郑芝龙接受招抚之时正值闽南闹旱灾，民不聊生。郑芝龙便主动运米救济，并移徙数万饥民渡海到台湾屯垦。如此庞大的移民计划，“不能不和福建地方政府合作”，因而“甘心委屈就抚”。郑芝龙为官之初，尚未失去自己的本色，仍未放弃海盗行动。“芝龙授游击，寻迁副将，盘踞海滨，上至台、温、吴淞，下迨潮、广，近海州郡皆报水如故。”[123]“海舟非郑氏旗号，不能通行，每舟例入三千金，岁入以千万计。”[124]
接受招抚后，为了靖海，郑芝龙海上用兵8年，先后消灭了活动在中国沿海的各个海盗集团。
郑芝龙首先剿灭的是李魁奇海盗集团。崇祯元年九月（1628年9月），李魁奇与郑芝龙一起率3万部众接受招抚。崇祯二年（1629年），李魁奇又叛变，出海重新干起海盗勾当。六月（1629年7月），李魁奇率海盗船队攻海澄，为官兵击败，逃出海。此时，陈衷纪、杨天生与陈勋等人刚从台湾驾船返回福建，欲与郑芝龙相会。当船航行到澎湖海域时，遭李魁奇袭击，3人均被杀害。郑芝龙发誓要报仇，调集大批舰船追击李魁奇，双方在料罗湾海上交火，李魁奇中枪而死，郑芝龙割掉他的头来祭奠陈衷纪等人。此役，郑芝龙全歼李魁奇，收编了李的部众与船只，“由是更强”。[125]
崇祯二年六月（1629年7月），郑芝龙又消灭了杨禄、杨策海盗集团，“收其众”。[126]
崇祯二年八月（1629年9月），海盗褚綵老团伙北上袭击福建闽安县，熊文灿檄郑芝龙出兵围剿，“龙追于南日灭之”。[127]
崇祯三年十一月（1630年12月），郑芝龙与其弟郑芝虎领兵出海追剿钟斌海盗集团，在平林、崇武、平海等处洋面击败钟斌船队，钟斌弃巨舰，乘小船逃往粤洋。四年正月二十一日（1631年2月21日），郑芝龙出师海上，在南澳宫前围攻钟斌船队。钟斌战败，驾船突围逃走。郑芝龙督把总陈经武、陈豹等将领穷追不舍，钟斌逃往外洋。崇祯皇帝闻知福建海上战况，诏命巡按再督郑芝龙等领兵追剿钟斌，务期必获。五月间（1631年6月），郑芝龙侦知钟斌船队泊沙洲宫前，即指挥舰队在甘桔洋围住钟斌船队，钟斌战败，投海而死。[128]
崇祯五年九月（1632年10月），刘香率海盗数千人，船170艘，航海南下犯闽安镇。郑芝龙领兵驻防福州，在连江县小埕、定海击溃刘香船队，消灭海盗1000多人，生擒24人。
崇祯六年（1633年），刘香出动大小海船1000余艘，在漳州诏安县沿海抢掠，随后率100余艘船泊浯屿外洋。郑芝龙得知消息出海督战，击沉海盗船10余艘，俘获5艘，擒其头目余阿二等76名，获军器180余件，救回被虏百姓59人，毙敌无数。
崇祯七年（1634年），刘香又率船队南下广东，但是在二月和七月间连续被郑芝龙打败。
为了彻底消灭刘香，郑芝龙在五羊城（广州）造巨舰数10艘，桅高10余丈，配备16～36门重达2000斤的红夷大炮，炮弹射程远达六七里。他还捐资自募渔丁，自雇洋船，使所属本部舰队战斗力大为增强，他本人也因军功晋升为副总兵。此时，福建抚院与两广部院、按院也在一同商议会剿刘香事宜。
崇祯八年四月初一（1635年5月16日），郑芝龙与福建水师联军南下。初八（1635年5月23日），郑芝龙舰队航海至田尾洋，与刘香的大批船只遭遇，双方随即展开激烈的战斗。刘香手下有1万多人，大小船只几百艘。郑芝龙采取擒贼先擒王的战术，在众多敌船中辨认出了刘香的指挥船，于是指挥担任首冲、副冲、次冲的战舰一齐围攻上去。郑芝龙手下的士兵或跳帮与敌肉搏，或纵火焚烧敌船，与刘香的海盗船队缠斗不休。甚至有的士兵杀红了眼，自己被砍伤反而打得更加凶狠。双方从田尾洋一直鏖战到大星洋，刘香眼见自己的船队陷入一片火海，而南日寨守备郑芝虎率领的士兵又登上了自己座船的甲板，刘香知道这次没有生还的希望了，于是他把自己关在船舱中，引火自焚。大火迅速引爆了船上的火药库，刘香座船随即发生剧烈的爆炸，连千斤重的大炮都飞上了天，郑芝虎与同船的300多人不幸一起遇难。[129]此战生擒有名的倭寇和海盗头目149名，斩杀首级622颗，救回被虏百姓139名，烧毁俘获大乌船11艘，其他海盗船24艘。[130]田尾洋海战，郑芝龙的两位弟弟郑芝虎、郑芝鹄战殁，郑芝龙令人广捞尸首5天而不可得。遂停甲子所，祭奠二人暨阵亡诸将士，然后班师。
在剿灭中国海盗的同时，郑芝龙还担负起了抵御西方殖民者从海上入侵中国的重任。崇祯三年（1630年），荷兰军舰侵犯中左所（厦门）。郑芝龙招募龙溪人郭任功，率善泅者10余人，夜间游到荷兰军舰旁，然后悄悄爬上甲板，放火焚烧了该舰，并且还俘虏了50多名荷兰人。其余荷兰舰船见势不妙，匆忙断缆起航，逃离了厦门湾。
