东京军令部越来越担忧地注视着战局的发展。在收到“飞龙号”也遭到了“赤城号”、“加贺号”和“苍龙号”同样命运的消息后，他们感到这场作战的失败已成定局。
日军已损失了4艘最好的航空母舰。“中途岛”敌航空兵力没有被歼灭。美军至少还有1艘或者是2艘航空母舰完好无损。在这种情况下，东京的战略家们认为继续作战是愚蠢的事。
永野海军大将和他的部下所担心的还不止是作战被延缓了，甚至也不是四艘航空母舰的损失，因为在太平洋上日本海军各舰种的军舰仍比美国海军多。这些人所最担心的是，山本海军大将为了力图挽回南云的败局，可能用他的全部兵力孤注一掷，去跟中途岛地区占压倒优势的美军航空兵力死拼。但是，军令部没有对之加以干预。军令部作战深课长富冈定俊海军大佐事后回忆说，虽然当时的气氛是非常担心，但人们一直保持沉默，注视着战局的发展。东京没有发出任何指示、命令或建议，完全听任山本海军大将自行指挥作战。
“大和号”上联合舰队的参谋部在放弃了夜战的想法之后，马上转而考虑下一步行动。每一个人心里都认识到他们已被打败了，但没有一个参谋人员建议中止作战。相反地，他们都拼命想方设法要从失败中捞回一些东西。稻草的溺水者一样。
各种各样的补救方法都提出来了。一位航空参谋建议，用“瑞凤号”（山本部队）和“凤翔号”（近藤部队）轻型航空母舰上进行转移的那些数量不多的飞机，加上战列舰、巡洋舰上的全部水上飞机凑成一支航空队，再去攻击敌舰队。他争辩说，这一攻击至少可以使敌航空母舰受到一些损失，削弱敌攻击力量，从而为日本的战列舰和巡洋舰兵力扭转战局提供更大的希望。
枪炮参谋主张，按照原定计划由近藤部队里的重巡洋舰对中途岛航空基地进行夜间炮轰的方针，加强行动。他说，如能使用足够数量的备有大口径火炮的军舰，就可对中途岛上的敌空军施加很大的打击，使之至少一天之内不能活动。还有一位参谋乐观地认为，战列舰的高射炮火足以击退敌航空母舰对山本部队的攻击。
黑岛海军大佐根据大家的讨论制定的初步方案简直是荒唐的。该方案要求所有战列舰，包括“大和号”在内，在6月5日大白天逼近中途岛，用它们的主炮轰击中途岛的航空基地。这个方案提交给了宇垣海军少将，他至少认识到这个计划实际上是个什么玩艺儿——是一个为了保全面子、不顾一切、蛮干、自取灭亡的方案，他直截了当地否定了这个计划。他说：
“你们应该明白，用军舰去和岸上设施交战是愚蠢的。况且，中途岛的机场还能使用，那里有很多陆上飞机。敌人有一些航空母舰也没受到损伤。我方的战列舰虽有强大的火力，但在我们还没能接近中途岛并能使用我们的大地之前，就会遭敌飞机和潜艇的攻击而被歼灭。
“如果情况允许，等角田的第二机动部队到达后，我们能发动一次攻势。但即便最终不能发动攻势而只好认输的话，我们也并没有输掉整个战争。我们的舰队还有8艘航空母舰，包括不久就可以完成的那些在内。所以，我们没有理由泄气。打仗跟下棋一样，由于绝望而蛮干的人是笨蛋。”
由于宇垣这番头脑清醒的干预，打消了黑岛拟定的方案。参谋人员中并非所有的人都感到满意。有些人想到要为战败担负责任，觉得不能忍受，他们为争取一个挽回面子的机会，不惜孤注一掷。有一位军官明白地反映了这种态度，他向宇垣抗议说：“我们怎么向天皇陛下交待这一败仗呢？”
在一旁听他们议论而一直保持沉默的山本海军大将这时突然开口了，他说：“这事交给我。对天皇陛下谢罪的只有我一个人。”(www.xing528.com)
山本这句话表明，他已几乎决定放弃攻击敌航空母舰和占领中途岛的任何企图。6月5日0点15分，山本采取了放弃这种企图的第一步，他命令近藤海军中将和南云海军中将（他们的部队仍然在准备着夜袭敌航空母舰和炮轰中途岛），中止这类活动，回到主力部队来。该命令说：
一、中途岛攻略部队（除去目前在待机中的输送船团，但包括第七巡洋舰战队在内）和第一机动部队（除“赤城号”、“飞龙号”及其警戒兵力）加入主力。
二、今天9点正，主力将到达北纬32°08′，东经179°179°01′的地点。航向090度，航速20节。
现在山本作出击沉“赤城号”的决定。早些时候，“赤城号”的青木舰长曾请求批准击沉“赤城号”，山本命令此事暂缓，因为他自己的部队和近藤部队正在推进，要与美军交战。但是，现在交战的希望已实际消失，并且已下令近藤部队和南云部队返回加入主力，所以不能推迟作出这个决定了。但作出沉舰的决定是极为痛苦的事，因为日本海军从来还没有击沉过自己的军舰。山本长官最后承担了这个重大责任，在2点50分下达了击沉“赤城号”的命令。
在这道命令自“大和号”发出后仅五分钟，即6月5日2点55分，联合舰队司令长官从“大和号”上又发出一道命令。这项命令最后肯定了日本部队的失败。命令说：
一、撤销中途岛作战计划。
二、中途岛攻略部队和第一机动部队（除“飞龙号”及其警戒兵力外）同主力会合，这支联合部队于6月6日上午在北纬33°，东经170°地点加油。
三、警戒部队、“飞龙号”及其警戒兵力和“日进号”水上飞机母舰应开柱上述地点。
四、输送船团西撤，摆脱中途岛敌机攻击范围。
这样就最后撤销了中途岛作战计划。
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