相比北京政府而言，南京政府对社会的控制要强得多，这一点特别体现在南京政府对工商团体的控制上。
北京政府时期，由于政府能力的衰弱，商会异常活跃，并保留着相对于政府的独立性，在一定程度上可对政府的专断进行制衡，而政府也尽量尊重商会的一些自治权利。
然而，南京政府的建立使国家与社会的力量对比发生了改变，在大政府、小社会的惯性之下，南京政府力图整合、控制商会，并采取了一系列措施。
首先，在1929年颁布了新的商会法中，规定商会必须由5个以上的工商同业公会发起，会员以同业公会为单位，而不是单个的工商企业，而同业公会又是由7家以上同业企业发起;另一种组建方法是由50家以上工商企业发起成立，会员为未加入同业公会的工商企业。但同时实施的工商同业公会法，又规定7家以上同业企业即可成立同业公会，并且凡是同业企业必须加入该会，这样50家以上没有加入同业公会企业组建商会的门槛大大提高。[17]
新商会法的推行限制了商会的规模和吸纳会员的能力，也削弱了商会的社会基础。伍朝枢指出，能有5个由7家以上企业组成同业公会而发起商会，或50家企业共同发起商会的除上海外并不多;新的规定导致许多地方“工业领袖无组织、无联络、无团体”。[18](www.xing528.com)
其次，南京政府还对商会进行了改组整顿。1930年南京政府颁行法令，将商会纳入到党治，接受各地党部的扶持、指导、检举和制裁。国民党上海市党部又颁布了上海商会改组条例，规定新商会必须“服从当地国民党的指示和命令，并受当地执政机构管辖”。6月份，上海总商会被改组为上海市商会，“上海总商会时代按照民族资产阶级意志进行自主活动从此一去不复返了。在整个国民党统治时期，商会与政府之间的法律关系名存实亡，商会完全处于屈从政府意志的附属地位”。[19]
同时，南京政府还改组了工商同业公会，加强了对此类工商团体的控制。
总之，南京政府时期，商会、工商同业公会虽然仍在发挥着交流商情、协调产销、沟通政商的作用，但其独立性已经丧失，其作为社会自治团体的地位已不复存在，保障工商利益制衡政府的功能更是无从谈起。对工商社会的这种控制，一方面有利于南京政府的专制政治统治，另一方面也为其推行国家资本主义扫除了一块绊脚石。
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