马致远的杂剧创作，可以以元世祖卒年为界，分为前后两个阶段。他在元世祖至元时期创作的杂剧有《吕洞宾三醉岳阳楼》、《孤雁汉宫秋》、《半夜雷轰荐福碑》、《江南司马青衫泪》四种。
《孤雁汉宫秋》，又名《破幽梦孤雁汉宫秋》，简称《汉宫秋》。末本，正末扮汉元帝。剧本深刻地流露了作者对国家命运的关注和沉痛的忧伤情绪，是元代著名的悲剧，也是现存最早敷演王昭君故事的戏曲剧本。《后汉书·南匈奴列传》载：“昭君字墙，南郡人也。初，元帝时以良家子选入掖庭。时呼韩邪来朝，帝敕以宫女五人赐之。昭君入宫数月，不得见御，积悲怨，乃请掖庭令求行。呼韩邪临辞，大会，帝召五女以示之。昭君丰容盛饰，光明汉宫，顾影裴徊，竦动左右。帝见大惊，意欲留之，而难于失信，遂与匈奴。生二子，及呼韩邪死，其前阏氏子代立，欲妻之。昭君上书求归，成帝敕令从胡俗，遂复为后单于阏氏。”对于这一段历史史实，马致远是十分清楚的，他在散曲［南吕·四块玉］《紫芝路》中也写过王昭君的思乡之情：
雁北飞，人北望，抛闪煞明妃也汉君王。小单于把盏呀剌剌唱。青草畔有收酪牛，黑河边有扇尾羊，他只是思故乡。
但是在《汉宫秋》中他却突出了在匈奴胁迫之下，汉室文臣武将的无能。在他的笔下汉元帝是不得不让自己的爱妃出塞和亲的，从而酿成了王昭君的悲剧命运。王昭君是为了汉室江山而出塞和番，她在自我嗟叹中表现出勇于承担国家灾难的刚毅品质。王昭君临行留下汉家衣服的情节，则进一步表现了昭君坚贞的节操；而昭君誓不入番，在汉匈交界处投江而死的情节，虽然着墨不多，却更赋予昭君形象以新的意义，并最终完成了在民族矛盾中保持崇高气节的动人形象。这在元代特定的历史条件下，无疑是具有积极意义的。马致远对这一历史故事的处理不能不说是在民族压迫下，一种民族情绪的曲折表现。这在当时也是具有一定现实意义的。
《汉宫秋》是末本剧，旦角并无唱词，但古典剧目中哭哭啼啼的王昭君形象却是此剧奠定了基础，明清同题材剧目的王昭君没有新的变化。
《汉宫秋》把矛头指向毛延寿和不能保卫国家的文臣武将，马致远将毛延寿写成一个叛国的逆贼，作为戏剧中被谴责的主要对象。最早把毛延寿与昭君故事联系起来的记载见于葛洪《西京杂记》：“元帝后宫既多，不得常见，乃使画工图形，案图召幸之。宫人皆赂画工，多者十万，少者亦不减五万，独王嫱不肯，遂不得见。匈奴入朝，求美人为阏氏，于是上按图，以昭君行。及去，召见，貌为后宫第一，善应对，举止娴雅。帝悔之，而名籍已定，帝重信于外国，故不复更人。乃案穷其事，画工皆弃市，籍其家资皆巨万。画工有杜陵毛延寿，为人形丑好老少，必得其真；安陵陈敞，新丰刘白、龚宽，并工为牛马飞鸟众势，人形好丑，不逮延寿；下杜阳望亦善画，尤善布色，樊育亦善布色。同日弃市。京师画工，于是差稀。”毛延寿只是当时被杀的画工之一，并没有明确说明向昭君索贿的就是毛延寿，更没有毛延寿将昭君图像献给匈奴单于，并唆使单于攻汉的记载。马致远经过加工创造，把毛延寿写成首恶。作品中直斥不能保卫国家的文臣武将，从而寄寓了作者对历史上亡国之臣的批判。
《汉宫秋》剧中主角是汉元帝。作品对于作为一国之主的汉元帝却连自己最宠爱的妃子也不能保护，以至演成一幕生别的悲剧事极力加以渲染。而在描绘汉元帝对王昭君的思念时，更渗入了作者对国家命运的关注，流露出深沉的忧伤情绪。特别是在第四折对汉元帝于汉宫闻孤雁悲鸣的一段描写，更是马致远个人心境的直接写照。它和白仁甫的《梧桐雨》写唐明皇怀念杨贵妃的凄婉忧怨之情极为相近，堪称之为姊妹篇章。它们都是抒情式的作品，都是借历史上的兴亡聚散，抒写作者的胸臆之作。这代表了元初文人的思想感情。如白仁甫的好友王思廉所写的七绝《昭君出塞图》：“黄沙堆雪暗龙庭，马上琵琶掩泪听，汉室筑戍无上策，错教红粉怨丹青。”就传达了同样的感情与意境。