崇祯六年初（1633年），荷兰驻台湾第四任长官汉斯·蒲陀曼（Hans Putmans）继续推行强买强卖、进而大规模袭掠的海盗政策。1633年6月2日，蒲陀曼率领5艘夹板船、1艘运输船和1艘快艇驶往中国沿海。在那里，他们又增添了1艘夹板船和8艘快艇，组成了一支拥有1300人的大舰队。蒲陀曼所带的荷兰东印度公司的指令非常清楚：首先寻找海盗刘香，并将其清除，但事实上蒲陀曼并没有清除刘香，反倒和他联合起来了；其次截获从马尼拉返回福建的中国帆船，以瘫痪西班牙的对华贸易；最后占领厦门对面的鼓浪屿，在此准备足够维持一年的储粮、兵源和军需品，使公司能够从该基地控制厦门湾的所有贸易交通。[131]
蒲陀曼的做法并没有带来他所期望的贸易开放，于是荷兰人开始袭击和夺取厦门湾内的所有船只。1633年7月11日，他率领8艘战舰到达中左所（厦门），乘明军毫无戒备之机，以突袭手段，向集中港内抛锚停泊的30艘福建水师战船进行炮击。这些中国战船是郑芝龙仿照荷兰战舰模式建造的，舰体庞大，装备精良，船上还装备了一部分能被拖动、带有环栓，置于双层甲板上的红夷大炮。在毫无防备的情况下，25艘中国战船被摧毁，死伤官兵数百名，厦门港亦被荷兰军舰封锁。[132]然后，蒲陀曼会合其他的荷兰军舰又从料罗湾进入海澄，侵犯铜山水寨，沿途他指使部下继续劫掠，同时试图同中国官员重开谈判，但郑芝龙毫不客气地拒绝了荷兰人的要求。
得知厦门被封锁的消息后，福建巡抚邹维琏于8月12日急忙赶回漳州，部署反攻事宜。他传令五虎游击郑芝龙和张永产等将领，集合海军舰队准备御敌，并任命郑芝龙为前锋。8月20日，蒲陀曼的舰队已经开到了闽江口，并向福建省府福州进发，一路上烧杀抢掠，毁掉所能遇到的一切东西，只是尽可能地保留中国人的性命，然后南下澳门，试图攻占这座城市。但是从7月到10月席卷中国沿海的台风破坏了蒲陀曼的计划，他的舰队到10月份还没有占领任何一块中国的领土作为补给基地。没有港口的荷兰舰队不得不待在台风中，7艘战船因在风暴中损失了索具装备而被迫返回巴达维亚。此外，蒲陀曼还得应对因船上恶劣条件造成的大量生病船员。[133]
郑芝龙接到邹维琏的命令后，即率本部舰队从广东返回福建，与福建水师会合，集中了150艘战船，其中有50艘大型帆船，其他的是中小型帆船，向封锁厦门的荷兰军舰发动进攻。荷兰人被驱离了厦门湾，郑芝龙乘胜追击。九月初一日（1633年10月3日），郑芝龙的前锋舰队在澎湖大屿焚毁了荷兰夹板船1只，烧死溺死荷兰人数百名。3天后（1633年10月6日），荷兰人剩下的船中又有2艘在风暴中搁浅于烈屿而向郑芝龙投降。九月二十日早五鼓（1633年10月22日凌晨4时左右），郑芝龙的前锋舰队和巡抚邹维琏指挥的主力舰队乘着夜色相继从围头出发，向南方的金门料罗海面驶去。黎明时分，当清晨的第一缕阳光穿过东方海平面上的时候，望斗上的哨兵终于发现了停泊在海面上的9艘荷兰夹板船，周围还有刘香的50多艘小艇往来巡逻，负责警戒。邹维琏随即传令，向荷兰舰队发起攻击，“务求攻擒夹板”。荷兰人根本没想到中国的舰队会在黎明时分到来，一时间甲板上混乱不堪，水手们有的忙着捆扎吊床，将其绑到船舷外；有的忙着用斧子砍断船锚上的缆绳；有的则忙着将火药桶搬到炮位旁，为火炮装填弹药，准备战斗。就在荷兰人仓促准备之时，明朝舰队已经开始了进攻。郑芝龙将150艘战船分成两支分舰队，其中一支舰队在下风处迂回包抄荷兰舰队退路，另一支分舰队则在上风头向荷兰战船直冲过来。当更近一些的时候，郑芝龙命令将舰队中将近一半的小型船只点着火，向荷兰人发动火攻。眨眼之间中国战船上就火光冲天，火势之大难以置信。蒲陀曼惊慌失措，嘴里嘟囔着说中国首领郑芝龙作了“不公平的竞赛”。[134]郑芝龙放出的火攻船顺风而下，直冲入荷兰舰队的防御圈，荷兰人的2艘战舰来不及躲避就被撞上，燃起熊熊大火，另有2艘在炮战中被击沉，还有1艘被俘。冲上来的明军士兵开始用飞天喷筒和火箭焚烧敌人的船帆，失去动力的荷兰船很快就成为中国战船集中猎杀的目标，之后就是激烈的跳帮肉搏战。
虽然明军舰队的袭击达成了突然性，且有数量上的优势，但在舰炮火力方面仍然逊于荷兰人，所以注定了这仍是一场艰苦而激烈的战斗。荷兰人从最初的震惊中清醒后，立刻开始猛烈反击。他们依仗自己战舰高大坚固，炮火猛烈的优势，同明军战船激烈对抗。
