海军方面除了海军军令部以外，还有一个收集和调查水文兵要资料、编绘海图、编辑航道志的专业机构——水路部。
1871年海军部成立时，下设水路局负责测定航路、浮立标、灯台。1876年根据新定海军章程，水路局分设测量、制图、计算等四课，在海军省领导下负责“测量河海，绘制海图，编辑航路志，执掌测量诸事”。以上职责范围，不仅指日本国内，也包括国外的。因此，该机构自成立之日起，就被赋予为海军向外扩张开道的使命。1873年派遣军舰至琉球和台湾近海测量，以备侵台之需便是典型之例。
1888年起水路部隶属海军参谋部，负责“测量航路，编绘兵要及一般海图，编撰航路志”，自此“特别倾力编绘与作战用兵关系密切的兵要航路图志”[19]。水路部这一时期倾力编绘兵要航路图志，当然是出于对朝鲜和中国侵略的需要。其编绘用资料的来源，部分为欧美出版物，部分则是在华日舰的情报。日本海军是1885起常年派舰来华“警备”的，此后几乎每年都有日舰在华收集情报，测量航道，调查水文资料提供给水路部。水路部据此编辑、修改海图和航路志，在对外扩张中的作用愈发重要。
1894年甲午战争爆发前后，水路部突击印制了大量中国沿海、海湾航道图等提供给军方，并且派出船舰在中国水域测量，为日军寻找登陆点，配合日军作战，战后继续在辽东半岛和山东等沿海测量。(www.xing528.com)
1898年水路部复归海军省，自此一直属于海军省领导，工作内容基本未变，1913年测量课增加海上气象调查项目，以满足海军对气象兵要资料的需要。
1920年水路部改为五课制。其中，第一课负责编辑和刊行航路图志，制定测量计划，调查航道告示、海洋气象、航道、海湾等；第二课主管实施测量、编辑测量原图和航道记事等；第三课负责测量原图、保管海图的原稿原版、补充修改所保管的图志等。各课分工愈加细致明确。
根据欧美资料和自身的调查，尤其是充分利用来华日舰进行的调查，水路部数十年来一直致力于编辑、印发中国海图和长江等航道图，不断修编和刊印中国航路志。水路部的以上工作为日军从水上入侵中国铺设了道路。
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