万历二十年十二月二十三日（1593年1月25日），明军正式入朝参战。当庞大的明朝海军舰队出现在朝鲜海岸时，原先游弋在海上的日军舰船闻风而逃，躲进釜山港，明朝海军未经交战就夺取了朝鲜海域的制海权。釜山海港中间宽广，外面险狭，日军将船只尽数藏在港中。中朝联军鉴于釜山港地形险要，也没有贸然地发起进攻，而是派舰船封锁了港口。万历二十一年三月二十一日（1593年4月22日），被困在港内三月有余的日军舰队试图偷越封锁线，逃出釜山港，结果在距釜山镇不远的蛇梁海口遭到朝鲜水使李舜臣指挥的朝鲜舰队的伏击，日舰逃跑计划失败，重被堵回到釜山港内。[33]
入朝作战的明军在不到4个月的时间里连克平壤、开城。四月二十日（1593年5月20日），明军收复汉城。日军退据南部诸道，并提出议和。不久，双方停战，明朝撤回了大部分海军舰船和士兵，只留少数驻扎朝鲜，战争进入相持阶段。
万历二十四（1596年），丰臣秀吉借口和谈失败，再次发动对朝鲜的侵略，明朝得知消息后则调遣了更多的军队赴朝作战。四月（1596年4月），兵部尚书石星根据宣大督抚的意见，准备了精兵6000人，山东民兵3000人，浙江标兵一营，惯战水兵3000人，以及福、苍、艟、哨船只和随军器械，只等万历皇帝圣旨一到就乘船从海上赶赴辽东前线，入朝参战。[34]
经过将近一年的战斗，到万历二十五年二月（1597年3月），明军相继收复了开平、庆尚、忠清、黄海等处，日军被压缩到朝鲜半岛南端的狭长地域，陷入进退维谷的境地。二月的朝鲜还是白雪皑皑的世界，严寒的天气和极其糟糕的交通条件使明军的后勤保障和物资补给发生严重困难，加上日军的拼命抵抗，疲惫不堪的明军不得不在战线上停顿下来，战事重新陷入僵持状态。为使陷入困境的明军重新恢复战斗力，二月乙亥（1597年3月31日），内阁大学士张位、沈一贯向万历皇帝奏陈《经理朝鲜事宜》，希望重新启用从山东登莱入辽的海路，“泛此转饷，以资军兴”。从浙江调赴朝鲜前线的战船，也不必再经北海入辽，而是通过内地的运河先到登莱，再从登莱出发横渡渤海湾进入辽东，保证渡海船只、人员和物资的安全。[35]这些战船的运载能力都相当大，运输士兵多的可达“三四百人，少的不下一二百人”，而且“可以多载师，又可以多载粮”。[36]
随着天气逐渐转暖，到六月份（1597年7月）的时候，朝鲜境内的明军重新恢复了战斗力，日军则由于海上运输线被中朝联合舰队掐断而陷入更加严重的危机中。于是，狡猾的日本政府再次放出和谈烟雾，以为缓兵之计，明政府中以兵部尚书石星为代表的妥协派借机命令明军停止进攻。得到喘息的日军在当月便得到了国内派来的海军舰队的支援。[37]万历二十五年七月二十五日（1597年9月6日），丰臣秀吉增兵北犯，明军和日军再度爆发激烈的战斗。
到十月份（1597年11月）的时候，随着天气的再度转冷，双方又在战线上停止了战斗，明军重新稳定了他们的战线，而日军在3个月的战斗中没取得任何有价值的进展。这时，负责朝鲜战事的总指挥蓟辽总督邢玠开始筹划对日军的全面反攻了。他一方面散布假消息欺骗日军，说明军已经调集了南北水陆兵70万开赴朝鲜，并从福建、广东、浙江、直隶派遣了庞大的海军舰队直捣日本本土，以干扰日军指挥官的判断，动摇其战斗决心和意志。另一方面又向皇帝奏报，请求国内利用冬季不利于双方作战的时机，加紧向朝鲜运粮运兵，调派大型战船。邢玠说：“今日急需在水兵，水兵惟苍船可以犁荡倭船，宜径由外洋抵朝鲜。海运宜于天津、山东、淮安各处搜求官、民、渔、商船二三百只，总运一二次，以敕目前之急。”[38]万历皇帝得到奏报后随即通令嘉奖参战将士，并令海军的运输船队速发粮饷兵员到朝鲜。
