明宪宗朱见深即位后，继承了英宗留下来的烂摊子。此时，江淮地区盐徒横行，长江航道危险重重。成化三年三月（1467年4月），巡抚江淮等处都御史滕昭上奏：“仪至、瓜州二处盐徒出没，私盐盛行。……甚至劫掠官民船只，杀伤人命，请备圣旨榜文禁约。”[30]但是负责长江航运安全的江防部队却因为舰船残破、武器陈旧、军兵逃亡而无法履行职责。为此，南京济川卫署都指挥佥事杨榘在九月份向皇帝上书，提出了三个解决办法：“一、造船以御折冲。谓巡江之备必须造多桨船。有风则众帆齐举，无风则众桨齐发。旁立遮洋，中有敌台，暗设伏兵于内，而使外人不能窥伺。谨具图式进呈，乞勅廷臣议行。南京守备内外大臣并工部等官如法成造五七十艘，给与巡盐官军领驾。如此，则遇警可以团集杀贼，无事可以沿江操习矣。一、制利器以振威武。扬子大江，盐徒纵横出没，非得犀利兵器不足以御之。今南京内府兵仗局收贮飞枪、碗铳，实皆破贼之神器。一、选精锐以备策用。南京操江官军仅有万余人，分为二班，昼操夜守。其间逃亡、老弱者多。……请于江淮、济川等卫拣选平昔久便行船，谙晓风波稍水旗甲军余人等，兼同官军驾使巡捕，仍于各卫选发官员。”[31]经过一段时间整顿，新江口水军逐渐恢复战斗力，南京江面上的武装盐徒大部分被击溃，少数退往崇明沙，逐渐转变成海盗，长江航运恢复正常。
当内河航道恢复和平秩序时，通往海外的航路却陷入危机。自宣德年间郑和舰队最后一次远航以来，明朝的海军舰队在东南亚销声匿迹已经快半个世纪了，原先因为明朝海军的存在而和平的海路此时已变得凶险无比。从安南到满剌加，昔日的海上丝绸之路现在充斥着各国海盗。从广东廉州、琼州、雷州传来的奏报不时提到“有交人驾使双桅大船越过海面，偷捞球池，劫掠客货”，“海贼不时登岸杀掠人畜”。以至于成化七年六月（1471年6月），在为安南国陪臣阮廷英举办的国宴上，宪宗皇帝公开要求对方“禁国人毋越境为寇”[32]。
此外，出使海外在明廷里也成为一件吃力不讨好的差事，这使得官方的航海活动也趋于停顿。成化十九年（1483年），礼部科给事中林荣奉命前往满剌加国封王，结果“航海遇风溺死”[33]。成化二十三年三月癸亥（1487年4月16日），“行人左辅使满剌加国归”，只因“顺带国王谢表”，就被礼部弹劾，说“辅顺带番表，有失大体，当罪”。左辅不服，将事情闹到皇帝那儿。最后，宪宗皇帝下旨：“左辅涉海险阻，其宥勿罪。宝物收之，西洋布仍与辅”[34]，事情才算了结。
从这件事中我们可以看到，当明朝海军从西洋航路上消失后，明朝苦心经营的朝贡体制已经形同虚设。没有了海军的强大威慑力，满剌加国王可以不亲自向明朝皇帝呈递谢表，这在永宣时期简直是不可想象的事情，难怪礼部会对左辅的有失国体大光其火，要治他的罪，可这又能把责任全推到他一人身上吗？首先，派使封贡是礼部的事，当礼部官员得知林荣死在出使途中后，每个人都视出海为畏途，想方设法逃避这个差使，结果只得派行人司的左辅去代行职责，因此礼部没资格去批评左辅的失误。其次，明政府控制的朝贡贸易因其海上力量的削弱而失去了主导定价的地位，无法维持永宣时期与海外诸国的不等价交换贸易，因此朝贡贸易对于明朝而言变得无利可图，海军担负的为贸易护航的任务就再无必要，这直接加剧了海军内缩的步伐。没有了海军的威慑和经济利益的诱惑，海外诸国轻慢明朝也就在情理之中。至于是否亲自派使者送谢表，那全得看国王的兴致和对明朝的感情是否深厚。所以满剌加国王不想亲自送谢表，左辅也拿他没办法。明政府对海军采取的内缩政策所造成的负面影响由此可见一斑。
宪宗之后，明朝政府在是否放松对海外贸易的限制问题上产生了严重的分歧。到了明孝宗朱祐樘当政时期，以中央官僚为一派，主张实行更加严厉的限制措施。而以两广地方大员为一派，则主张在加强监管的同时放松对海外贸易的政治限制，以将民间私人贸易转化为合法的官方朝贡贸易。两派意见争执不下，结果事态的发展演变成为一场政治报复和反报复行动。弘治五年十月（1492年10月），户部会议各处巡抚都御史上呈奏折：
各番进贡年限，乞行广东布政司出给榜文，于怀远驿张挂，使各夷依限来贡。如番舶抵岸，先赴布政司比对勘合。字号相同，贡期不远，然后盘验起送。庶沿海人民不得常与外夷交通，以致起衅招寇。[35](www.xing528.com)
消息很快传到了两广都御史闵珪的耳朵里。经过几个月的商议筹划，闵珪于弘治六年三月（1493年3月）也向皇帝上呈了一份奏折，观点与户部针锋相对：
广东沿海地方私通番舶，络绎不绝。不待比号，先行货卖。备倭官军为张势越次申报。有司供亿糜费，不赀事宜禁止。况夷情谲诈，恐有意外之虞。宜照原定各番来贡年限事例，揭榜怀远驿，令其依期来贡。凡番舶抵岸，备倭官军押赴布政司，比对勘合相同，贡期不违，方与转呈。提督市舶太监及巡按等官具奏起送。如有违碍，捕获送问，下礼部议。据珪所奏，则病番舶之多，为有司供烦之苦。据本部所见，则自弘治元年以来，番舶自广东入贡者，惟占城、暹罗各一次。意者，私舶以禁弛而转多，番舶以禁严而不至。今欲揭榜禁约，无乃益沮向化之心，而反资私舶之利。今后番舶至广，审无违碍，即以礼馆待，速与闻奏。如有违碍，即阻回而治交通者罪。送迎有节，则诸番咸有所劝而偕来；私舶复有所惩而不敢至，柔远足国之道于是乎在。[36]
结果，由于闵珪巧妙地将开放贸易的经济问题转变成怀柔外夷的政治问题来说，博得了皇帝的认可，两广一派在这场政治斗争中取得了胜利。
相较于前两位皇帝，孝宗在海疆安全问题上给予了更多的关注，并为恢复废弛的海军和海防事务做出了一些努力。弘治十三年三月戊寅（1500年4月22日）：“命福建备倭把总指挥五年一更，总督、巡海官三月一次出巡，互相更代；并行辽东等处。”[37]弘治十七年三月（1504年3月），兵科给事中张宏至向弘治皇帝言六事，其中两件事就与海疆安全有关。一是“择守备”，“谓苏松备倭都指挥既不堪任，宜于巡按御史所论，荐中择其镇静自守者代之，不必远举，以致纷扰。”二是“除海盗”，“谓海盗以船为家，造船必假日月，用工匠。宜于沿海等处择有力良家，方许造船，籍其县里、姓名。船皆有度，不许过大。又各异其色，令易辨识。有私造者，重治之。则贼进退无所，而成擒矣”[38]。这两项建议都得到了皇帝的许可。虽说孝宗对加强海军力量和海防建设着力不多，但至少没有进一步削弱，这在当时那种轻视海军的政治大环境下可以说是难能可贵了。
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