万历二年三月（1574年3月），南京留守兵部尚书刘体乾向兵部建议改进留都的江防。他提出四点意见，其中最主要的是前三点：一是改造沙船12只，八桨船4只，楼船、沙船、海沧船3只，小梭船2只。他的理由是，先前因为防倭，南京江防水军的战船体制都很重大。虽然战船威力大，但也暴露出不便驾使、机动性差的弱点。现在倭患消除，选用轻便的战船更有利于江防水军执行日常的巡逻和捕盗任务。同时仍然需要开濬东、西二港，以备战船停泊。二是募军兵。为了能够有效驾使改造后的兵船，他要求在民间选募水性好、年轻力壮的军丁480名。并设统领把总1员，哨总2员，指挥这些新兵定期演习水战，捕捉江洋盗贼。三是提高官兵待遇。他为巡江官兵定出的工资表是，在已有军饷的数额上再按级别增加，把总每日加银八分，哨总六分，队长四分，每兵三分。为确保他们按时领到粮饷，增加部分的饷银俱由车驾司补偿。[8]
万历二年十二月甲寅（1574年12月26日），应天巡抚宋仪望上呈五事，主要侧重于增强长江入海口的防御力量。一是更置将领。“吴淞一镇，兵船聚泊，乃水陆折中之区。副总兵驻扎，南可以援金山之急，北可以扼长江之险。”[9]吴淞镇副总兵辖有六路官兵，计1802名，并且还控制着川沙堡、宝镇堡官军和当地所有江防水军的调度权。二是补充兵船器械。首选战船即为福、苍大船。这两种船高大坚固，乘风破浪，驾驶方便，每年的需求量在236艘，单船造价在400两白银左右。虽然数量巨大，但实际的造船花费并不多，其实每年新打造的战船不超过36艘，用以替换使用年限已到或者毁损的战船，其余的都从民间雇募，颇为便宜。各船所需的船员兵丁则从崇、靖两县沿海居民中按户籍挑选，集结起来也相当方便。船上所需军器，“若发贡、佛郎机之类，并火药，俱各将官自行制造，庶乎可用”[10]。不过军器自备的建议实在是谈不上高明，这个建议虽然有助于减少政府的军备开支，但由将官自备舰载火炮却直接导致武器质量的降低。这些自造出来的火器大多质量低劣，炸膛是常有的事情。结果为了保证船员的生命安全，不得不限制火器的使用，使得福、苍大船的优势得不到发挥，反而削弱了该地江防水军的作战实力。这可能是巡抚宋仪望所没有想到的吧！(www.xing528.com)
到了万历二十年（1592年），随着抗倭援朝战争的爆发，又设京口兵备使者。每到春汛时，兵备使便调备倭都督，统领沿江卫所水陆军兵赴镇江巡逻防御。[11]
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