中国人和葡萄牙人发生贸易摩擦和主权争端是16世纪初的事情。1511年，随着葡萄牙殖民者占领满刺加，控制了东南亚海上航路的咽喉，中国和葡萄牙的关系就一直不好。到达中国沿海的葡萄牙商船要求获得在中国进行贸易的权力，但明朝政府鉴于葡人占领满刺加，并置明朝政府的抗议于不顾的事实，拒绝了他们的要求。可是葡萄牙人并不想放弃和中国进行贸易的想法，于是经常驾船出没于中国沿海，转而与中国私人海商和海盗交易，有时也进行一些抢劫活动，这就更加剧了明政府对葡人这些外夷的厌恶之情。同时，为了与中国私人贸易时更加方便，葡人也会雇佣一些有一技之长的中国沿海居民在他们船上工作，这些中国人也获得了不错的报酬。当然，这些中国人并非都如明政府官员所说的是帮助敌人的奸民，其中也不乏有民族气节的人士。正德年间就有一位在葡船上工作的中国船员将葡萄牙人关于佛郎机炮的军事机密窃取出来，[84]使得明朝海军也拥有了这种先进的武器，可以在后来的战争中与葡萄牙人相抗衡。
嘉靖元年的西草湾之战后，葡萄牙人被赶出广东，于是将活动范围转向海防松懈的福建和浙江沿海地区，并以宁波附近最大的海盗巢穴双屿港（今浙江象山港外）作为走私贸易和海盗抢掠的据点，明朝政府则派都御史朱纨前来围剿。
嘉靖二十二年（1543年），李光头、许栋等海盗头目勾引倭寇和葡萄牙人，以双屿为基地，四处劫掠。葡萄牙人则通过李光头等人的引导，开始在宁波沿海诸岛过冬，并在那里牢牢立身，建立据点。按葡人自己的话说，“以致除绞架和市标外，一无所缺”。随同葡人的中国人（即海盗）和一些其他的葡人在岛上无法无天，并开始大肆劫掠，杀了一些百姓，成为当地一大祸患。于是嘉靖皇帝下旨：“要福建省准备一支大舰队，把海盗从沿海，特别从宁波沿海驱逐走，所有的商人、葡人和中国人都一样，都被算在海盗之内。”[85]
双屿东西两山对峙，南北俱有水道相通。水道入口处有小山作为屏障，港内空阔20余里，能避风涛，能泊舰船。许栋等人在此修建了营房，置备了战舰，日夜派人扼守入口。鉴于此种情况，朱纨决定采取“合闽浙二省之兵，协力夹攻，待时而动”[86]的作战方案。嘉靖二十七年（1548年）初，朱纨命福建巡海道副使柯乔、浙江总督备倭官都指挥黎秀率领各自的舰队，分驻漳、泉、福宁，阻止海盗向南逃跑。同时，令福建都指挥佥事卢镗与浙江巡海道副使魏一恭、备倭指挥刘恩至、张四维、张汉等人率领福清水兵从海门出发进攻双屿港。[87]三月份（1548年4月），舰队开到双屿港外，随即将南北两个出口封锁起来。双屿港的海盗们开始坚壁不出，企图拖垮明军，后来见势不妙，遂于嘉靖二十七年四月七日（1548年5月14日）一个风雨交加、海雾弥漫的夜晚，倾巢而出，企图逃跑。虽然明军奋勇阻截，并且冲散了海盗船队，但由于海况恶劣，还是让大部分海盗、倭寇和葡萄牙人的船只跑掉了。因为根据五月十日（1548年6月15日）浙江瞭望哨的报告，有1290多艘贼船在外洋徘徊，[88]这些船绝大多数都是从双屿港逃出来的。事后根据夸大了的战果统计，四月七日（5月14日）当晚的战斗共计俘斩溺死倭寇、海盗数百人，倭酋许六、姚大总及大窝主顾良玉、祝良贵等14人被擒。卢镗随后指挥舰队驶进双屿港，焚毁海盗的住所，建天妃宫和营房、战舰。[89]四月八日（5月15日）天气转好，卢镗遂命分兵追击海盗。四月（1548年5月）的一天，卢镗指挥的舰队在九山大洋（今浙江象山东南韭山列岛附近海域）追上了逃跑的敌人。百户张烨立即指挥自己的前锋战船向敌人进攻，指挥张汉的战船也紧随其后，大败倭寇，俘获倭酋稽天和海盗头子许栋等55人，溺死无数。侥幸逃脱的海盗、倭寇投奔到王直手下。[90](www.xing528.com)
与此同时，另有一路海军舰队在厦门湾一带追上了逃跑的葡萄牙船只，并在泉州近海、浯屿岛以及别的地方与葡萄牙船只发生零星战斗，同时严禁沿海居民售给葡人任何货物。“葡人在那里停留了许多天（有时打仗），看看有无挽救贸易的法子。但许多天过去了，看到无法可施，他们决定不顾而去。舰队军官知道这事，晚上极秘密地给他们捎去消息说，如他们想得货物，那他们得送点礼给军官。葡人因这个信息十分高兴，备好一份隆重厚礼，按约晚上送去。”接受贿赂的有海道副使姚翔凤、浯屿指挥丁桐，以及其他几个军官。此后，“便有大量的货物卖给他们，老爷们置若罔闻，假装没看见商人，当年的贸易就这样进行”。[91]不过，消息还是经满刺加传到了葡萄牙位于印度的大本营——东印度公司那里，逃到印度的葡萄牙人告诉同行：“中国的港口都武装起来对付葡萄牙人了。”[92]
五月二十五日（1548年6月30日），官兵开始填塞双屿港。本来朱纨最初打算在双屿港立营戍守，好一劳永逸地解决当地的违禁走私和海盗猖獗问题。然而“平时以海为生之徒，邪议蜂起”，加之“福兵亦称不便”，于是朱纨“以人心为本”，“以人和为先”，不得已接受大家的意见。于是“聚木石筑塞港口，由是贼舟不得复入，而二十年盗贼渊薮之区至是始空矣”。[93]
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