发生在万历二十年的日本侵朝战争成为永久改变中日两国政治关系的转折点。在丰臣秀吉重新统一日本之前，倭寇对中国和朝鲜发动的海盗式袭击既可以看成是一种劫掠财富的行为，也可以看成是一种牵制两国海上军事力量发展，以确保日本本土安全的海上游击战术。但随着日本的重新统一，野心勃勃的丰臣秀吉对这种游击战术失去了兴趣，它需要的是对朝鲜和中国发动一次全面的战争，以达到一劳永逸地占领这两个国家的目的。万历二十年四月十三日（1592年6月9日），丰臣秀吉悍然发动了侵朝战争，汉城、开城、平壤等城市很快失陷，朝鲜面临亡国危险，逃亡到中国境内的朝鲜国王李昖只得遣使向明朝求救。
万历皇帝非常清楚日本的意图，侵略朝鲜不过是侵略中国的前奏。因此，中国必须出兵援助朝鲜，对日本侵略军予以严惩。日本的侵略行径使得中日两国正式进入战争状态。从万历二十年十二月二十三日（1593年1月25日）明军正式入朝参战，到万历二十六年十月初二（1598年10月31日）中朝联军取得露梁海战胜利，历时7年之久的抗倭援朝战争落幕。这次中日两国间爆发的大战，给侵朝日军以歼灭性打击，不仅对战后200余年朝鲜和平局面的形成起了重要作用，同时也迫使日本暂时放弃了侵华企图。但是，战争的失败反而激起了日本强烈的复仇心理，明朝试图通过此战胜利来迫使日本重新臣服的战略目的并未达到，中日两国的政治关系全面陷入敌对状态。(www.xing528.com)
为了迅速扭转日本海军的劣势，日本政府不惜重金，通过中国沿海奸民，高价购买中国的福船、乌船等大型战船，而明朝却为节省军费将大船革除，只保留一些沙、唬小船，将海军优势拱手让人。当日本逐渐取得海军装备上的优势后，很快就开始向明朝复仇。万历三十七年三月（1609年4月）日本海军入侵琉球，将琉球变成了日本的附属国。同年四月，倭寇侵入浙江温州麦园头。五月，日军重新进驻对马岛。万历四十四年五月初一（1616年6月14日），倭寇大小船2艘犯浙江宁区海洋，一战取胜即乘风而去。之后又有倭寇大船6艘、小船20余艘向驻守南麂的明军发动进攻。五月二十一日（1616年7月4日）盘石卫增援舰队到达南麂海域，遭到倭寇战船的伏击。倭船凭借高大坚固的船体和火力凶猛的舰炮对明军舰船进行毁灭性炮击，明军伤亡惨重。[65]至此，日本已经用军事行动清楚地表明了对明朝的政治态度，那就是——敌对。
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