明政府对民间海上力量进行保护和利用，但这并不等于政府放弃对他们的防范。毕竟民间海上力量是直接与海洋经济打交道的，受海外影响的机会要大于内陆，如果不对民间海上力量加以防范和限制，任由其发展壮大的话，那么海洋文明滋润下的商品经济很可能就会对明朝农业社会结构的稳定性造成冲击，这是明朝统治者所不愿意看到的。
在明代，政府对民间海上力量的防范更多的是以海禁的形式表现出来的。这一政策始于洪武时期，一直持续到明末，即便是在明中期也未见放松对民间海上力量的防范。譬如正统七年（1442年），明朝政府再次加强了对民间下海通商的限制措施。规定浙江“凡海口港汊，通贼去处，或开壕堑，或为吊桥，或城门可并者并之，或水边要害去处砌筑垣墙，置门出。不许居民临水开市，以诱贼寇，及私下海，泄漏声息。”[7]可是下海通商带来的利益是巨大的，这种诱惑不但民间人士抵抗不住，就是负责实行海禁的官员和军队将领也抵挡不了，这些政府官员和将领“往往私造海舟，假朝廷干办之名，擅自下番”。[8]获得的好处远在民间之上。这是政府对民间海上力量在海外贸易方面的防范和限制。
除了贸易上的防范措施外，政府还从人身控制和船舶设施上双管齐下，加强对民间海上力量的防范力度。
弘治十七年（1504年），兵科给事中张宏至向明孝宗上奏剿除海盗的方略。张宏至说：“海盗以船为家，造船必假日月，用工匠。宜于沿海等处择有力良家，方许造船，籍其县里、姓名。船皆有度，不许过大。又各异其色，令易辨识。有私造者，重治之。则贼进退无所，而成擒矣。”[9]这项建议得到了皇帝的认可。
正德九月壬辰（1506年10月2日），施天常海盗之乱被平定后，[10]巡抚苏松右副都御史艾璞、巡按御史鲁大有、巡江御史张昊向明武宗共同上奏《预防地方六事》，要求“沿海各沙民家有双桅大船出入江洋，兴贩私盐，交通流民，恣行劫掠，宜悉令改造，不悛者没其船货而发遣其人”。[11]武宗对三位御史的建议非常满意，当即表示同意。(www.xing528.com)
虽说在这几位皇帝当政期间或多或少地出台了限制防范民间海上力量过快增长的措施，但因为政府官僚作风盛行和行政效率低下，使得这些防范措施绝大多数只是停留在纸面上，并没有付诸实行，沿海居民，特别是那些势家大户受到的影响很小。由于政府部门管理职能的缺失，使得民间海上力量中最具破坏性的那部分力量——海盗势力，得以发展壮大，并和其他三类民间海上力量中的人员交织在一起，结成了一个异常复杂的利益网。这种与海盗的纠葛使得中央政府中的传统势力对民间海上力量更加报以不信任的态度，并进而采取激进的手段来处理民间海上力量中的违法问题。朱纨便是其中的代表人物。
嘉靖二十六年（1547年）朱纨提督浙、闽海防军务，巡抚浙江。[12]他忠实贯彻皇帝的海禁政策，也认为沿海地区居民的海上贸易活动是造成海疆动荡的根本原因。如果能禁绝民间海贸活动，则海盗和倭寇的劫掠自然会消失。朱纨于是采取措施，首先革除双桅海船和草撇船。因为海盗和海商出海贸易主要使用双桅海船，而沿海居民接济海岛上的海盗和倭寇则主要使用方便灵活吃水浅的草撇船。渡船一革，海盗的接济断绝了，同时沿海居民的财路也断了。再加上朱纨实行严厉的保甲制度，大规模搜捕奸民，弄得沿海居民人心惶惶，漳、泉两地的势家大户对朱纨充满了怨恨。
其实，发展到嘉靖时期，闽浙地区的倭患问题已经不再是简单的中国海盗、日本倭寇和西方殖民者互相勾结、劫掠沿海和内陆的问题了，它还牵扯到沿海地区的经济发展、利益分配、工作就业、婚姻、宗族势力以及官府与乡土社会的关系处理等诸多问题，这是一个复杂的社会问题。妄想仅凭一腔热情，单靠三项措施就解决闽浙地区的倭寇问题，无疑是把事情想简单了。朱纨的过激行为因触动了很多沿海民间群体以及他们幕后的官僚集团的利益，最终落得自杀的下场。此后，幸赖胡宗宪、俞大猷、戚继光等人的多方努力，以及明政府运用政治、军事等多重手段，才平息了嘉靖倭患，而东南沿海的民间海上力量在这场玉石俱焚的剿倭戡乱战争中无疑是最大的受害者。
万历二年正月（1574年1月），巡抚浙江都御史方弘静条陈《海防六事》，其中一条就是“编渔甲”。方弘静说：“边海之人，南自温、台、宁、绍，北至乍浦、苏州，每于黄鱼生发时，相率赴宁波详山海中打取黄鱼，旋就近地发卖。其时正值风汛，防御十分当严。合将渔船尽数查出，编立甲首。”[13]由此可见，明政府对民间海上力量防范压制的努力是从未间断的，只是越往后，效果越差，所以才有隆庆、万历之后名义上的海禁，实质上的开禁。
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