（一）疫鬼散瘟《释名》称“疫，役也，言有鬼行役也。”当时绝大多数的民众由于受科学知识的局限，普遍认为瘟疫是恶鬼作祟导致，散布瘟疫的是疫鬼。在陕西、河南、河北、山西、山东等地多处东汉墓葬中出土的解注瓶，上有解注文表达解除“注病”的愿望。“被鬼注崇”是人生最主要的灾祸之一，《金锁流珠引》说：“因某人染得瘟鬼气，至重或死，今更连注某人。”注鬼说最初由传染病发展而来，传染病史狭义的真正“注鬼”形成的源头。
东晋干宝《搜神记》：“昔颛顼氏有三子，死而为疫鬼：一居江水，为疟鬼；一居若水，为魍魉鬼；一居人宫室，善惊人小儿，为小鬼。于是正岁命方相氏帅肆傩以驱疫鬼。”道教经书进一步指出疫鬼到人间散布瘟疫是秉承天帝意志，以惩罚人间的罪孽，如唐代《太上洞渊辞瘟神咒妙经》：“五帝使者奉持天符文牒，行于诸般疾疫。”
河南洛阳西郊出土解注瓶
（解注文为：解注瓶，百解去，如律令！）
奉命率领疫鬼的天帝使者便是瘟神。成书于魏晋南北朝时期的《太上洞渊神咒经》提到七位瘟神：“刘元达、张元伯、赵公明、李公仲、史文业、钟仕季、少都符各将五伤鬼精二十五万人，行瘟疫病。”不过，民间所谓瘟神多为五位，成书于隋代的《正一瘟司辟毒神灯仪》明确称五瘟神为五瘟使者，并有具体姓氏。成书于南宋时期的《无上玄元三天玉堂大法》说到五瘟神时，还提到他们的领病种类：“东方青瘟鬼刘元达，木之精，领万鬼行恶风之病；南方赤瘟鬼张元伯，火之精，领万鬼行热毒之病；西方白瘟鬼赵公明，金之精，领万鬼行注炁之病，北方黑瘟鬼钟士季，水之精，领万鬼行恶毒之病；中央黄瘟鬼史文业，土之精，领万鬼行恶疮痈肿。”元明以后，因各地不同的民俗造成了民间信仰的差异，除了道教的五瘟神之外，还有存在众多具有地方特色的神祇，某些区域至今都还没有完全摆脱其影响。
（二）气候异常《礼记·月令》认定传染病的流行有四时气候异常变化的原因，书中写：“孟春…行秋令，则其民大疫”、“季春…行夏令，则民多疾疫”等，这是古人基于生活经验的积累，意识到气候变化与传染病发病存在着某种联系之后，所得出的一种朴素认识。
陕西西安郊区出土汉顺帝
永和六年（公元141年）解注瓶
五瘟使者图(www.xing528.com)
战国至秦汉时期的医学典籍则更进一步，将之理论化，如《黄帝内经素问遗篇·刺法论》提到由风、热、湿、燥、寒五种气候的异常引起木疫、火疫、土疫、金疫和水疫等“五疫”；《黄帝内经素问·热论篇》则解释：“五疫之至，皆相传染，不问大小，症状相似。”东汉张仲景在《伤寒杂病论·自序》：“余宗族素多，向余二百。建安纪元以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七”中提到的“伤寒”，属外感热病中的急性传染病，是异常气候（指寒邪）给人体带来的影响，他认为这是传染病的一种病因。
（三）毒病之气从晋代开始，医学家们肯定了更多传染病新病原的存在。西晋葛洪是传染病学研究的大师，他的《肘后备急方》在医学史上第一次记载了诸如天花、血吸虫病、结核病、狂犬病以及传染性黄疸肝炎等传染病，认为“伤寒、时行、温疫，三名同一种耳，而源本小异”。东晋陈延之《小品方》将新的致病因素与“气候说”区别：“古今相传称伤寒为难治之疾，时行、温疫是毒病之气，而论治者不判伤寒与时行温疫为异气耳”，认为瘟疫的源头是毒病之气，其症状虽与伤寒相似，但病因却不同。隋代巢元方《诸病源候论》曰：“夫时气病者，此皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生病者，多相染易”，认为传染病是一种乖戾之气所致。
唐代的一些重要医书，如《备急千金要方》《太平圣惠方》《外台秘要》等袭前辈理论，认为传染病只是容易在异常气候下发生，人体因极端气候的变化而虚弱，得以使得病邪入侵，气候并不是真正的致病因素。这一时期提出的“毒病之气”、“乖戾之气”等新病原概念实际上是在暗指某种病原体。
（四）《瘟疫论》异气说。《瘟疫论》是明末著名的传染病学家吴又可于崇祯十五年（1642年）所著的一部瘟疫专论，极大地丰富了我国传染病学理论。
“崇祯辛巳，疫气流行，山东、浙省、南北两直感者尤多，于五六月益甚，或阖门传染。其于始发之时，每见时师误以正伤寒法治之，未有不殆者…医者彷徨无措，病者日近危笃。”吴又可感叹当时医学的不足，对瘟疫的产生发前人之未见，提出“异气说”：“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感。”并且指出了不同的瘟疫病原体可引起不同的瘟疫，如“各随其气而为病”，“为病种种，是知气之不一也”。另外，他还认识到瘟疫病原体对不同的物种致病有选择性，如“牛病而羊不病，鸡病而鸭不病，人病而禽兽不病，究其所伤不同，因其气各异也”。虽然，当时的吴又可不能探知传染病如细菌、病毒等微生物病原，但他已经在临床区分和针对治疗上达到了前人不及的高度。吴又可在崇祯末年，帝国经天灾人祸，战乱不断，疾病流行，尸横遍野，千疮百孔的末日景象下，还能对瘟疫的病因、发病症状、易感人群、传播途径、诊治手段提出了一套创新而完整的理论，而且临床上行之有效，对当时几乎失控的瘟疫治疗起到了很好的效果。
《瘟疫论》
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