清代军事幕府经历了清初统一战争、中期边疆统一战争和晚期镇压太平天国、剿捻等战争。
清初统一战争主要是平定三藩，当时清王朝建立不久，民心思定。面对三藩叛乱，大批士子投笔从戎，参加了平定叛乱的战争。这表明清王朝入主中原时间虽然不长，但其正统地位已获得人民的承认，统一已是人心所向。三藩叛迹渐显之时，一些在三藩幕府的幕友纷纷设法离开，如吴三桂幕客王国桢“察知三桂纵恣不法，辞去。”[1] 查容也在吴三桂幕府，“察其有异志，佯醉骂座，掉身而去，即促装行。”[2] 魏际瑞于康熙十三年（1674年）被广东平南王尚可喜遣使聘为上宾，不久，魏际瑞借口不合，相机出逃。[3]
三藩叛乱之时，士子们更是站在朝廷，帮助平叛。魏际瑞于康熙十六年（1677年）入南赣总兵哲尔肯幕府，受哲尔肯委派赴宁都与吴三桂部将韩大任议抚，不幸被韩杀害[4]。沈埏于康熙十八年（1679年）“王师进征滇黔，招抚佟企圣召偕行”，幕中参军事，至康熙二十七年（1688年）春，才“自滇旋里” [5]。刘镳也被“奋威将军王进宝率兵至蜀，闻其名，引为参佐”，幕中参军事，参与平定吴三桂叛乱。[6]钱廉在靖南王耿精忠叛乱后，入闽浙总督李之芳幕府，“授以火攻之法”[7] 。蔡鹏于康熙十三年（1674年）冬入和硕安亲王幕，在幕两载，“草军书，参军谋，助平吴、耿叛乱。”[8]，等等。
对于清初平定三藩之乱时游幕士子们的表现，时人陈鼎评论道：(www.xing528.com)
国家养士惟隆，故多得士报。三逆难作，投笔从戎者以千数，死难死事者累累。范公以名进士首先殉节，从而死者及百余人。云贵总督甘公死，其幕客某及从者俱自杀。而从客就义，不降其志，不辱其自身，称稽氏为尤烈焉。於戏，非养士之报哉！[9]
当时，还有收复台湾之役。幕友也从事军幕，并在收复台湾后入当地行政幕府佐政。谢翀于康熙十七年（1678年）至二十二（1683年）在浙闽总督姚启圣幕府，“悉心赞画进讨台湾事”[10]。台湾于康熙二十二年（1683年）十月收复，次年设置台湾府，设诸罗、台湾、凤山三县，属福建布政使管辖，在澎湖则设置了厅。此后，内地一些幕友随官赴台湾佐政。陈梦林于康熙五十五年（1716年）至五十六年（1717年）应台湾地方官周钟瑄之聘，入诸罗县幕府，在幕中编纂《诸罗县志》，后来诸罗南部分为彰化县。康熙六十年（1721年），台湾爆发朱一贵起义，陈梦林入闽浙总督满保之聘入参军幕，佐平台湾民众反抗。[11]
清中期，雍正、乾隆时，主要是在边疆用兵，雍正时征噶尔丹平定西北，乾隆时平定准噶尔部，征服回部，征服大小金川等，均为边疆统一战争。各次战争时，军事幕府中都有幕友从戎，或参军事，草拟军书章奏，或办理军需。如年羮尧幕府中的汪景祺，于雍正二年（1724年）入幕，任“记室”，著有《西征随笔》一书，后因书中说功臣不可当，又有“皇帝挥毫不值钱”的句子，以文字狱被杀。[12]与汪同年入幕的还有蒋衡[13]。又如王昶与赵文哲于乾隆三十三年（1768年）至三十五年（1771年）年初夏在云贵总督，定边右副将军阿桂幕府，赵文哲“充书记”[14]之后征服金川时，王昶与赵文哲均在继任云贵总督温福军幕，赵文哲于乾隆三十七年（1723年）战死[15]，同时战死的还有在温福军幕“办军机事”的王日杏。[16]方观承在雍正九年（1731年）入平郡王福彭藩邸，雍正十年（1732年）至十二年（1734年），平郡王福彭任定边大将军讨伐厄鲁特蒙古噶尔丹策凌，方观承在军幕中“充书记”，并著有《从军杂记》一书。[17]又如，张三金，先后在云贵总督福康安、闽浙总督富勒浑及两广总督吉庆幕，幕中掌书记、参戎机、平定黔苗、征讨台湾。[18]
清代前中期，军事幕府职能比较单一。由于清前期军事行动主要依靠八旗及绿营这些国家正规军事力量，带兵者也以满族、蒙古族王公将军和绿营军事将领为主。战争中粮食、军饷均由国家责成地方官员筹集。军事将领也经常被授以总督身分，便于节制地方和动用地方资源，军事幕府虽有粮饷等后勤工作，但不必依靠军事幕府自身来解决这些问题。其职能相对较单一，主要是军事谋划，草拟军书奏章等。随着清王朝势力衰弱，八旗、绿营战斗力下降，后期军事幕府主要是依靠团练武装。由于清廷不信任汉族官员，团练武装在平定白莲教起义时虽已表现出较强的战斗力，但太平天国兴起后，清廷开始时依然只将其作为辅助力量使用，不给团练大臣地方实权，这使得筹饷、协调地方等工作极为困难。加之太平天国起义波及面广，战后恢复等工作任务艰巨，为适应这一变化，幕府职能开始变得复杂。同时，自鸦片战争后，西方势力对中国的影响日益明显，为了应对西方挑战，幕府又要办理洋务，此时军事幕府已获得了地方实权，因而中国近代化的历程往往是在这些幕府的推动下逐步发展的。我们以曾国藩幕府为例，来分析清代军事幕府，特别是清晚期军事幕府的秘书工作。
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