如果说《汉宫秋》主要表现的是一种民族的情绪，那么，《荐福碑》和《青衫泪》等就主要表现了文人失意的忧伤。“雷轰荐福碑”是当时流传颇广的故事，俗谚有所谓“时来风送滕王阁，运去雷轰荐福碑”的说法，这句话的意思是说人生穷通得失，皆由命定。马致远的《荐福碑》写落魄书生张镐，在倒运时，流落在山西长子县教村学，虽持有范仲淹的三封荐书，可是两次投书都遭到失败。后又流落到饶州，荐福寺和尚要为他打拓庙中颜真卿书写的碑文，以便沿途卖掉作为进京的盘缠，不料碑文又被雷轰掉。剧本最后的结局是范仲淹再次出现，张镐时来运转，功成名就。不难看出这个剧本的基本倾向仍是宣扬宿命论观念。但是剧本通过主人公的不幸遭遇，抨击了现实社会中贤愚不分，是非颠倒的现象，寄托了作者怀才不遇的思想感情。如第一折中张镐困厄时的自白：
［仙吕·点绛唇］我本是那一介寒儒，半生理没红尘路，则我这七尺身躯，可怎生无一个安身处。
［混江龙］常言道七贫七富，我便似阮籍般依旧哭穷途。我住着半间儿草舍，再谁承望三顾茅庐。则我这饭甑有尘生计拙，越越的门庭无径旧游疏。既有这上天梯，可怎生不着我这青霄步，我可便望兰堂画阁，刬地着我瓮牗桑枢。
他还借剧中人的口，咀咒当时社会：
［幺篇］这壁拦住贤路，那壁又档住仕途。如今这越聪明越受聪明苦，越痴呆越享了痴呆福，越糊涂越有了糊涂富，则这有银的陶令不休官，无钱的子张学干禄。
作品抒发了元代知识阶层的愤懑不平。这种不平，最后还是消失了，张镐中了状元，娶了扬州太守的女儿，飞黄腾达，剩下的只有命运决定一切了。
《青衫泪》借白居易《琵琶行》敷衍成白居易与妓女裴兴奴的爱情故事。这个剧本写妓女、士子、商人三角关系的爱情纠葛，是元杂剧中流行的题材，作品袭用了元杂剧中常见的关目，可以看出马致远和杂剧艺人关系非常密切。这也是现存马致远杂剧中唯一的“旦本”戏。剧中裴兴奴的形象，真实地反映了妓女的生活和悲惨的命运。如第二折裴兴奴被逼嫁时的唱词：(www.xing528.com)
［尾煞］不甫能一声金缕辞歌扇，刬地听半夜钟声到客船。少年的人苦痛也天！狠毒呵娘好使的钱，你好随的方就的圆，可又分的愚别的贤，女爱的亲娘不顾恋，娘爱的钞女不乐愿，今日我前程事已然。有一日你无常到九泉，只愿火炼了你教镬汤滚滚煎，碓捣罢教牛头磨磨研，直把你作念到关津渡口前，活咒到天涯海角边。都道这风尘是夙缘，明理会得穷神解不的冤。你只把我早嫁浔阳一二年，怎到的他干贬去江州四千里远。
这是在灾难降临时，从重压的底层爆发出来的火焰，是大胆的咀咒和抗争。作品还表现了落魄文人和不幸妓女的共同命运。不过这个剧本还写了圆满的结局，白居易又入朝为官，白、裴的婚姻完成，文人不再落魄，妓女得到归宿。这样的结撰，在一定程度上触及到当时社会现实，同时也曲折地反映了作者的生活和思想。
《黄粱梦》是马致远在元贞时与艺人花李郎、红字李二以及李时中合撰的名剧。“黄粱梦”的故事，在唐代有沈既济所著传奇小说《枕中记》，写吕翁与卢生事，至金元时，则附会为钟离权度脱吕洞宾，并已成为全真教教祖神圣事迹，流传极广。此剧是末本戏，正末在第一折扮太极真人钟离权，第三、四折扮院公、由钟离权幻化的樵夫、邦老。剧写东华帝君命太极真人钟离权度化吕洞宾。在邯郸道黄化店，钟劝吕修道，吕坚决不肯，一心追求功名。吕洞宾困倦，钟使他在梦中经历了人世间的酒色财气：吕中举后官拜兵马大元帅，奉命征讨吴元济，岳父高太尉为他饯行，吕饮酒呕血，因而戒酒。吕接受敌方贿赂卖阵，回家发现妻子与人私通，欲杀妻被院公劝住。奸夫告发吕受贿事，被迭配远恶军州，妻子吵闹，吕休妻，断了财和色。最后吕携带子女充军发配，又遇强盗追杀。吕洞宾在将被杀时惊醒。梦醒后，临睡时店婆所烧黄粱饭尚未煮熟，于是悟道成仙。