荷兰人的夹板战舰（即盖伦船）长30丈，宽6丈，舰体船板厚达2尺以上，树有5个桅杆，船艉有3层艉楼，是舰长工作休息的地方。舰体两侧开多个小窗，内置红夷铜炮，用于近距离射击。船桅下左右对称放置多门2丈长巨型红夷铁炮，发射的炮弹可“洞裂石城，震数十里”，[135]威力奇大无比，是摧毁敌方大型战舰的撒手锏。所以，料罗之战中，明军为对付夹板船付出了相当大的代价。郑芝龙手下官兵阵亡军士86名，重伤132名，把总郑然、葛立，守备傅元捐躯。
此战最终以明军艰难取胜而告结束。生擒荷兰舰队指挥官1名，军官数名，船员118名，斩首20颗，烧死溺死荷兰人1000多名，焚毁夹板巨舰5艘，俘获夹板巨舰1艘，击沉荷兰军舰随带小船50余只。[136]这是明朝政府在抵抗荷兰殖民者入侵的战斗中取得战果最辉煌的一次，郑芝龙在其中所起的关键作用是毋庸置疑的。
料罗湾之战，蒲陀曼损失惨重，最后只带着5艘战舰，其中2艘夹板舰、3艘快艇，突出重围，从福建沿岸渡海撤回台湾热兰遮城堡。借助料罗湾大捷，郑芝龙不仅向荷兰东印度公司证明了谁最终才是中国沿海的主宰，同时也向福建省官员显示了只有他才能够防止荷兰人带来的危险。[137]从此以后，他在福建海防中的职位便神圣不可侵犯了。
崇祯十二年（1639年），荷兰军官朗必即哩歌率舰队屡犯闽浙沿海，官兵莫敢抗拒。六月（1639年7月），邹维琏又檄郑芝龙领舰队出海拒敌。郑芝龙的舰队在莆田湄洲洋及仙游枫亭港口附近袭击了荷兰舰队，朗必即哩歌作战失利，狼狈逃窜。经此一败，荷兰舰船“自是不敢入闽境”。[138]崇祯十三年八月（1640年），郑芝龙擢为福建总兵官，署都督同知。现在，东南沿海的安全都得倚靠这位海盗将军了。
之后的历史就再无须多言。随着郑芝龙降清，明朝海军的最后精锐变成了大清帝国的水师，并在施琅收复台湾的澎湖海战中发挥了应有的作用，但这也只是帝国海军的最后一抹余晖。此后200年的时间里，承平日久，使用破破烂烂的帆桨木船的清朝旧式水师终于毁在了英国工业文明的坚船利炮之下。当弥漫在海面上的炮火硝烟渐渐散去之时，装备以蒸汽机为动力的新型铁甲战舰出现在中国的海洋上，中国近代海军终于在轰轰烈烈的“洋务运动”中诞生了。
【注释】
[1]《明熹宗实录》卷八，第369页。
[2]《明神宗实录》卷五八九，第11292页。
[3]《明熹宗实录》卷一三，第687页。
[4]王在晋：《三朝辽事实录》卷四，江苏省立国学图书馆影印1931年版。
[5]《明熹宗实录》卷一二，第605页。
[6]《明熹宗实录》卷一二，第605页。
[7]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第302页。
[8]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第303页。
[9]王在晋：《三朝辽事实录》卷四。
[10]杨家骆主编：《明季辽事丛刊》之《陶中丞遗集》卷下，附录《陶中丞传》，鼎文书局1978年版，第5页。
[11]《明熹宗实录》卷一一，第543页。
[12]《明熹宗实录》卷一〇，第514页。
[13]《明熹宗实录》卷一三，第687页。
[14]《明熹宗实录》卷一五，第765页。
[15]具体费用是：沙船60只，每只价300两；唬船30只，每只价40两。另备银3000两，杂费仍咨应天、操江、漕运各督抚委官协同，买木雇匠整造。见《明熹宗实录》卷一五，第831页。
[16]《明熹宗实录》卷一五，第831页。
[17]杨家骆主编：《明季辽事丛刊》之《陶中丞遗集》，《陶朗先传》，鼎文书局1978年版。
[18]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第306页。
[19]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第306页。
[20]《明熹宗实录》卷一一，第571页。
[21]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第306页。
[22]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第306页。
[23]《明史》卷二五九，《熊廷弼》。
[24]《李朝实录》第33册，《光海君日记》五，“壬戌十四年三月庚戌”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[25]《明熹宗实录》卷一七，第839页。
