也就是运输船队遭受美军攻击的时候，在山本大将前方约400海里的地方，南云部队正以24节的速度驶向东南方的中途岛。舰队呈环行向前运动，中央是4艘航空母舰，周围是“榛名”号和“雾岛”号高速战列舰，以及“利根”号和“筑摩”号重巡洋舰，还有“长良”号轻巡洋舰和12艘驱逐舰。
越接近战场，第1机动部队的官兵就越紧张。夜幕降临了，19时40分，“利根”号突然拉起紧急信号，报告在260度方位上望见大约10架敌机。3架战斗机立即从“赤城”号起飞前去截击，但它们没有遇到敌机。“利根”号的报告是错误的。
经过这一场短短的虚惊之后，舰队继续航进，直到6月4日，情况如旧。2时30分，“赤城”号瞭望台突然报告道：右舷70度方位上仿佛发现敌机的航灯。在舰桥上的每一个人都向报告的方向观看，但没有看见任何东西。自从出航以来从未离开舰桥的青木舰长，不敢怠慢，立即下令备战，所有人员匆忙赶赴战位。
从云隙中眨眼的星星，由于舰在摆动，看来好像也在晃动。经过一分钟的瞭望和等待之后，舰长问瞭望兵，是否还能望见所报告的灯光。瞭望兵迟疑一下回答到：“阁下，我看不到灯光了。”
于是，舰长便对所有的瞭望兵警告道：“在报告以前，一定要弄清看到什么。”并叫他们不要由于舰的摆动误把星光当做灯光。
当青木正要下令停止备战之际，同一个瞭望兵再次喊叫起来：“在同样的方向上又发现灯光！这不是星光。”
全队各舰于是立即接到防空警报。但紧张一番之后，依然无法证实有敌机。
此时预定对中途岛发动空袭的时间就快要到来了。
这时，空袭中途岛行动的时间就要到了，南云仍然没有得到关于美军舰队活动情况的情报。现在作战时间已到，南云必须迅速作出决定。黎明前，南云召开情况会，对战前形势作了最后分析。根据战时记载，南云及其参谋当时对于敌情作了以下估计：
1.当中途岛的登陆战开始之际，敌方舰队大约将出来应战。(www.xing528.com)
2.从中途岛出发的敌空中巡逻，在西向和南向的将较多，而在北向和西北向的将较少。
3.敌空中巡逻的活动半径估计约为500海里，不可能危及我方舰队的安全。
4.敌人尚未觉察我方企图。也未发现我机动部队。
5.在我方周围并无敌方特混部队的迹象。
6.因此，我们能空袭中途岛，歼灭岛上岸基飞机并支援我登陆作战。然后，我们可以转过头来迎击敌机动部队，并予以歼灭。
7.敌方如果出动岸基飞机对舰队进行反击，我方出动截击机和高射炮火就能将其击退。
后来的事实证明，南云的分析和判断是绝对错误的。正是根据这个错误判断，南云把日本声名赫赫的航空母舰进击部队送往不可救药的地步。
6月4日凌晨1时30分，美军航母上的飞行员起床，开始用牛排煎蛋早餐。几乎同时，几百千米之外，日军航母上的飞行员也开始进早餐，那是由米饭、豆汤、腌菜、干栗子，还有米酒组成的传统的征战餐，士气高昂的飞行员一边用餐，一边互祝胜利。
2时45分，天已经拂晓了。在第1航母攻击舰队的待命室里，飞行员们吃着干栗子，喝着冷酒，这是在为即将参战的勇士们举行传统的欢送会。顶上，一半飞机停在金黄色飞行甲板上，准备起飞。下面，另一半飞机正在装鱼雷，用来对付预计会对袭击作出反应的美国军舰。
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