马致远等人的《黄粱梦》与《枕中记》相较，《枕中记》只是表现“富贵如过眼烟云”的虚幻思想，而《黄粱梦》则揭示了统治阶级的丑恶，表现了作者对现实的否定。《黄粱梦》是元杂剧中“神仙道化”剧的代表作，也是元中期的代表作。马致远执笔的第一折［仙吕点绛唇］套曲中叙说神仙之乐的几支曲子的曲辞被誉为绝唱（青木正儿《元人杂剧概说》）：
［金盏儿］上昆仑，摘星辰，觑东洋海则是一掬寒泉滚，泰山一捻细微尘，无我一般人。
［后庭花］我驱的是六丁六甲神，七星七曜君。食紫芝草千年寿，看碧桃花几度春。常则是醉醺醺，高谈阔论，来往的尽是天上人。
［醉中天］俺那里自泼村醪嫩，自折野花新。独对青山酒一尊，闲将那朱顶仙鹤引。醉归去松阴满身，泠然风韵，铁笛声吹断云根。
［金盏儿］俺那里地无尘，草长春，四时花发常娇嫩。更那翠屏般山色对柴门，雨滋棕叶润，露养药苗新。听野猿啼古树，看流水绕孤村。
马致远所追求的生活境界，虽然具有宗教色彩，也说到“真人”驱使神鬼的法力，但更主要表现了“真人”心性清净，使自己在精神上与大自然融为一体，无拘无束，充分地享受自由、乐趣的境界。［醉中天］曲，描绘了出家人悠闲自在的生活：折野花，引白鹤，饮村醪，听铁笛，自斟自饮，身披松阴，忘记了时空的限制。［金盏儿］曲勾画了出家人所居住的山林茅舍的幽美的自然环境：青青的草、娇美的花、翠色的山、茅草的屋、棕叶上的雨滴、药圃里的新苗、悲啼的猿声、苍老的古树、清澈的流水、幽静的孤村……构成一幅文士山林隐居图。
与《黄粱梦》同作于晚年的其他一些杂剧也表现了同样的思想情调。《陈抟高卧》是写隐士陈传的事迹。陈传也是全真教尊奉的祖师，宋太祖在没做皇帝时，曾请他占卜命运；即位后，又派使臣将他迎接入朝，并准备授以官爵，陈抟固辞不受，回山继续隐居。陈抟辞官时说：“本居林下绝名利，自不合刬地下山来惹是非，不如归去来兮。”又说：
［二煞］鸡虫得失何须计，鹏
逍遥各自知。看蚁阵蜂衙，龙争虎斗，燕去鸿来，兔去乌飞。浮生似争穴聚蚁，光阴似过隙白驹，世人似舞瓮醯鸡。便博得一阶半职，何足算，不堪题。
《任风子》是写马丹阳度任屠事。马丹阳欲度脱任屠，便到甘河镇，在当地布教，使一方不吃腥荤，屠户都折了本钱。任屠决心去杀马丹阳，但最后反而要跟马丹阳出家。任屠经过考验，最后休妻摔子，修成正道，更深一层表现出作者对现实生活的绝决态度。
马致远所写的宗教剧都是演述全真教的事迹。全真教，道教流派，因创始人王重阳自题所居庵为全真堂，凡入道者皆全真道士而得名。金初创立，盛行于金朝后期和元代。该教汲取儒、释思想，声称三教同流，主张三教合一。以《道德经》、《般若波罗蜜多心经》、《孝经》为主要经典。全真教在动乱时期，倡导“以识心见性，除情去欲，忍耻含垢，苦己利人为宗”（元李道谦《甘水仙源录》），是当时部分知识分子隐身避世的一个归宿。马致远的神仙道化剧，表现出他的思想与全真教完全合拍，以及他遵奉全真教的态度。
如果就杂剧创作表现文人复杂心态一面看，马致远无疑是最典型的。他在《汉宫秋》中流露出强烈的民族情绪，明显隐含着对元朝政治的否定；但他在《荐福碑》等剧中又表现出渴慕用世的急切心情；至于《黄粱梦》等神仙道化剧，不过是求仕不得而聊作自我安慰。由否定元王朝，到渴望出仕元王朝，最后在求仕不得的悲愤中寻求解脱，马致远这种十分矛盾而又无可奈何的复杂心态，正是有元一代沦落文士复杂心态的缩影。
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