[26]中国第一历史档案馆《明档》：“为东省隐忧独深，增兵设防宜早备述情形事”，42号卷第10号。
[27]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第308页。
[28]杨家骆主编：《明季辽事丛刊》之《陶中丞遗集》，《陶朗先传》，鼎文书局1978年版。
[29]《明熹宗实录》卷一七，第839～840页。
[30]《明熹宗实录》卷一七，第839～840页。
[31]（清）计六奇：《明季北略》（上）卷二，《毛文龙入皮岛》，中华书局1982年版，第39页。
[32]《明熹宗实录》卷七三，第3523页。
[33]《明熹宗实录》卷七四，第3605页。
[34]《明熹宗实录》卷七四，第3606页。
[35]《明熹宗实录》卷八三，第4039页。
[36]《明实录·崇祯长编》卷三四，第2045～2046页。
[37]《漳州简史》，漳州建州一千三百周年纪念活动筹委会办公室印制1986年版，第52页。
[38]陈国栋、罗彤华主编：《经济脉动》，中国大百科全书出版社2005年版，第302～305页。
[39]郭廷以：《近代中国史事日志》（上册），中华书局1987年版，第11页。
[40]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第118页。
[41]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第119页。
[42]（明）沈德符：《万历野获编》卷三〇，《红毛夷》，中华书局2004年版。
[43]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第121页。
[44]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第122页。
[45]周凯：《厦门志》卷一六，《纪兵》，道光十九年（1839年）福建玉屏书院刊本，第332页。
[46]《明史》卷三二五，《外国六·和兰》，第927页。
[47]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第124页。
[48]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第120页。
[49]（清）计六奇：《明季北略》（上）卷二，《毛文龙入皮岛》，第39页。
[50]《明熹宗实录》卷八，第415页。
[51]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第311页。
[52]《李朝实录》第33册，《光海君日记》五，“十三年十月丁丑”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[53]《李朝实录》第33册，《光海君日记》五，“辛酉十三年十二月乙酉”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[54]《李朝实录》第33册，《光海君日记》五，“壬戌十四年正月辛丑”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[55]《明熹宗实录》卷一八。
[56]《李朝实录》第33册，《光海君日记》五，“壬戌十四年十一月癸卯”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[57][朝鲜]金埔：《潜谷先生遗稿》卷一四，《朝京日录》，朝鲜史编修会复写本，第15页。
[58]东江镇是皮岛、旅顺与辽东沿海岛屿的合称。(www.xing528.com)
[59]《明熹宗实录》卷二七，第1342页。
[60]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第313页。
[61]《明熹宗实录》卷二五，第1252页。
[62]《明熹宗实录》卷二五，第1253页。
[63]《明熹宗实录》卷二〇，“毛文龙疏言”，第9～11页。
[64]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第315页。
[65]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第315页。
