其旁，卫士驺卒，朝夕喧杂”。于是“顾左右曰：'岂是以荐天下图书，待天下之贤俊？’即日诏有司度左升龙门东北车府地为三馆”。太平兴国三年建成，诏“以三馆新修书院宜为崇文院”[14]。经过改建后的三馆总称崇文院，院的东廊为昭文书库，南廊为集贤书库，西廊为史馆书库。史馆书库内又分经、史、子、集四个书库。这样，崇文院三馆共有六个书库。端拱元年（988）五月，又在崇文院中堂建秘阁。淳化三年（992）五月，诏增修。八月秘阁成，太宗亲飞白书“秘阁”为额。[15]自此，秘阁新增成为一重要的中央藏书机构。
三馆与秘阁作为中央专门的藏书机构，如上引太宗语主要是“以畜天下图书，待天下之贤俊”。而三馆秘阁中以史馆藏书为主。史馆不独藏史书，还藏经部、子部、集部图书，这从上文所述史馆分经史子集四个书库可得知。而且，史馆所藏图书最多、最全。宋初，不管是征收的南方各国图书，还是各地进献或收购来的图书，或者大臣著述之书，都先送史馆收藏。如乾德四年（966）五月，右拾遗孙逢吉奉诏至成都收蜀图书法物，所上图书，"付史馆”[16]。开宝九年（975），江南平，所得图书二万余卷亦送入史馆。[17]乾德四年闰八月，"诏购亡书，凡进书者先令史馆点检，须是馆中所阙，即与收购”[18]。可见收购图书以史馆有无为取舍标准。《宋会要辑稿·崇儒》五之一九设有“献书升秩”一栏，其中自太平兴国五年至神宗元丰三年（980〜1080）三馆、秘阁并入秘书省前，各地献书共六十次，对所献书籍收藏处置有明确记录的二十次（其余四十次未载收藏于何处），而命收藏于史馆的最多，有十次，占有记载的二分之一；命收藏于秘阁者六次，其余笼统称收藏于崇文院、饰阁。这都说明，宋代三馆秘阁藏书以史饰为主，不但数量多，且范围广、图书全。
如果说，史馆是宋代中央藏书机构藏最多的基本书库的话，那么，秘阁就是宋代中央藏书机构的特藏书库。其端拱元年（988）建立之初，“择三馆真本书籍万余卷及内出画、墨迹藏其中。凡史馆先贮天文、占候、谶纬、方术书五千一十二卷，图画百四十轴，尽付秘阁”[19]。从这条记载中可以看到，秘阁藏书大致包括三个方面：一是原藏三馆中的真本书籍。所谓真本，是经过校定的“定本”图书。如仁宗天圣四年（1026）十一月，翰林侍读学士、判国子监孙奭上疏说：“诸科举人，惟明法一科律文及疏未有印本，是致举人难得真本习读，乞令校定镂板颁行。”[20]二是书画真迹。这除了上引秘阁建立之初，宫中后苑”内出画、墨迹藏其中”外，以后，凡搜访得到的与臣民所献的书画墨迹也都藏于秘阁。如至道元年（995），裴愈使江南、两浙诸州寻访图书，得古书六十余卷，名画四十五轴、古琴九及王羲之、怀素等墨迹共八本，藏于秘阁。[21]咸平三年（1000）四月，直昭文馆勾正中上石本大小篆、八分三体书《孝经》，亦藏其书于秘阁。[22]皇祐四年（1052）二月，宗室右屯卫大将军克继上夏竦所集字学书《古文韵》六卷，“仍以其书送秘阁”[23]。三是有关天文、占候、谶纬方术之书。在宋代，最高统治者害怕百姓利用天文、占候、谶纬、方术之书蛊惑人心，造谣生事，危害封建统治，故对此类图书作为禁书。太祖开宝五年（972）即下令，“不得藏于私家，有者并送官”[24]。太宗即位后，又“令诸州大索明知天文、术数者传送阙下，敢藏匿者弃市”[25]。而秘阁就成为专藏这类图书的处所。除此之外，秘阁还收藏御制、御集、诗赋等图书。
