除了战备松懈和人浮于事外，海军部队还面临着不断出现的军官违法和士兵哗变事件。嘉靖八年七月壬寅（1529年8月12日），浙江温州府发生了一起因军官克扣军饷而引发士兵哗变的严重事件。当天，盘石卫400余名士兵因不堪忍受指挥梅曅等军官的压榨打算逃跑回家，并要求补发拖欠他们长达10个月的军饷，结果遭到军官的拒绝。愤怒的士兵于是发生哗变，扣押了主簿，并威胁通判立即发饷，否则杀死人质。温州府为尽快平息事态，遂动用官银3000余两补发军饷，得到军饷的士兵随后被遣散回乡。[66]但是，盘石卫的军官们并没有从这次哗变中汲取教训，依然肆无忌惮地从事违法乱纪的勾当。
该年十二月（1529年12月底—1530年1月），巡按浙江御史张问行弹劾盘石卫指挥梅曅、姚英、张惊等将领，说他们驻守黄华寨时，受牙行贿赂，“纵令私船入海为盗，通易番货，劫掠地方”，要求将这几人按律法办，发配戍边。当获悉逃军哗变原委的嘉靖皇帝听到这几个军官居然毫无悔意，而且还变本加厉地从事走私违法活动时，不禁勃然大怒。他否决了御史张问行的意见，决定派巡视都御史亲临当地勘察审问，将违法军官从重拟罪。临行前，嘉靖皇帝详细交代巡视都御史：“海道、备倭等官，弊多隐匿，俱查明参奏。并出给榜文，禁沿海居民勿得私充牙行，居积番货，以为窝主。势豪违禁大船悉报官拆毁，以杜后患。违者一体重治。”[67]
嘉靖十一年七月（1532年8月），嘉靖皇帝再次重申：“海滨失事皆守巡、兵备、海道等官不职所至。其令诸臣各驻所辖要害，加意巡守。违者，按臣劾治其罪。”[68]同时仍将谕令颁行沿海各省，要求地方政府申严海禁，加强防守。(www.xing528.com)
尽管绝大多数海盗事件的发生起因于明朝中央政府对民间海外贸易活动的遏制政策，但中央政府根本不愿在开放民间海外贸易问题上做出让步，于是地方上的行政机关只得出台更加严厉的海禁措施。嘉靖十二年九月（1533年9月），兵部上奏：“浙、福并海接壤，先年漳民私造双桅大船，擅用军器火药，违禁商贩，因而寇劫。屡奉明旨严禁，第所司玩愒，日久法弛，往往肆行如故。海警时闻，请申其禁。”皇帝批复说：“海贼为患，皆由居民违禁贸易，有司既轻乎明旨，漫不加察，而沿海兵巡等官又不驻守信地。因循养寇，贻害地方。兵部其亟檄浙、福、两广各官，督兵防剿。一切违禁大船，尽数毁之。自后，沿海军民私与市贼，其邻舍不举者，连坐。各巡按御史速查连年纵寇及纵造海船官，俱以名闻。”[69]从这次诏令我们可以看到，新的禁海令将惩罚范围极度扩大了，不仅包括原先对违禁个人和官员的处理，还延伸到了对邻居、违禁物品供应者和失察官员的惩处。这种做法的结果只能是迅速激化业已存在的矛盾，将更多的人推入违禁贸易的大潮中，为倭患骤起提供丰厚的土壤，因为以行政命令和个人权威的力量来对抗经济规律的运行是注定要失败的。
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