[66]《明熹宗实录》卷二七，第1366页。
[67]以下文中袁崇焕杀毛文龙的过程详见计六奇：《明季北略》（上）卷五，《袁崇焕谋杀毛文龙》，第115～116页。
[68]一般书籍（包括《明史》）上记载，都说袁、毛的会晤地是在双岛。《荆驼逸史》中辑有《袁督师计斩毛文龙始末记》一文，采用的是日记体，从五月二十二日袁崇焕出发到六月十一日回宁远，逐日记录海程、所经岛屿、风势、船只、兵员、官员姓名等等，十分详尽，作者显然是袁崇焕随行的幕僚或部属。他写作态度异常忠实，对于袁、毛密谈三日三夜，只记两人“二更后方散”、“密语三更方散”，记录两人密谈后的神色，却不记密语内容，全无凭空推测的言辞。该书记载袁、毛相会的地点是在岛山，离旅顺陆路18里，水路40里，距双岛有半日水程，中间隔了松木岛、猪岛、蛇岛、虾蟆岛等许多岛屿。比较各种资料，岛山的说法更为可信。
[69]后来有名的孔有德、耿精忠（即耿仲明）、尚可喜都是毛文龙的义孙，那时叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
[70]十二大罪状详见《明史》卷二五九，《袁崇焕》。
[71]《明通鉴》卷八一，《袁督师斩毛文龙始末》，第3132页；《明史》卷二五九，《袁崇焕》，第6717页。
[72]《明史》卷二七一，《黄龙》。
[73]（清）计六奇：《明季北略》（上）卷五，《袁崇焕谋杀毛文龙》，第117页。
[74]《李朝实录》第34册，《仁祖实录》，“成祖九年十月辛亥”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[75]《李朝实录》第34册，《仁祖实录》，“成祖九年十一月癸酉”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[76]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第329页。
[77]马楚坚：《明清人物史事论析》，江西高校出版社1996年版，第529页。
[78]《明清史料·乙编》第一册，《兵部题行稿簿》，台北“中央研究院”历史语言研究所1999年版，第77页。
[79]马楚坚：《明清人物史事论析》，江西高校出版社1996年版，第530页。
[80]孔有德进城后，特谢拉·科雷亚及其炮手仅有3人幸免于难。
[81]《清太宗实录》卷一三、一四，中华书局1986年版；（清）谷应泰：《明史纪事本末补遗》卷四，中华书局1977年版。
[82]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第329～330页。
[83]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第330页。
[84]赵尔巽：《清史稿》卷二三四，《孔有德传》，中华书局1977年版；孙文良等：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第331页。
[85]李光涛：《记崇祯四年南海岛大捷》，《史语集刊》1947年。
[86]《崇祯长编》卷三，第6页。
[87]《明史》卷二七一，《黄龙》。
[88]（清）谷应泰：《明史纪事本末补遗》卷四，《毛帅东江》。
[89]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第322页。
[90]《崇祯长编》卷四五，“四年四月甲寅”条。
[91]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第324页。
[92]《明清史料·乙编》第一册，《兵部题行稿簿》，第77页。
[93]《明清史料·乙编》第一册，第64～65页。
[94]《明清史料·乙编》第一册，第65页。
[95]《明清史料·乙编》第一册，《兵部题行稿簿》，第77页。
[96]《清太祖武皇帝实录》卷四，第6页。
[97]《天聪朝臣工奏议》卷中，《请收抚孔耿办法奏》，辽宁大学历史系1980年版。
[98]孙文良、李治亭、丘莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版， 第332～333页。
[99]《清太宗实录》卷一四，第29页。
[100]《清太宗实录》卷一四。
[101]《清太宗实录》卷一五。
