任何人在他们的一生中，都会遭受某些疾病的折磨，疾病是人体生存和死亡的一部分，整个群体的疾病会对社会、政治及经济系统造成很大影响。
一种受迫性伤害或者大环境变革所造成的生业习惯变更，都会对人体造成一定程度的影响，并会有一部分体现在人体中最能长久保留的遗存上——骨骼和牙齿。因此，任何集中在古代人群骨骼遗存的考古学考察，都会留意他们曾遭受疾病的表征。如果一个人或一个群体中的大多数人因病致残，那么这个人的正常生理功能或这些人所处社会的正常运作都会受到影响。这些影响在考古学记录中都能够被辨识，并予以相应的解释。
残留牙菌斑的中世纪男子牙齿
美国南卡罗来纳大学人类学家莎朗·德威特（Sharon DeWitte）采用生物考古学在伦敦一处埋葬黑死病人墓地中的遗骸研究认为：黑死病并不是无差别杀人，而是具有选择性。通过风险分析和转变分析，发现年长者和体虚者的死亡率相比其他人要高。另外，还有一些学者研究了该墓地的人口结构，发现有少量的人来自伦敦腹地甚至更远的地方。
法国北部古病理研究中心乔尔·布朗迪奥（Joël Blondiux）等从法国一批因结核病致死的骨骼样本中发现女性呈现出更大的存活率，可能是因为雌性激素产生的免疫加成效果（Immune-boosting Effects）。相关生物考古学研究构建的DNA证据数学模型，支持感染麻风病所致的免疫压制会增加患者患结核病的死亡率，说明麻风病在中世纪晚期的逐渐消失与结核病的逐渐流行成正相关关系。(www.xing528.com)
美国哈佛大学人类学家克里斯蒂娜·沃林纳（Christina Warinner）采用基因测序和蛋白质质谱检测技术，针对人类骸骨中牙菌斑化石中的微生物DNA研究，得到了不仅与饮食有关的蛋白质和DNA信息，还有感染细菌及炎症相关的免疫蛋白等特征，从而重建有关古人饮食、感染和免疫相互之间动态的联系，更加深入地了解细菌的进化以及持续致病的诱因。
中国病原微生物生物安全国家重点实验室宋凯等人采用考古微生物学尝试对历史上鼠疫流行情况以及鼠疫菌遗传特征进行研究，探究鼠疫菌的进化、毒力状态、疫源地、传播媒介、传播路线、致病机制等问题。不仅为更加全面、准确地解释古代传染病的起源、传播及病原体进化等问题提供新的思路，也为现代流行病的疫情发展提供必要的防护措施决策提供参考模型。
美国国立卫生研究院过敏与传染病研究所传染病实验室分子病理学家杰夫·托本伯格（Jeffery Taubenberger）等人，通过研究埋葬在阿拉斯加永久冻土带下的女尸肺组织样片，首次成功检测出“西班牙流感”病毒8个基因的全序列排序，从而确定1918年的大流感起因于禽流感病毒的一个变种——“它是所有哺乳动物流感病毒中最像禽流感病毒的”科学认识，不但揭示了1918年“西班牙流感”神秘病毒与以往的不同，还在警醒了未来流感大流行的可能。
重制的1918年的西班牙流感病毒电子影像
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