随着明朝辽东海军的覆灭，现在能够独撑海疆危局的，只剩下海盗将军郑芝龙统领的闽广海军舰队了。
郑芝龙（1604—1661），字曰甲，号飞虹，小名一官，万历三十二年（1604年）生于泉州府南安县石井巡司一个渔村普通民户家庭。成年时有臂力，好拳棒，擅长结交。18岁时移居澳门，随母舅黄程参与葡萄牙人贸易，通晓葡语，曾受洗礼，取教名为Nicholas。[108]之后去日本谋生，在“肥前平户以卖履为业”。[109]
天启三年五月（1623年5月），郑芝龙受黄程的派遣，从澳门押运一批装有白糖、奇楠、麝香等货物的船只去日本平户、长崎，交与华商头领李旦。没想到，这次普普通通的出行完全改变了郑芝龙以后的人生轨迹，他由此结识了几位日本政要人物和寓居华人，重要的华人就是李旦与颜思齐。
李旦，福建泉州人。他“以商船为事”，经营海外贸易，后来航海到日本，侨居长崎平户，拥有住所、商行和多艘商船。他的商船往来台湾、厦门和澳门等地，远航柬埔寨、交阯。郑芝龙随后寄身其门下，被招为义子，“以父事之”。李旦死后，郑芝龙继承他的海商事业，继续从事海外贸易活动。天启四年（1624年），郑芝龙率船队抵达台湾笨港（今嘉义北港一带）。天启五年九月（1625年10月），颜思齐病逝，众推郑芝龙为盟主，郑芝龙便以台湾为海上活动基地，组建军事机构，分设先锋、左军、右军、冲锋、游哨、监督，派人督造战船，扩大船队，招募部众。[110]
此后，郑芝龙在继续开发台湾的同时，精选出一批青壮年，驾驶战船纵横海上，进行着亦商亦盗的勾当。“所到地方，但令报水（交保护费），而未尝杀人，有彻贫者且以钱米与之。”他声言，只要官府不干涉他的行动，他就可以做到“不攻城邑，不杀官吏”。[111]双方井水不犯河水，因而官军对这些海上“绿林”也避而远之。
天启六年三月初（1626年3月底），郑芝龙率众攻漳浦镇，十日（1626年4月6日）泊船金门，十八日（1626年4月14日）攻中左所（厦门城），福建海军一败涂地。是年秋，福建巡抚朱钦相只得派遣巡海道蔡善继出海招抚郑芝龙。结果事情败露，朱钦相被撤职，朱一冯接任福建巡抚。
为树立个人威信，巡抚朱一冯新官上任就急着向郑芝龙发动进攻。他甚至与荷兰人秘密接洽，讨论借荷兰人兵船围剿郑芝龙的可行性，[112]不过这次谈判因荷兰人要价太高而没有成功。借外国军舰不成，朱一冯只得依靠福建本省的海军去作战了。他传檄都司洪先春领兵进剿停泊在将军澳的郑芝龙船队。双方鏖战，自辰至酉（7—19时），仍未分胜负。海上夜潮起风浪，把总许心素、陈文廉船漂泊不能回
，洪先春慌忙收船入旧澳镇。郑芝龙遣弟芝豹率船队绕到洪先春官兵营后，自统大队登岸夹攻。洪先春腹背受攻击，乘潮驾船逃入金门。[113](https://www.xing528.com)
朱一冯听说洪先春官兵溃败，即檄金门游击卢毓英与洪先春联军攻剿。郑芝龙得悉官兵将出动，派芝虎率战船5艘，泊岛尾、浯屿、东椗各澳，伺机出击，自领战船8艘，驶至陆鹅迎战，击败官兵。交战中，郑芝龙擒捉卢毓英，随即释放，叫他回去转告巡、督，愿归顺，“为朝廷效死力”，保卫东南海疆安全。卢毓英归告总督俞咨皋。咨皋拒绝郑芝龙求抚，并将毓英投入狱中。
俞咨皋，抗倭大将俞大猷之子，时以都督之职镇守厦门（即中左所）。在厦门，俞咨皋凭借其父俞大猷的余荫，只会欺诈贫民，对荷兰殖民者和日本倭寇的侵略行为却放任不管，只知和郑芝龙为敌。但几次交手都被打败，此后俞咨皋患上了恐惧症，再也不敢出兵攻打郑芝龙了。朱一冯墩促俞咨皋“克期扑灭”郑芝龙的武装船队，俞咨皋迫不得已，只得派千户马胜、百户杨世爵统领兵船20艘出港。一出战，马胜和杨世爵就被郑芝龙当场击毙，其他人吓得赶紧逃了回来。天启六年九月（1626年10月），俞咨皋又遣副总兵陈希范率水师出海征剿。刚交战，陈希范就弃船逃跑；杨禄、杨策不敢参战；把总洪应斗自焚而死、张选举抱着船上的大炮沉海而亡。俞咨皋因官兵惨败，急忙征调兴化、泉、漳诸镇兵至中左所会剿。郑芝龙见官兵气势汹汹，笑着对部众说道：“咨皋，膏粱纨绔，徒读父书，何足惧哉！”[114]他从容部署船队，迎击官军。十月（1626年11月），俞咨皋亲自统领官军出海，与郑芝龙战于将军澳。双方战斗方酣之际，郑芝豹船队从东椗突至，夹击官军。俞咨皋整个舰队一哄而散，大败而逃，俞咨皋本人逃往三叉河。郑芝龙率领船队追击到浯屿，乘胜长驱入中左所。[115]“中左人开门求不杀，遂入据之。芝龙约束麾下，竟不侵扰。”[116]至此，郑芝龙的武装船队纵横海上，无人问津。[117]天启七年三月（1627年4月），郑芝龙攻厦门；四月（1627年5月），入烽火；七月（1627年8月），袭粤中。
天启七年九月（1627年10月），被一连串败绩搅得焦头烂额的福建巡抚朱一冯、都督俞咨皋和巡海道蔡善继，不得不重新考虑借荷兰殖民者的战舰来消灭郑芝龙。于是应巡抚、都督、巡海道的请求，荷军司令韦特（With）率领由8艘船组成的舰队从漳州港驶向靠近南澳岛的铜山，去消灭郑芝龙的船队。作为此次行动的报酬，巡抚朱一冯书面允诺，荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中国贸易。[118]郑芝龙对官府不惜采取勾结外敌来联合绞杀自己的行为极为气愤，他立即采取军事行动予以还击，出动火船攻击荷兰舰队。荷兰快艇“奥沃克号”被烧毁，“西卡佩号”和另外4艘舰船被俘获，韦特司令慑于郑芝龙的强大军事实力，不敢交战，率领剩下的两艘军舰逃回巴达维亚。[119]从此，郑芝龙掌握了制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现就要被截获，人、船全归郑芝龙所有。
天启七年十二月（1628年1月），郑芝龙再闯厦门，[120]“官兵船、器化为乌有，全闽大为震动”。[121]俞咨皋兵败，被朝廷解任，逮捕入狱。
崇祯皇帝即位后，为绥靖东南海疆，谕兵部与福建巡抚熊文灿招抚郑芝龙。崇祯元年七月（1628年8月），熊文灿赴任福建巡抚后，接受泉州知府王猷的建议，将游击卢毓英释放出狱，派他前去招抚郑芝龙。九月（1628年9月），郑芝龙率部归顺，诏授海防游击一职。此时的郑芝龙除原有部众3万余人，帆船千余艘外，还负责指挥一支福建水师，势力比以前更大了。[122]
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