[102]《李朝实录》第35册，《仁祖实录》，“仁祖十一年十一月戊戌”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[103]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第343页。
[104]《清太宗实录》卷三四。
[105]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第346页。
[106]孙文良、李治亭、邱莲梅：《明清战争史略》，辽宁人民出版社1986年版，第349页。
[107]《李朝实录》第35册，《仁祖实录》，“仁祖十五年四月癸巳”条，学习院东洋文化研究所刊，鼎足山本影印本1962年版。
[108]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第130页。
[109][日]林春胜、林信笃著，浦廉一校勘：《华夷变态》卷一，徳川幕府档案（1732年），东洋文库1958年版。
[110]郑广南：《中国海盗史》，华东理工大学出版社1998年版，第245页。
[111]（清）温睿临：《南疆逸史》卷五四，引自《续修四库全书》第332册，《史部·别史类》，上海古籍出版社1995年版，第422页。
[112]郑茂：《靖海纪略》卷一，《答朱抚台》，中华书局1985年版。
[113]郑广南：《中国海盗史》，华东理工大学出版社1998年版，第246页。
[114]徐鼒：《小腆纪传》卷三八，《朱成功传》，中华书局1958年版，第712页。
[115]郑广南：《中国海盗史》，华东理工大学出版社1998年版，第247页。
[116]（道光）《厦门志》卷一六，《旧事志·纪兵》，鹭江出版社1996年。
[117]徐鼒：《小腆纪传》卷六三，《郑芝龙传》，第712页。
[118][英]甘为霖：《荷兰统治下的台湾》，引自台湾南天书籍1996年复刻本。
[119][英]甘为霖：《荷兰占领下的台湾》，引自台湾南天书籍1996年复刻本。
[120]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第131页。
[121]（清）温睿临：《南疆逸史》卷六二，《郑芝龙传》。
[122]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第131～132页。
[123]（道光）《厦门志》卷一六，《旧事志·纪兵》。
[124]徐鼒：《小腆纪年》卷七，中华书局1958年版。
[125]（清）孙尔准：《重纂福建通志》卷二六七，《明外纪》。
[126]郑广南：《中国海盗史》，华东理工大学出版社1998年版，第253～254页。
[127]江日升：《台湾外纪》卷一，申报馆出版清光绪四年（1878年） 刻本。
[128]郑广南：《中国海盗史》，华东理工大学出版社1998年版，第254页。
[129]“中丞熊文灿重之（郑芝虎），以军功授南日寨守备。后追刘香老于广东大星洋，舟覆，与同船三百余人一起溺死，香老亦同毙。”见（民国）《南安县志》卷二五，《人物志·郑芝虎》，江西人民出版社1993年版。
[130]《明清史料·乙编》第七本，《海寇刘香残稿一》。
[131][荷]包乐史：《中国梦魇——一次撤退，两次战败》，引自刘序枫主编：《中国海洋发展史论文集》第九辑，台北“中央研究院”人文社会科学研究中心专书2005年版，第152页。
[132]驻闽海军军事编撰室：《福建海防史》，厦门大学出版社1990年版，第132页。
[133]刘序枫主编：《中国海洋发展史论文集》第九辑，台北“中央研究院”人文社会科学研究中心专书2005年版，第153页。
[134]刘序枫主编：《中国海洋发展史论文集》第九辑，台北“中央研究院”人文社会科学研究中心专书2005年版，第154页。
[135]《明史》卷三二五，《外国六·和兰》，第927页。
[136]邹维琏：《达观楼集》卷一八，引自《郑成功收复台湾史料选编》，福建人民出版社1962年版，第20～27页。
[137]刘序枫主编：《中国海洋发展史论文集》第九辑，台北“中央研究院”人文社会科学研究中心专书2005年版，第155页。
[138]（清）孙尔准：《重纂福建通志》卷二六七，《明外纪》。
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