清军之所以不能利用日方的明显缺陷，并不能简单地用畏缩不前、消极避战解释，而实在是由如下两个因素硬性限制的结果：
1. 指挥系统的缺陷
如前所述，在不存在压倒性物质差异和武器代差的情况下，内线作战之胜利，端赖于优秀统帅与足够大的机动空间。此战显然不缺乏空间，所缺者恰在于优秀统帅。
而要深刻理解此一问题，又要先认清清军之结构缺陷。
一般而言，编制结构有两大基本结构：一为扁平型结构，一为纵深型结构。纵向层级少、横向单位多，即为扁平型结构。纵向层级多，横向单位少，即为纵深型结构。纵向层级愈少，指挥效率愈高。横向单位愈多，管理难度愈大。直观上讲，最理想的组织就是纵向层级和横向单位都较少之组织。可是，这样的组织往往规模过小，而一旦规模扩大，必然导致最高指挥者面临横向单位过多的弊端。在这种情况下，如欲减少横向单位，必然要增加纵向层级。反之，纵向层级之减少，必然导致横向单位之增多。所以，过于扁平的结构和过于纵深的结构，往往都不是理想的军事结构。
当时的清军恰是一支结构过于扁平的军队。如本书第四章指出的那样，清军最大之常设单位是营，数营之指挥官，和十数营之指挥官之间，并无明确职权划分和军衔区别（清军根本就没有现代化的军衔制）。这首先造成了职权不清，其次则带来了战场上极大的指挥困难。以平壤之战为例，叶志超要与平级别的卫汝贵、马玉崑、左宝贵、丰升阿协商指挥。而每位指挥官又要直接管理大量的营：
其中最夸张者，卫汝贵一人要指挥13个营长，虽经一再抽调，开战时仍要指挥10个营长，且无专业参谋协助。左宝贵一人要指挥6个营长，还要兼顾江自康的2营4哨，难度亦不在小。丰升阿如非兵力被一再拆分，也将面临严重的战场控制困难。且每个营官之下，每个哨长要直接指挥8个队长，显然遵循的仍是冷兵器及冷热兵器混用时代的战术编组规则。此种结构缺陷极大地限制了清军的战术自由。相比之下，日军此战每路指挥官大抵只要直接指挥2—3个次级军官，又有高度专业化的参谋协助。双方军队之调度能力实不在一个层面上。在清军一方，这些缺陷只能通过指挥官之个人能力弥补。一旦指挥官阵亡，有组织之战斗立即瓦解。故清军用于大地幅之防御尚且困难，如主动出击更成问题，盛军与毅军在中和的误击已证明此点。而清军欲在短期内弥补此一缺陷，只有依赖于一位能力极高的如敌最高指挥官。
可是，这样一位指挥官竟又极难找到！
之所以如此，又是受到前述组织缺陷的反向限制。清军一贯忽视军事学说和军事教育体系之建设，中高层指挥官多依赖“从战争中学战争”之实践获得，死一个少一个。和平期越长，清军的中高层指挥人才越少。当时清军之指挥人才多锻炼自太平天国内战。这场内战虽然规模极大、时间漫长，但仔细审视就会发现，双方之军事组织都高度原始落后。盖冷兵器战争时代，武器之射程和威力都有限，所以战斗以密集队形展开，战斗之范围则不出指挥官之目力范围。具体战斗则几乎全在低层指挥官之肢体动作、原始语音的可控范围内。在太平天国内战中，交战双方虽都注重火器之装备和使用，却无一方形成军制革命，从而造成老式军制配新式武器的乌龙场面。无论规模再大的会战，最后一定碎化为一系列相互独立的数百人战斗。实战中，能够有效直接指挥数千人作战的指挥官都是优秀将才。能有效直接指挥一万人以上部队野战者更是凤毛麟角。加之湘淮军系统向来有强烈的地域、派系色彩，如无特殊背景者，即便兼有能力和权限，也未必能有效调动各路统领和基层营官。
在这层层限制下，1894年的清政府，能出任平壤前敌指挥的合格人选居然只有一个刘铭传。所以李鸿章才在7月15日（六月十三日）致电在六安隐居的刘铭传，自称：“鸿初盼和成，免劳大驾。今倭坚执不回，内意令大举致讨，有将无帅，恐致偾事，拟即奏请会办北洋督办朝鲜军务。公虽微疴，视鄙人老惫当胜万万。盼速复。”[50]
岂料刘铭传的反应是托病不出。这就导致平壤清军始终没有得到一个能力、权限、威望兼备的优秀统帅。其固有之组织缺陷不仅未得弥补，反而更形恶劣。