三馆和秘阁作为国家图书馆除了收藏图书外，还负责官方图书的编纂、校勘工作。同时也是储养名流俊贤、培养两制、执政、宰相等高级官僚的场所。而三馆秘阁由高级官僚为首组成的管理人员和负责日常工作的官员总称“馆职”。馆阁官最高等的是昭文馆大学士、监修国史、集贤殿大学士，均为宰相兼领与所带职名。高等官直接领馆事的有直昭文馆、史馆修撰、直集贤院、集贤院修撰、直秘阁等等，详见下表：
北宋前期馆职表(www.xing528.com)
北宋神宗元丰（1078〜1085）初年，对官僚机构与制度进行了一次重大改革，三馆与秘阁并入秘书省。据《玉海》卷一二一记载，宋初秘书省只有“判省事一人，以判秘阁官兼，惟掌常祭祝版”，即负责一般祭祀用的祝文的撰写。三饰与秘阁并入后，由其长官“秘书省监掌图籍国史、天文历数之事。少监为之贰而丞参与之”。除此，其属官大致有著作郎、著作佐郎、校书郎、秘书郎、秘书省正字等。全面负责原三馆、秘阁的“掌典籍之事”，其中图书收藏保管即“刊写分贮集贤院、史馆、昭文馆，秘阁图籍则秘书郎主之”[26]。此后，至北宋灭亡，秘书省机构及职能一直未变，政和五年（1115）八月，还于左藏库新建秘书省。北宋灭亡后，重建的南宋政权于绍兴元年（1131）高宗驻辟越州（治今浙江绍兴市）时“始复秘书省”[27]。绍兴二年，移跸临安府后，秘书省先临时寓于宋氏宅院，后迁至油车巷东法惠寺。在法惠寺大殿后新建中厅三间，厅后主廊一间、堂五间。中厅之南又建屋十三间作为藏书库。之后，随着宋金对峙局面的形成，绍兴宋金和议的签订，南宋政局渐较稳定，经济、文化事业也得到迅速恢复发展。绍兴十三年十二月，秘书丞严抑上书言：“本省藏祖宗国史、历代图籍，旧有右文殿、秘阁、石渠及三馆四库。自渡江后，权寓法慧寺，与居民相接，深虑风火不虞，欲望重建，仰副右文之意。”于是，重建秘书省于天开巷之东，以故殿前司寨为之。宋高宗亲自书“右文殿”、“秘阁”两榜。[28]新建的秘书省规模宏大壮丽，东西三十八步，南北二百步。对此，时人陈唳的《南宋馆阁录》有详细介绍，其建筑大致分三部分：一是大门至石渠前。所谓石渠是一条长五丈、宽一丈的石砌水渠，这部分包括右文殿、秘阁、道山堂，共五十七问；二是石柒后面东廊，凡四十二间；三是石渠后面西廊，凡四十三间。东西二廊两部分及大门至石渠前三部分建筑群中，除了秘书省官员办公处所与亭台等点缀性建筑外，有多处贮藏图书、书画、碑刻的书库。下面将南宋秘书省各处书库面积（间）、位置及收藏情况列表如下：
①《南宋馆阁续录》卷三《储藏》载秘阁书库藏有书画一千二百零九轴，四十六册，太上皇（高宗）圣政、日历等等。据此，秘阁书库带有当代档案馆储藏档案材料的作用。
从上表所列可以看到，南宋秘书省作为图书管理机构，其藏书职能十分明确、突出。藏书书库、处所分别位于秘书省建筑群前半部分、后半部分东西两廊各处，分工明确，不愧是国家图书馆。
嘉定六年（1213），南宋秘书省“以积久颓敝”，曾进行过一次较大规模的修缮，历时近二年，费钱九万余贯，“中外一新”。绍定四年（1231），因居民遗火延燎，秘书省仅存著作庭与后园。是年，经朝廷批准，进行了重修。这次费钱三十五万贯，规模一如旧式。[29]此后，一直到南宋灭亡，秘书省都是国家的图书管理机构和藏书处所。
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