嘉靖三十一年（1552年），王忬出抚山东。三月（1552年3月），因浙江倭情紧急，遂命王忬为巡视浙江都御史，提督军务，巡视浙江及福、兴、漳、泉四府。上任后，王忬先后上《治倭方略十二事》，并提拔参将俞大猷、汤克宽等将领，又向皇帝保奏，将犯罪的参将尹凤、卢镗释放出狱，责其戴罪立功。王忬亲自巡视福建，希望迅速建立功勋，可是倭寇却给了踌躇满志的王忬当头一棒。他们避开福建在浙江登陆，并屡次打败前来围剿的卢镗部队。一连串的败仗使王忬遭到御史赵炳然的弹劾，但嘉靖皇帝出于对王忬的宠信还是赦免了他的罪过。[113]
初遇挫折的王忬并不气馁，他积极在海上寻找战机。嘉靖三十一年十一月十二日（1552年11月27日），参将汤克宽追击以邓文俊为首的黄华海盗到下马洋，将其击败，海盗逃跑，汤克宽尾随追击。十五日（1552年11月30日），汤克宽的舰队再次追上敌人，一场激烈的接舷战后，邓文俊被生擒。[114]
为鼓舞官兵对敌斗争的士气，嘉靖三十二年正月戊寅朔（1553年1月14日），王忬奏《海防赏格四事》，得到了兵部的同意。
一、擒斩真倭从贼一人赏银十五两，次从贼首二十五两，渠魁五十两。
一、抢斩漳寇海寇为从者赏银三两，次巨贼首五两，船主渠魁二十两，酋首为众所服者五十两；其夺获贼艘，大者五两，中者二两，小者一两；俘获男妇每五名赏银一两；若诛戮所俘冒功及邀杀来降者，治如律。
一、善用火器击杀舵工、贼首，令其引遁，及击破寇舟于未接之先者，大舟赏银二十两，次者十两，小者五两；若有献奇取捷批亢捣虚者，虽无斩获，并以功论。
一、临阵被创者给银一两，被杀者给银五两，复其家；有先登陷阵而死者，给银二十两；若哨守官督战没于浑者，临时酌请恤典。[115](www.xing528.com)
嘉靖三十二年（1553年），海盗萧显伙同倭寇屯聚于直隶的崇明、南沙修船，准备逃跑。王忬判断这股海盗势必流窜入浙江，于是令都指挥刘恩至、参将俞大猷、把总邓城、指挥张四维等人率领两支舰队，一支自观海、临山趋乍浦，遏贼来路；一支自长途、沈家门设伏邀击。八月（1553年9月），萧显撇下倭寇同伙，率领本部海盗向浙江逃窜，结果在普陀落伽山临江海洋遭明军伏击溃败，残寇登上普陀山，掘壕自守。八月二十一日夜（1553年9月9日），参将俞大猷自石牛港发动佯攻，同时密遣官兵由西北巡检澳登岸。把总邓城身先士卒，攻上敌巢，残敌败走茶山绝顶。第二天（1553年9月10日），邓城由东北浅步沙发动进攻，全歼残敌。[116]此战焚毁敌船50余艘，擒斩海盗700余人，但萧显漏网。[117]
嘉靖三十二年十月（1553年11月），王忬命总兵汤克宽督邳、漳等地官兵进攻南沙（当时为长江口的一小岛，今在崇明岛上）上的倭寇。结果汤克宽登陆南沙不仅没有消灭岛上的倭寇，反倒初战就损失了400多名士兵，[118]明军上下因此谈倭色变，消极避战。汤克宽见军无斗志，陆战又无取胜的把握，于是将舰船列于海口，围南沙数重，希望困死岛上的倭寇。持续近5个月的围困战对双方都是莫大的煎熬，当倭寇将要支撑不住的时候，明军却先于敌人垮掉了。嘉靖三十三年（1554年）正月，汤克宽以军中多疾疫，乃弃弊舟佯装退去，在西南方打开一缺口，纵倭寇从南沙出海，转掠苏、松各州县。[119]到了海上，汤克宽仍然畏敌如虎，只求自保，消极避战。他率领着舰队远远地跟在倭寇船只后面，看见倭寇入海则督陆兵，看见倭寇登岸则督水兵，故意“与贼相左，以观望塞责”。三月（1554年4月），巡按御史孙慎奏请将汤克宽逮捕治罪。嘉靖皇帝考虑到正是用人之际，只是略加薄惩。以“南沙纵贼罪”，“革去浙江提督海防副总兵汤克宽、备倭都指挥梁凤职，俱戴罪立功。以通泰参将解明道代克宽，福建备倭都指挥卢镗代凤”。[120]
嘉靖三十三年正月（1554年2月），萧显指挥大型海盗船7艘共200余人，自嘉定循海而南，入吴淞口。官军兵船40余艘围截，被敌击败，海盗围攻上海甚急。[121]当时上海城“初筑未固，势且陷，官民汹汹”。兵备佥事任环统民兵三百、僧兵八十前往救援。到三月份时，聚集到黄浦江上的海盗船有一百多艘，而且还有更多的海盗船自吴淞江南行。任环追袭海盗于五里桥，败之；又追之于习家坟，再败之，海盗们这才有些害怕。恰好此时王忬派遣的卢镗援军赶到上海，萧显“乃解围而南”。[122]之后，张经接替王忬继续剿灭江苏一带的倭寇和海盗。
张经，嘉靖三十一年（1552年）起南京户部尚书，就改兵部。嘉靖三十二年五月（1553年6月），朝议倭寇猖獗，命张经不解军务，总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军，便宜行事。张经遂征两广狼、土兵听用。其年十一月（1553年12月），用兵科言，改任张经右都御史兼兵部右侍郎，专办讨贼。[123]
嘉靖三十三年（1554年），总督南直隶军务都御史张经调发山东民兵及青州水陆枪手千人赴淮、扬听用，同时集结南直隶的各路军队，准备进攻盘踞有2万名倭寇的柘林川沙窪。四月间，各路部队相继到齐。五月朔（1554年5月31日），张经派遣参将卢镗督保靖兵为支援，命俞大猷督永顺兵由柳湖趋平望，以汤克宽率领海军舰队由中路进攻，与倭寇大战于王江泾，杀死1900余名倭寇，焚溺死者甚众。[124]遂“有王汇泾之捷”，倭寇“乃遁出海，复犯苏州”[125]。
嘉靖三十四年七月（1555年7月），松江府知府方廉遣间谍在柘林水井中投毒，毒死倭寇千余人，斩首数百级。倭寇不敢再待在柘林，改屯陶宅。[126]此后七、八、九月，明军相继在大陈山、七丫港、舟山的海面上击败倭寇。到嘉靖三十五年（1556年），海军基本掌握了东南沿海的制海权，但倭寇也在一些岛屿上建立了根据地，与明军对峙，并经常深入长江沿线州府袭扰劫掠，战争陷于胶着状态。
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