当中央直属舰队开始整编时，海岸警卫舰队的筹建工作也有条不紊地开始进行。与中央直属舰队由国家财政拨款不同的是，海岸警卫舰队主要是靠各省的地方财政拨款进行建设的。从人力、物力、财力等方面看，海岸警卫舰队无法与中央直属舰队相比。不过由于各省的海岸警卫舰队主要负责本省近海的巡防工作，对舰船和人员数量的要求并不严格，因此给各省造成的财政负担也不算太严重。很多时候，海岸警卫舰队的船只直接从民间招募或者购买，人员除了从沿海居民中挑选外，还有一些是放逐到边境当兵的罪犯，他们戴着红帽，以示区别。[20]这可以节省很多建设经费。但是，构成海岸警卫舰队核心战斗力的战舰还得是专门建造的军用舰船，人员还得是经过严格训练的旗军，这是每个沿海省份都少不了的财政支出，否则海岸警卫舰队就毫无战斗力可言了。
洪武五年八月甲申（1372年9月7日），明太祖下诏，令“浙江、福建濒海九卫，造海船六百六十艘，以御倭寇”。因为此前“濒海州县屡被倭害，官军逐捕往往乏舟，不能追击，故有是命”[21]。十一月又下诏，令其“造多橹快船以备倭寇”[22]。洪武十五年五月（1382年6月），龙虎卫百户王英督造海舟于昌国县。[23]洪武十七年八月庚午（1384年8月21日），明太祖命容阳侯郑遇春、东川侯胡海督金吾等卫造海舟180艘。[24](www.xing528.com)
洪武二十三年正月（1390年1月），明太祖采纳镇海卫军士陈仁的意见，“以苏州太仓卫当大海之口，命造海舟”[25]。四月丁酉（1390年4月19日），又下令“滨海卫所，每百户置船二艘，巡逻海上盗贼。巡检司亦如之”[26]。这一决定使得沿海50多卫、80多守御千户所和300多巡检司至少建造了3500多艘战船，[27]极大地加强了海岸警卫舰队的实力，使得海岸警卫舰队有能力配合中央直属舰队协同作战，共同打击海盗和倭寇对中国沿海的侵扰，保卫明朝海疆的安全。
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