明初海上防卫是比较周密的，海上有战船巡哨，陆上有卫所防守，巡检司弓兵盘查。至嘉靖年间，承平日久，腐败盛行，军纪败坏。海军战船所剩无几，出海巡哨无人愿往，军队缺额达半数以上，所存士卒均为老弱病残不堪作战之辈。
如广东沿海东、中、西三路原募2100名打手、驾驶后生防守沿海，这时只剩1100名。[59]福建各水寨士卒大部逃亡。烽火门原额4402人，只剩1068人，缺额73.7%；小埕原额4402人，只剩2019人，缺额54.1%；南日原额4700人，只剩2143人，缺额54.4%；浯屿原额3429人，只剩1961人，缺额43.7%；铜山原额1812人，只剩620人，缺额65.8%；玄钟原额1133人，只剩655人，缺额42.2%。[60]巡检司的情况也一样。在漳州沿海者，九龙镇等处共13司，弓兵原额950名，现只有376名；在泉州沿海者，苧溪等处共17司，弓兵原额1560名，现只有673名。均减员2/3以上，[61]海军舰只减少也十分严重。福建铜山水寨原有战船20只，现只剩1只；玄钟水寨原有20只，只剩下4只；浯屿水寨原有40只，只剩下13只。[62]浙江更严重，黄华水寨原有战船40余只，江口水寨30余只，飞云水寨40余只，镇下门水寨20余只，白岩塘水寨20只，这时均完全撤防。[63]南直隶金山卫及青村、南汇二所原有哨船160只，这时也不复存在。(www.xing528.com)
葡萄牙人描述中国此时的海防情况是，“南方通海的省份，估计要防备日本及其他海盗登陆之处，还设有地区护岸舰队，尽管这时他们很少恪尽职守”。“当时浙江和福建的海岸防卫已长期废置，每十条战舰和缉私船中仅保存一两艘。”[64]造成这种情况的原因正如兵部尚书李承勋所言：“奈何迩来事久而弊，法玩而弛。前项备倭衙门官员徒拥虚名，略无实效。”[65]由如此状况的海军部队负责明朝的海疆，使得嘉靖前期的明朝海防形同虚设。
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