郑芝龙，万历三十二年（1604年）生于泉州府南安县石井巡司一个渔村普通民户家庭。天启三年五月（1623年5月）结识了寓居日本的李旦与颜思齐，后来寄身李旦门下，被招为义子，“以父事之”。李旦死后，郑芝龙继承他的海商事业，继续从事海外贸易活动。天启五年九月（1625年10月）郑芝龙成为海商盟主，以台湾为海上活动基地，组建军事机构，督造战船，扩大船队，招募部众，纵横海上，进行着亦商亦盗的勾当。
天启六年秋，福建巡抚朱一冯为树立个人威信，向郑芝龙发动进攻，结果大败而归。郑芝龙擒捉金门游击卢毓英，随即释放，叫他回去转告巡、督，愿归顺。卢毓英归告总督俞咨皋，咨皋拒绝郑芝龙求抚，并将毓英投入狱中。
从求抚事件可见，对于像王直、郑芝龙这类亦商亦盗的民间海上力量，他们虽然都有抗衡政府的军事实力，但心底里还是希望被主流社会接纳，成为正式合法的国家海上力量，从而能够名正言顺地利用政府业已确立的海上秩序为自己利益服务。只是能否被政府接纳，完成向国家海上力量的转化，很大程度上不由他们自己的意愿决定，还得看双方军事斗争的结果。
天启六年九月（1626年10月），俞咨皋遣副总兵陈希范率水师出海征剿，失败。十月（1626年11月），俞咨皋亲自统领官军出海，与郑芝龙战于将军澳，官军再次大败，俞咨皋本人逃往三叉河，郑芝龙乘胜长驱入中左所。[19]天启七年九月（1627年10月）福建巡抚朱一冯、都督俞咨皋和巡海道蔡善继借荷兰殖民者战舰来消灭郑芝龙。荷军司令韦特（With）应邀率领8艘战舰去消灭郑芝龙，结果荷兰1艘被烧毁，5艘舰船被俘获，韦特司令仅率领剩下的2艘军舰逃回巴达维亚。[20]从此，郑芝龙掌握了制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸。天启七年十二月（1628年1月）郑芝龙再闯厦门，[21]“官兵船、器化为乌有，全闽大为震动”[22]俞咨皋再次惨败，被朝廷解任，逮捕下狱。(www.xing528.com)
随着荷兰人的失败，郑芝龙真正掌握了东南沿海的制海权，再没有其他的民间或外国的海上力量能与之抗衡，政府要谈判绥靖，除了与郑芝龙对话外，别无选择。这就是郑芝龙集团在实现从民间海上力量向国家海上力量转化过程中所具有的唯一性和不可替代性，而这也正是王直集团所缺乏的。
崇祯皇帝即位后，为绥靖东南海疆，谕兵部与福建巡抚熊文灿招抚郑芝龙。崇祯元年七月（1628年8月），熊文灿赴任福建巡抚后，将游击卢毓英释放出狱，派他前去招抚郑芝龙。九月（1628年9月），郑芝龙率三万部众和千艘战船归顺，诏授海防游击一职。被招安后的郑芝龙终于有机会按自己的意愿来重新构建明朝的海上秩序了，同时明朝的海上力量建设也完成了从政府主导为主向以民间主导为主的转变。
崇祯六年九月（1633年10月），郑芝龙的舰队在金门料罗湾海面取得了对荷兰舰队和刘香海盗集团的决定性胜利，荷兰殖民者被迫从福建沿岸渡海撤回台湾热兰遮城堡。借助料罗湾大捷，郑芝龙不仅向荷兰东印度公司证明了谁最终才是中国沿海的主宰，同时也向福建省官员显示了只有他才能够防止荷兰人带来的危险。[23]从此以后，郑芝龙确立的海上新秩序便再无人能撼动，政府和民间在海上秩序方面重新归于和谐，民间海上力量被接纳进国家海上力量体系当中，成为晚明时期海上力量建设的主力军。
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