万历二十五年十一月丁酉（1597年12月18日），经略邢玠向皇帝奏报，日军“焚舍弃寨，退守釜山”。[39]同时，从国内各省调发的水陆官兵也已陆续出发，开赴朝鲜。这一年，曾因受贿被罢职的陈璘重被启用，统领5000名广东兵到达朝鲜。从能力上讲，陈璘确实是一位优秀的海军将领，但他有一个根本的弱点，那就是贪财，这一点倒是和嘉靖年间有名的海军将领卢镗颇为相似。万历二十六年二月（1598年3月），万历皇帝擢升陈璘为御倭总兵官，命他提督水军，与麻贵、刘
和董一元分道进攻日军，副将陈蚕、邓子龙，游击马文焕、季金、张良相等将领皆归他指挥。此时，陈璘实际上指挥了明军在朝鲜的全部海军舰队，其规模是空前的，拥有13000名水兵和数百艘战舰。凭借强大的实力，陈璘将舰队分布在忠清、全罗、庆尚诸海口，完成了对日军的海上封锁。原先在海上游弋的日军舰船见到明朝开来的庞大舰队后，“惧不敢往来海中”，[40]明军轻而易举地重新控制了朝鲜南部的制海权。(www.xing528.com)
万历二十六年正月（1598年2月），获得后勤补给的中朝联军打破常规，利用朝鲜严寒的冬季向日军大举反攻，连续奏捷，将其压缩至朝鲜南部的南海东西长900里的狭长地域。日军据寨固守，并将舰船停泊在岸边，随时准备撤退。之后邢玠命令暂停进攻，因为他担心如果进攻太急的话，孤注一掷的日军可能会“以舟师抄入内地，以攻吾所必救”[41]，对此不可不防。他命令已经到达旅顺的总兵周于德就近统领集结在该军港的所有水兵，如果日军侵入内地，则相机防剿；如仍据朝鲜，则听邢玠的指挥，准备对日军发动水陆夹攻。此外，为保卫旅顺军港的安全，邢玠还特意从当地的水兵中抽调了一些人员和舰船，组织了一支小型舰队，留守旅顺，以防不测。同时，他还命令山东总兵李成勋统率所部舰船巡逻于长山岛，防守登莱之门户，并随时准备驰援旅顺。[42]
1598年整个上半年都在紧张的备战中度过，这场大战除了参战国外，还引起了西方殖民者的极度关注。这年夏，西班牙驻吕宋总督马里纳斯派出2艘军舰到台湾海峡勘察地形，侦察明军和日军的动向。[43]对于西班牙殖民者来说，这是一个了解明朝军事实力的千载难逢的机会。对明朝军队作战能力的正确判读，有利于他们确定在未来以何种方式与明朝政府打交道。是和平贸易还是武装殖民，这对于西班牙在亚洲的殖民事业来说非常关键。所以，发生在朝鲜半岛上的战争其意义已远非驱逐日本侵略者那么简单了。
万历二十六年八月（1598年9月），战争进程突然发生转变，丰臣秀吉因战事不利，忧急病死，遗命从朝鲜撤军。此时在朝鲜的日军承受能力也已达极限，为赶在军队崩溃前撤出朝鲜，东、中、西三路日军一方面依靠萨摩州的火绳枪雇佣兵抵抗明军的进攻，另一方面则等待国内派来的海军舰船接应他们回国。明军为防止日军逃跑，于十月初发动了对日军的全面进攻。
十月初二（1598年10月31日），西路军总兵刘
指挥士兵利用战车做掩护，砍倒日军小西行长第一军团营寨外的木栅，冲入敌营，烧毁倭巢60余间，杀伤大量日军。初三日（1598年11月1日），又对日军发动水陆夹攻，但是“水兵失利”。[44]明军虽没有达到消灭小西行长的作战目的，但小西行长也被明军团团困住，无法脱身。除西路军取得一些战果外，东路军也攻破日军3处营寨，中路军则攻克了日军盘踞的晋州、望晋山、永春、昆阳4处营寨。不过，中路军在进攻日军最后一个坚固据点临海新寨时，由于指挥将领轻敌，结果遭到日军的逆袭，进攻部队全军惊溃，伤亡惨重，导致前功尽弃。事后，万历皇帝下诏严惩失职将领，都司马呈文、游击郝三聘被斩首以徇。[45]
在十月份的大规模进攻作战中，明军虽给日军以不小的杀伤，但本身蒙受了更为惨重的损失，聚歼敌人的目的没有达到。日军虽然顽强地挫败了明军的全面进攻，但也没有改善自身的处境，三路日军仍然处于被分割包围中。这场大战的结果就是，“虽然狱卒被囚犯痛打了一顿，但囚犯还是被关在牢房里”。
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