在加强沿海防御整体性的同时，沿海防御的层次性也有了加强。
首先，加强海上防御，建成了多道海上防线。嘉靖三十三年二月（1554年3月），应天巡抚周珫上呈《御倭三策》，提出建立三道海上防线的设想。首先，在陈钱、马墓等倭寇经常出没的海道上设置福船200艘，苍山船300艘，与两浙兵船会哨于诸岛之间。倭寇来则击之，去则捣之，制人而不制于人。其次，以沙船500艘迭哨于苏州海口，选士兵万余在松江护塘警戒，待倭寇登岸时掩击。再次，集中松江轻便走舸五六百艘，游哨于黄浦、吴淞大小港之间，使倭寇不敢深入，敌舟不敢横行。“兵部议覆，从之。”同时，增募狼山、福山水兵万人，福、苍、沙船300艘，调募江南北徐邳官兵充实战备，而杭嘉湖亦增参将及兵备道。[218]嘉靖三十六年（1557年），在杭嘉湖地区设海盐、澉浦、乍浦三关水寨，招募福、苍等船78艘，官兵2000余人。[219]嘉靖四十年（1561年），戚继光在台、金、严地区建福船、苍山、艟
等战船40艘，分布于松门、海门。整个浙江“调发横江、乌尾船二百余艘，改造福清船四百余只，苍沙民船复数百只”，[220]超过了朱纨整饬海防时的舰船数。嘉靖三十七年（1558年），又以浙江巡抚赵炳然之请，增设闽、广、浙军官。并令定海总兵属浙江，金山总兵属南直隶，俱兼理水陆军务，互相策应。嘉靖四十二年（1563年），恢复福建五水寨旧制。[221]
其次，海岸防守更加严密。嘉靖三十五年三月（1556年4月），南京御史屠仲律上言守海口事宜。其守海口云：“守平阳港、黄花澳，据海门之险，使不得犯温、台；守宁海关、湖头湾，遏三江之口，使不得窥宁、绍；守鳌子门、乍浦硖，使不得近杭、嘉；守吴淞、刘家河、七丫港，使不得掩苏、松。且宜修饬海舟，大小相比，或百或五十，联为一
。募惯习水工领之，而充以原额水军，于诸海口，量缓急置防。”他的意见得到兵部认同。兵部亦言：“浙、直、通、泰间最利水战，往时多用沙船破贼，请厚赏招徕之。防御之法，守海岛为上。宜以太仓、崇明、嘉定、上海沙船，及福、苍、东莞等船守普陀、大衢。陈钱山乃浙直分路之始，狼、福二山约束首尾，交接江洋，亦要害地，宜督水师固守。”随即，嘉靖皇帝批复兵部，同意他们的意见，令其照章办理。之后，又令直隶吴淞江、刘家河、福山港、镇江、图山五总添设游兵，听金山副总兵调度。[222]
再次，加强沿海城镇卫所的防守。以松江府为例，按旧制，金山卫所造船各有定额。左、右、前、后所每百户造出海哨船4只，共计80只；青、南二所每百户造出海哨船4只，共计80只。而且各卫要派发巡军，在海巡逻。正统年间，“因海患宁谥，或以船为虚费，题准以江船易马，而哨船之制遂废矣。今议设船只，一马之资不足以备一船之用。官军穷苦，又难赔破。合今每马二匹造船一只。再于卫所查有地租公费银两与松江府库军前银，相兼凑数。每船量贴银十两，金山卫总委一官督造，其各船应用器械、火器合于原议太仓置造军器内给发。”“本府（松江府）所造之船数本不多，仅可以支把港之用。此但可以言守，而不可以言战。须得福船、苍山各数十只，沙耆民船二三百只。每至风汛时月，分泊港口，各住信地，更番出至洋山，往来游击昼夜不绝。外则为定海、吴淞会哨兵船之羽翼，内则为海港把守兵船之捍卫。”另外，还要“示谕沿海有船之家，赴府报名，给与照身牌面。无事听其在海生理，遇警随同兵船追剿。此则官兵无造船募兵之费，而民灶有得鱼捕盗之益。此松江海洋设备之大略也”。[223]此外，“苏州沿海一带险隘甚多，故刘家河、吴淞江、福山港舟师防守不可单弱。白茆口、七丫港、黄窑港俱当预设战舰，庶与各港相为犄角”。[224](www.xing528.com)
针对沿海居民私自出海接济海盗和倭寇的行为，郑若曾也提出了自己的解决办法。他说：“近署安边馆事稔知违禁通番大船之详。其船皆造于外岛，而泊于外澳。或开驾以通番，或转售于贼党。而嵩屿、渐尾、长屿、海沧、石马、许林、白石等澳乃海贼之渊薮也。本职欲行禁治，恐澳中势要抗拒不服，及速其祸。乞行府县巡捕官亲诣各澳，密行擒治。船只应烧毁者烧毁，应留用者留用。”[225]
城镇的警戒工作也得到强化。如广州城外盛产海鱼，在二月末、三月及四月的一部分时间里，大涨潮的时候，大量海鱼在沿海的河口产卵，育出无数品种的小鱼。为了在这个时候捕捞这些鱼仔，沿海所有的渔人都汇集在他们的船上。集中的船是那样多，遮盖了海面，都挤在河口。[226]广州城的繁荣同样也为倭寇海盗提供了大发横财的绝佳时机，因此广州城的防卫工作相应的得到了强化。城门一到晚上就关闭，每座城门的双扇门上贴有一张封条，盖有官员的印，夜间不得出入城门。只有到天亮，负责交班的军官验过门上的封印是否完好后，才可以打开城门。[227]这样可以防止倭寇雇佣的中国奸细乘夜在城中作乱。
御海洋、固海岸、严城守是一个完整的防御体系，缺一不可。有层次、有纵深的防御是当时人的普遍主张，但是也有少部分人认为海战不可恃，不同意在海上设防。其理由是海洋环境恶劣，船队易于覆没，将官不敢在远洋游弋，只好停泊在岛屿的避风港中，而令小船出去哨探，但这种主张并不占主导地位。关于御海洋，是御远洋还是御近海，也有争议。开始一些人提出御远洋，即在陈钱、马迹驻军，倭寇进入这一海域，即行剿除。后来人们发现水军驻陈钱、马迹，据内地太远，供给有困难，而反对御远洋，主张御近海。这一主张遂被多数人接受，但哨探还是倾向于远洋，即“哨贼于远洋而不常厥居，击贼于近海而勿使近岸”[228]。
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