明初的军事行动相当频繁，就海军部队而言，任务则相当烦琐。既要防守沿海地区，又要巡逻远洋抵御倭寇，还要承担海运工作，确实有些忙不过来。所以到后来，随着海运任务的加重，海运事务就逐渐从海军工作中剥离出来，朱元璋任命后军都督府都督佥事朱寿和右军都督府都督佥事张赫两人共同负责海运。这可以看成是明政府对海运管理机构的第一次调整。
到永乐时期，因为要迁都北京，导致海运船队任务剧增。既要保证辽东重镇的军饷供应，又要担负营建北京的工匠士兵的粮饷运输，后军和右军都督府精力有限，无法兼顾。在实际运作中，右、后军都督府因其以军务为主，自然而然地优先安排辽东军镇的物资运输工作，营建北京的运输任务就被放在了次要地位。这样一个运输顺序导致的后果就是北京“馈饷艰苦”，[17]影响了新都的建设进度，引起了永乐皇帝的不满。
永乐五年八月（1407年9月），永乐皇帝让廷臣会议海运。经过磋商议定：“奏请于苏州府太仓卫设海道都漕运使司衙门。左右运使二员，秩从二品；同知二员，秩从三品；副使四员，秩从四品。……各沿海卫所，俱属提调。”[18]永乐皇帝同意了他们的办法，让他们按议定的方法去做。之后，海道都漕运使司衙门（简称“海漕都运使”）专设遮洋一总，以全权负责海运事务。[19]可是不久，“又有言不便者，乃命再议，事遂中止”[20]。所以，永乐时期的海运事务依然是由都督府负责，只是具体执行的部门变动了一下，前军都督府取代了先前的右、后军都督府，负责统一筹划海运事宜。
虽然海道都漕运使司成立没几年就夭折了，但它设立的一些机构却一直影响到明朝后期，譬如遮洋一总所辖的遮洋船就一直承担着向辽东和蓟北海运军需物资的任务。只是明中期以后，北运物资逐渐转为通过大运河漕船运输，海运绝少提及，于是人们逐渐淡忘了还有海运一事。到了正统七年三月（1442年4月），因为皇帝“又命南京造洋船三百五十艘，由海运赴蓟州诸仓。乃知海运一事，先朝未常一日不讲究。后世习于便安，不复议及”[21]。英宗之后，明政府依然保留遮洋船和海运船，不许将这些船拆解变卖，海运依然在正常进行，只是规模较以前缩小了很多。
在海运管理机构改革的同时，海运人员也发生了变化。永乐年间负责海运的将领全部换成了忠于朱棣的人员，洪武皇帝时期的官员遭到清洗和排挤。永乐三年春二月（1405年3月），永乐皇帝命平江伯陈瑄充总兵官，前军都督佥事宣信充副总兵，“率舟师海道运粮赴北京”。[22]而在以前，这些事是由张赫负责的。
负责海运的官兵多是从沿海卫所抽调的，这些士兵通过押运海船，获得在海上航行的经验和知识，变成熟练的水手和船员。然后，他们中的多数人就被选派到下西洋的舰队上服役，或者是被派到安南执行海上封锁和围剿当地反抗武装的任务。没有被抽调的士兵在海运途中的任务也不轻松。一方面他们要负责运输过程中货物的安全，到了码头还要当搬运工，承担装货卸货的工作；另一方面还要时刻警惕日本倭寇的袭击，维护海上运输线的安全。例如，永乐七年秋七月（1409年8月），永乐皇帝就“敕平江伯陈瑄等率海运舟师回还，遇倭寇就便剿除。若将士能斩贼首一级者，赏银五十两。临敌畏怯者，即斩以徇。”[23](www.xing528.com)
这种情况一直持续到宣宗时期。宣德二年秋七月（1427年7月），备倭都指挥使卫青向皇帝奏报，沿海4000多里的防线上有城堡、烽堠300余所，因为连年从近海诸卫抽调官军从事营造、运粮等任务，[24]导致卫所驻军人数不足。而选派下西洋官军更加重了这个问题，并直接影响到了海运任务的顺利完成。为此，平江伯陈瑄向皇帝上言《馈运四事》，其中就提道：“南京及直隶卫所运粮官军第年选下西洋，及征进交阯、分调北京，通计二万余人。又水军、右等卫官军今年选下西洋者亦多，俱无军发补。今江南民粮止运于淮，徐、临、清三处却令官军运赴北京。”[25]
由于人员缺乏，原有担负海运任务的军兵为了完成任务只能加大劳动量，增加运输次数。而这又直接导致人员疲惫，装备损耗加快，船只得不到及时修复，反过来又加大了来年的工作强度，使得整个海运船队处于恶性循环之中。为了保证海运任务的完成，也为海运官兵的切身利益考虑，宣德五年冬十月（1430年10月），总兵官平江伯陈瑄向皇帝进言：“运粮官军例以九月终休息修船。南京中都留守司、直隶卫所船于淮安修；山东等都司船于临溍修；湖广、江西、浙江都司皆回原卫修俱。令有司给材料，乞如例遣放。”[26]
为了填补被抽调下西洋官军和船只的空缺，陈瑄在接下来的3年时间里通过各种途径来增加海运官兵和海运船只的数量。他向行在工部呈报：“运粮军士增多，宜再造船三千艘”， 以保证能够按时完成运输任务。宣德八年春正月（1433年1月），行在工部向皇帝奏报：“请于湖广、江西、浙江三布政司支官钞市木造二千艘，四川布政司产木州县造五百艘，旧海船损敝者改造五百艘。”[27]这一方案得到了皇帝的许可。
陈瑄和宣信在他们的职务上干了相当长的时间，历经永乐、洪熙、宣德三朝，前后30多年，为明朝的海运事业做出了巨大贡献。
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