1872年2月，海军省独立组建，下设秘史局、水路局等五个局，情报工作由秘史局兼管。同年3月海军省又专设翻译局翻译国外资料。专职翻译机构的设立说明成立伊始的海军省已经十分注重通过翻译国外资料获取情报。
1884年2月海军省设军事部掌管情报工作，“我国海军中设立负责情报工作的机构，此为发端”[13]。该部第五课掌管“谍报”，其下属信报室负责调查和收集有关外国海军力量及其兵制的资料；收集外国最新报刊和其他书籍、报告等中对海军有益的情报；调查派遣至外国的舰长、特别派出员、公使馆武官、公使馆等发回的报告中有关外国海军军事等情报。编辑室负责汇辑、编辑、翻译、出版外国海军书籍。此外，第三课的“水路室”职责也与谍报有关：“研究支那朝鲜海等外国航路。”[14]
此时正是日本军舰开始以“警备”“巡航”为借口进入中国领水收集情报之际（详见第四章、三、1），海军专门成立谍报机构，并且明确提出“研究”中国航路，无疑与强化对华谍报密切相关。
同年12月，根据新订《军事部条例》，军事部的对外谍报工作划归第三课负责。具体为：（1）东堪察加、桦太、朝鲜、中国沿岸航路地理的调查。（2）亚洲各国兵势的调查。（3）海图、航路志、地图、地理志的管理。新条例明确将中国水文地理及军事情报列为调查对象，无疑在于强化对“假想敌国”中国的谍报工作。(www.xing528.com)
1886海军省的军事部合并入参谋本部，称海军部，海军的军令及其谍报工作归参谋本部领导。海军部下设三个局，其中第三局负责外国谍报工作。该局第二课职责为：（1）调查邻邦军制及其他谍报。（2）研究“派遣将校”有关邻国的报告。（3）调查邻国航路及其沿岸地理政志。第二课首任课长为原驻华使馆武官日高壮之丞，该课对于“邻邦”的谍报显然是以中国为主。1886年前后正是海军方面派遣的来华谍报员显著增加之时，第二课明确将研究“派遣将校”的报告列为工作之一，说明对中国情报的解读在海军中央情报机构已经具有重要地位。
1888年海军参谋本部成立，接管原参谋本部海军部的工作。其下属第一局接替海军部第三局谍报在内的工作，1889年海军参谋本部改称海军参谋部，下设三个课，其中第三课掌管谍报。1890年新修订的相关条例明确规定公使馆海军武官由参谋部管辖，由此进一步统一了海军内部情报活动的领导和管理。
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