汤显祖的儒道佛三家根底都很深厚，他有意识地三家兼学、三家兼通，具有三家合一的哲学思想。
汤显祖自幼刻苦学习儒家经典，成年后成为八股文高手，儒学根底极为深厚。在儒学领域，刻苦读颂孔孟经典之外，敬重宋明理学，敬慕程颐、张载和朱熹，尤佩服周敦颐、程颢。他在为遂昌包熺所作《宋儒语录钞释序》说：“自孔孟没而微言湮，越千百载而宋四子续。四子之于道也，其几乎？余独于茂叔（周敦颐）、伯淳（程颢）窃有慕焉。盖尝读太极说、定性书，而知其学；读风月玉金之赞，而知其人矣。他如正叔（程颐）、张、朱不无少逊，而名言非乏。总之，逊心圣道而窥其藩焉者。”并说：“昔蔡季通[3]之父以程、张遗书授之。曰：‘此孔、孟正脉也。’呜呼，是编也，独课儿乎哉！独课儿乎哉！”（《遂昌县志》卷一〇）
汤显祖本人也努力学习理学，他是王阳明心学中王学左派的正宗弟子。因此，汤显祖不仅尊敬朱熹等理学宗师，而且撰文也遵循理学的重要观点。如《天下之政出于一》论说治国方略时，全遵朱熹的论说，甚至赞美：“详哉，朱子之言矣！主职论相，相职正君。君相得职，体统正，朝廷尊，而后天下之政出于一，无多门。”而“时主”则多为“多欲之君，不便于严重之臣”。又曾在《论辅臣科臣疏》中，指责张居正“刚而有欲”，申时行则“柔而有欲”。可见汤显祖正确理解朱熹“顺天理，灭人欲”的原则是针对君子和掌权者的高标准要求，而非面向普通人的普遍性原则。朱熹“灭人欲”指的是“淫欲”，即骄奢淫逸之欲，而非人的正常的欲望。宋明道学家的灭欲、清静的道修观，汤显祖是全盘接受的，故以此教育友人和后学：“无欲主静，谈学所宗。千古乾坤，销之者欲。”[4]不少论者认为《牡丹亭》宗情反理是反对理学、道学，是错误的。《牡丹亭》描写梦中爱恋和人鬼之恋，反的是假道学。
汤显祖的哲学观受罗汝芳、达观和李贽的影响。他说：“如明德先生者（汝芳），时在吾心眼中矣，见以可上人（紫柏，即达观）之雄，听以李百泉（贽）之杰，寻其吐属，如获美剑。”[5]
汤显祖十三岁时即从罗汝芳问学，跟他学道。万历十四年（1586）夏，罗汝芳至南京讲学，汤显祖从之游。
罗汝芳（1515—1588），字惟德，号近溪。江西南城泅石溪（今南城天井源乡罗坊村）人，明中后期著名哲学家、教育家、文学家、诗人。王学左派创始人王艮的三传弟子，泰州学派的代表人物。
汤显祖在全面掌握儒学的基础上，也刻苦学习道佛两家学说。他在南京为官期间，“得稍读二氏之书，从方外游”[6]，即认真学习道佛两家的经典，与禅宗大师结交。(www.xing528.com)
汤显祖学习道学，很有心得，其《阴符经解》即是颇有成就的阐释道家经典的道学文章。集中也有多篇佛学文章。
在佛学方面，汤显祖自述万历四年（1576）夏，读佛经于南京长干寺（后改名报恩寺）（汤显祖《蜀大藏经序》，文卷五）。万历七年（1579）三十岁，九月初一在南京清凉寺讲经（同上）。他与激进的禅宗大师紫柏（达观）结下深交。
达观，即紫柏真可（1543—1603），晚号紫柏。吴江（明代南直隶苏州，今属江苏苏州）人。俗姓沈，法名达观，中年后改名为真可，号紫柏。后世尊称他为紫柏尊者，明末四大高僧之一，因为陷入东林党争，在第二次妖书案中，被东厂拷打，伤重圆寂。
汤显祖热爱佛学，受佛学影响极深，故而达观曾多次劝导汤显祖出家。
罗汝芳和达观，都是三教合一的理论家和实践家。黄宗羲说罗汝芳“师事颜钧，谈理学；师事胡清虚，谈烧炼（炼丹）、采取（采气）、飞仙（成仙）；师事僧玄觉，谈因果，单传直指（禅宗）”[7]。达观主张儒、道、佛一致，不执守佛教的一宗一派，融会性、相、宗义，贯通宗、教。主张佛、道、儒一致，他融和佛教的五戒与儒家的五常，提出：“不杀曰仁，不盗曰义，不淫曰礼，不妄语曰信，不饮酒曰智。”并写有五首偈颂，对照佛、儒二家五种人伦道德。
汤显祖也非常敬仰激进的思想家李贽，读其《焚书》，十分倾慕。汤显祖与他在政治、思想、文学的反抗性和斗争性很有共鸣，而且锋芒毕露的风格也很一致。
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