东汉末年的董卓之乱，使得中央机构所藏典籍，靡有孑遗。魏、蜀、吴三国的官府藏书，是在经历了东汉末年的社会大动乱之后，逐步恢复和发展起来的。赤壁之战以后，随着三国鼎立局面的形成，社会稍趋安定，各国便开始了对图书的搜求和典藏。
曹操在这方面表现最为积极。他是位很有远见的政治家，“雅好诗书文籍，虽在军旅之中仍手不释卷”[1]，“外定武功，内兴文学”[2]。他的儿子曹丕、曹植都博览群书。曹氏父子周围聚集了不少爱书之人，袁涣便是其中之一。建安三年（198），曹操破吕布，让众官军收集战利品，“使取布军中物，唯其所欲。众人皆重载，唯涣取书数百卷，资粮而已”[3]。袁涣舍财而独取书籍之举，深得曹操赏识。后来他任郎中令，行御史大夫事，还建议曹操收书，说：“今天下大难已除，文武并用，长久之道也。以为可大收篇籍，明先圣之教，以易民视听，使海内斐然向风，则远人不服可以文德来之。”[4]曹操对此表示赞同。建安五年（200），曹操在官渡之战中打败了袁绍，“尽收其辎重图书珍宝”[5]，这充分体现了曹操对图书收集工作的重视。曹操利用各种形式搜求图书，为曹魏官府藏书的发展奠定了基础。《隋书·经籍志》总序其事曰：“魏氏代汉，采掇遗亡，藏在秘书中、外三阁。”
为了典藏图书，曹操建立了秘书中、外三阁，并建置了一套完整的主管官府藏书的机构，其长官为秘书令，典尚书奏事，兼学图书秘籍。曹丕立魏代汉，于黄初元年（220）将秘书令改为秘书监，学艺文图籍之事，下设秘书丞、秘书郎、校书郎等官员，从事复校残缺、正定脱误的工作。掌管图书的官员，多为当时著名学者。如魏文帝时，担任秘书监的，有号称“儒宗”的王象；担任秘书丞的，“博学多才”的薛夏、“好学有才”的贾洪。魏明帝时，王肃为秘书监，兼崇文观祭酒。
史载这一时期的文教事业，有道：“至黄初元年之后，新主乃复，始扫除太学之灰炭，补旧石碑之缺坏，备博士之员录，依汉甲乙以考课。申告州郡，有欲学者，皆遣诣太学。”[6]
蜀汉也对图书进行积极的搜求，据《三国志·蜀书·许慈传》载：“先主定蜀，承丧乱历记，学业衰废，乃鸠合典籍，沙汰众学。”并且依照汉制，建置东观，典藏国家图书，设有东观郎、秘书令、秘书郎等官员。据《三国志·蜀书·郤正传》载：“郤正字令先……博览坟籍。弱冠能属文，人为秘书吏，转为令史，迁郎，至令。”又《华阳国志·陈寿传》载：“陈寿字承祚……，东观秘书郎。”同书《王化传》载：“崇字幼远，学渊博，雅性洪粹。蜀时东观郎。”他们和知名学者许慈、胡潜、孟光、来敏等“典学旧文”[7]，说明蜀汉也很重视官府藏书的建设。
孙吴政权据有江东，也依照汉制设置了东观，典藏经籍，其最高长官称东观令，下有左右丞两人。孙皓时，华覈“以文学人为秘府郎”[8]，后迁东观令，领右国史。周处曾任东观左丞，后迁任东观令。吴帝孙皓在答华覈辞东观令书中说：“得表，以东观儒林之府，当讲校文艺，处定疑难，汉时皆名学硕儒乃任其职，乞更选英贤。”[9]可见吴置东观，与东汉东观功用相同。
三国时期，蜀、吴政权的建立和对南方的开发，使我国政治、经济重心开始南移，官府藏书也开始由洛阳、长安等北方都市，转向南方城镇，形成南北平衡分布的状况。(www.xing528.com)
咸熙二年（265）司马氏通过宫廷政变，建立晋王朝，史称西晋，直接接管了曹魏的官府藏书。晋武帝司马炎比较注意对图书的搜集，太康元年（280）晋灭吴，西晋将领王浚率军攻入吴国都城建业后，“搜其图籍，封其府库”[10]。此前，咸宁五年（279），有“汲郡人不准掘魏襄王冢，得竹简小篆古书十余万言，藏于秘府”[11]。西晋统治者还号召各地向中央献书。晋愍帝时，凉州刺史张寔，“遣督护王该送诸郡贡计，献名马方珍、经史图籍于京师”[12]。经过多方收集，西晋官府藏书初具规模，达到二万九千九百四十五卷。史谓“晋氏承之，文籍尤广”[13]，其规模已超过了三国时的官府藏书。
但是，西晋统一时间较短，社会矛盾十分尖锐，尤其到西晋后期，社会动乱不止，“八王之乱”、“永嘉之乱”接踵而至，黄河流域的经济和文化遭到了比东汉末年更为严重的摧残，魏晋以来的官府藏书全部毁于战火，史称“惠、怀之乱，京华荡覆，渠阁文籍，靡有孑遗”[14]。
晋愍帝建兴四年（316），匈奴人刘曜夺取长安，愍帝出降，西晋灭亡。第二年，琅邪王司马容在建康称帝，建立东晋。这时，北方五胡混战，纷纷割据，进入了十六国统治时期。
东晋建立后，曾力图恢复西晋的官府藏书，晋元帝努力鸠集，但官府藏书增长不快。”著作郎李充，以勖旧簿校之，其见存者。但有三千一十四卷。”[15]仅为西晋官府藏书的三分之一。至太元十六年（391），才增加到三千六百卷。
两晋官府藏书的机构，基本沿袭汉魏旧制，设秘阁、兰台、崇文院，储藏图籍，其典书官员也基本沿袭曹魏。晋武帝曾以秘书并入中书省，其长官称中书秘书丞。惠帝永平元年（291），复置秘书监官，下设秘书丞、秘书郎、著作郎、佐著作郎等。翌年，又将中书著作改为秘书著作。当时图书分为四部，晋武帝时设秘书郎四人，即经、史、子、集四部，各有一人专门负责。晋代官府藏书管理机构较前代更为完备了。
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