作为一种法律实体，宗教组织有遵守法律的义务，也有自我存在和发展的权利，宗教团体应当获得自己的生存空间，要依靠法律保护、约束和支持实行有限的“自治”。同时，宗教组织作为社会的“第三部门”、非营利组织，实行自治也是其健康发展的前提之一。家庭教会虽然作为信仰基督教的团体，并非“一片净土”，有着与其他社会组织一样的缺憾。谁掌握了教会资源的支配权，谁也就可以操纵教会。规模较大的家庭教会往往拥有许多社会资源，比如信徒的捐款、教会的其他财产收入，但是在财务制度不公开透明，财务管理缺乏规范的操作以及统一问责机制下，许多捐助的募集渠道和运用渠道混乱不堪，人、财、物都是一人说了算，家长制作风严重，缺乏民主的决策和管理机制。[68]
1.完善内部管理机制
首先，完善教会组织章程和机构。教会组织章程制度、机构的建设与完善对于家庭教会实现自治非常关键，除了有章可循以外，信仰者按照规章制度践行宗教活动才能保障教会的秩序以及合法性。其次，建立健全内部的规章制度，形成民主的决议机制。以民主、公开、协商的方式处理内部事务，防止教会的家长制作风，大事小事都由长老说了算。防止教会成为成功人士或者乡土精英们获取利益的工具，对牧师、传道的事工有条件的进行资格审查。因为他们的认证资格关系到传道的质量以及异端导向的形成。最后，完善财务管理制度和内部监督制度。财务制度的透明是树立家庭教会在信徒中公信度的基础。如果没有严格透明的财务制度，家庭教会的廉洁就无法从制度上得到保障。应有专人负责财务，制订财务报告，及时、定期向信徒公开有关信息，以解释其从事的活动和财务收支情况，信徒拥有知情权和监督权。
2.积极的交流与对话(www.xing528.com)
当代社会是全球化和现代化并存的时代，交流与对话是当今社会的特征。选择的多元化和世俗化也给宗教团体带来了竞争，教会之间抢夺信徒的现象并不鲜见，此外，部分的新兴家庭教会已经出现了维权政治化的倾向，一味的躲避社会和政府、封闭发展并不可取。笔者认为，家庭教会应当在自治和独立的基础上面对困难，迎接挑战。因此，积极的对话和交流是保持自身活力以及发展下去的必要途径。丁光训主教也曾说过，“基督教要淡化与社会不相适应的部分，求大同存小异，变为服务型和道德型宗教，积极面对现实并服务社会”。
从古至今，我国的宗教组织存在一定的政治化倾向。宗教组织往往是国家政权的附属品，接受国家的行政管控。在这种背景下，宗教是政治的附属物，宗教组织也很难真正作为一个社会团体开展活动，就政府管理的角度来说，应当转变管理理念，从行政管理转为依法管理，赋予宗教团体足够的规范生存发展空间。宗教组织亦应从政治依附转为自律和自治发展，作为一个法律实体，宗教组织既有自我生存、发展的权利，也有遵守法律的义务。也就是说，宗教组织应当获得生存和发展权，要依靠法律保护、约束和支持，真正地实现团体自治。[69]
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