嘉靖后期，闽粤两省的海上防卫力量通过与倭寇的激烈战斗得到很大加强。进入隆庆年间，倭寇和中国海盗多次遭到围剿，在中国沿海无法立足，只得逃亡国外。万历初年，随着倭患渐渐平息，闽粤两省在如何处理各自的海军舰队存留问题上表现出不同的态度。
广东舰队由于自行建造的新船少，临战时多靠征募民船，而民船又多被邻近的浙江、福建两省雇募，导致用于作战的战舰数量不足。加之此时还要担负剿灭林凤海盗集团的作战任务，对战船的需求就更为迫切。因此，广东省在万历初年走上了扩充海军军备的道路。万历二年八月（1574年8月），根据两广提督殷正茂的提议，命两广于肇庆府设置船厂，建造战船。[12]万历三年（1575年），又设广东南澳总兵官，据守漳、泉等要害之地。[13]
与广东相反，福建省在隆庆朝剿灭了曾一本海盗集团后，海疆安全形势大为好转，这使得继续保留300艘战舰规模的舰队变得没有必要。而且由于此前为应付作战急需，赶造了100余艘新舰，基本上耗尽了福建省的财力物力，使得福建省也没有经济力量再承担这样一支庞大舰队的日常维护工作了。所以，到万历初年，福建省逐渐减少了海军舰队的人员和舰船数量，舰船型制也由大改小，以与本省的经济状况和安全形势相适应。但是，海军部队的裁减也影响了官兵的士气和作战积极性，特别是舰船的小型化严重制约了海军官兵完成出海作战的任务，给福建省的海防安全带来了一些消极影响。万历三年（1575年），福建巡抚刘尧诲就说：“全闽海道不过两千里之程耳，五寨三游（浯屿、铜山、海坛）联络犄角，诚不为疏。然，向者五寨兵船各四十只，兵二千二百余名。今节次裁减，船数虽存，大改为小，兵仅存三分之二，又太半贴驾军兵。人无固志，官难约束。望其乘风破浪，歼鲸鲵于海外，不亦难哉！”[14]虽然有这些不利因素，但福建海军官兵的战斗力还是存在的。万历中，根据巡抚南居益的建议，福建海军出兵澎湖列岛，赶走了盘踞在此的荷兰殖民者。后来，许孚远向朝廷上奏，请求在福州海壇山修筑要塞堡垒，澎湖得以纳入防区，不仅在岛上修建了炮台，并且派了3000名士兵驻守，由一名游击和两名把总统一指挥。[15](www.xing528.com)
此后，海疆平静无事，福建的海军舰队仍能以少量的人员和舰船应付日常的巡海捕盗任务，只是很少到远海活动罢了。到了万历十九年（1591年），因日军准备大举进攻朝鲜，福建省才按朝廷的安排增造海船。该年八月（1591年9月），福建巡抚赵参鲁“请于五寨兵共添福、乌船四十只。海、壇、浯、铜各增福、乌海船”。浙江巡抚常居敬也请求“增福船三十二只，每只兵七十名”。以应对即将发生的战争。[16]
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