无奈之下，李鸿章转而决定成立一个前敌营务处，这虽然只是一个后勤机构，但李鸿章却给它赋予了一个附加的但却是更重要的职能——充当连接平壤与天津的中转指挥机构。负责人则是李鸿章帐下的资深幕僚周馥。显然是要借助此人在淮军系统中资历较老的特点，以协和诸将。本质是依赖电报线，实现“光绪一李鸿章一周馥一平壤诸将”的遥控指挥链条。[51]
从军事制度史上讲，这个安排可谓一奇，效率之低也可想而知。何况周馥资历虽深，却无实战指挥经验。只是清廷决策机构朽钝，直到平壤失守，居然连这个退而求其次的设想也未能实现！只好由光绪、李鸿章以电报遥控的方式进行效率极低的间接指挥，而二人的意见又屡起分歧，更加严重干扰了一线将领的行动。(www.xing528.com)
2. 高层分歧
进入9月后，鉴于日军已开始北上，光绪终于不再提南下攻取汉城的要求，但仍希望叶志超能发挥主动防御的精神，“不得以兵未全到，束手以待敌人之攻，而于敌之分兵修道，听其来往自由，不思半济而击之术也”。[52]
但是，究竟先打哪路日军，光绪和李鸿章之意见又生分歧。
光绪强调向南主动出击，仍希望能在取胜后顺势南下规复汉城。
李鸿章早在8月18日之前就意识到，“如敌攻，必数路来”。[53]进而立足具体情报，注重打击元山一路日军，首先确保后路安全，以利进退两便。
早在9月2日（八月初三），李鸿章就通过朝鲜官员得到了一个重要情报：12 400名日军将取道元山，经阳德远袭平壤守军后路。[54]
次日，李鸿章又获得新情报，元山日军先头部队三百余人，已经推进到阳德。鉴于阳德至元山之间，“山岭险峻异常”，元山日军又孤军深悬，与南方部队相互无法支援，故李鸿章急电叶志超，指示他“与诸统将密筹挑选精锐，间道出奇，拦头痛击，使其畏威不敢深入”。[55]
事实上，除对日军的数量过于夸张外，这两个情报非常准确。日军前卫抵达阳德的时间是9月2日，李鸿章得知的信息非常及时。其决定先打阳德日军的构想如能实现，清军完全可以在重创粮弹两缺的元山支队后，再转移主力对付其他几路日军。日军失去北部的奇兵，不仅无法切断清军交通线，且无法如实战中抢占北部尚地。
但是，在光绪的干扰下，平壤守军的出击方向恰恰是向南而非向东北。9月7日（八月初八）晨，七千余清军南下中和，随之发生了盛军与毅军夜巡误伤事件。远在天津的李鸿章因为信息的滞后，还不知道平壤大军已发。8日，他再次致电叶志超，强调了元山一路日军的危险性：“虞亥电拟挑精锐七千余赴中和相机迎击，是否已行？揣度敌情，以元山至阳德一路可窜我后路，关系尤重。前电商令派队拦头迎击，何不于此路设法雕剿，而急图黄州？若我进攻黄州，而阳德敌众绕扑我后，则进退失据，为患甚大！望与诸将熟筹调度，勿稍失机，若诸将或分一军进扼阳德，嫌力单否？务相机度势，妥慎图之。即速复。”[56]
这里李鸿章再度明确反对打南路日军，而主张先打元山支队。
至9月10日、11日，李鸿章仍念念不忘地连续提醒叶志超先打迂回平壤后路的日军。[57]但光绪始终没有就此表态，平壤诸将则索性婴城固守，企图以防守反击的战术破敌于坚城之下。终至于坐失战机。
据此再看野津道贯战前对清军必然株守平壤的判断，就不能不承认日军的知彼功夫在清军之上。清军不能在外围地带将日军逐个击破，实非偶然。既然清军无法在外围施展高效率之机动作战，日军此战中的分进合击貌似危险，实则是有惊无险。但是，决定危险系数的却不仅仅是清军在外围的动向。由于日军未能及时形成紧扣平壤城的严密包围圈，各部在相继抵达平壤城外时，仍处于分离状态。师团主力与“朔宁一元山”支队之间距离辽远且被山脉阻断，师团主力与大岛旅团、大岛旅团与“朔宁一元山”支队之间则被大同江分割。居于外围的日军要横向增援，难度极大。在理论上，清军仍具备在平壤城下将日军逐个击破的战机。师团主力的未能及时到位，更增强了清军的胜算。换言之，日军在此战中最大的敌人并非清军，而是地形和后勤供给的脱节。这是野津道贯战前始料未及的。于是，我们便回到了第二个问题上：何以清军仅经一天战斗便弃城而逃？
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