2014年11月29日，财政部《关于印发〈政府和社会资本合作模式操作指南（试行）〉的通知》（财金〔2014〕113号，以下简称《指南》），《指南》对争议解决作了规定，即在项目实施过程中，按照项目合同约定，项目实施机构、社会资本或项目公司可就发生争议且无法协商达成一致的事项，依法申请仲裁或提起民事诉讼。这意味着承认PPP项目合同以民事属性为主，有利于社会资本获得更为充分的司法救济，对于提高社会资本参与PPP项目的信心有极大作用。
但是，2015年5月1日，《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》发布，其中明确公民、法人或其他组织就政府特许经营协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理。该《司法解释》第14条规定，人民法院审查行政机关是否依法履行，按照约定履行协议或者单方变更、解除协议是否合法，在适用行政法律规范的同时，可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范。该《司法解释》没有明确回答业界关于PPP项目合同究系行政合同还是普通民事合同的疑惑，但毕竟为该类项目出现争议之后寻求司法救济开了一道口子。那么，在纠纷解决新规出台之前，应当坚守传统行政合同与民事合同之界分，在目前规则下，投资人也可以将PPP纠纷中涉及民事纠纷的部分约定适用商事仲裁程序。
类似地，迄今为止，在我国理论界和实务界，关于国有土地使用权出让合同纠纷究竟是通过行政诉讼还是民事诉讼解决，尚未达成共识。尤其是，在新修改的《中华人民共和国行政诉讼法》（以下简称《行政诉讼法》）于2015年5月1日生效之前，从最高人民法院的有关司法解释和司法政策的发展趋势看，越来越多的行政合同被视同民事合同，这类合同纠纷被作为民事案件受理并审判。例如，关于国有土地使用权出让合同的纠纷即作为民事案件对待。《国有土地上房屋征收与补偿条例》中涉及的补偿协议纠纷，在一些法院亦被视为民事合同纠纷——当事人对其提起行政诉讼则裁定不予受理或者驳回起诉。[14]特别是，最高人民法院根据《中华人民共和国民法通则》《中华人民共和国合同法》《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国城市房地产管理法》等法律规定，结合“民事审判实践”，就审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律的问题，于2004年11月23日通过了《最高人民法院关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》（自2005年8月1日起施行，目前仍然有效）。国有土地使用权合同纠纷包括国有土地使用权出让合同纠纷、转让合同纠纷及合作开发房地产合同纠纷等，显然，该解释是把国有土地使用权出让合同纠纷定性为民事案件。(www.xing528.com)
根据《行政诉讼法》第12条第1款第11项的规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议的，属于人民法院受理行政诉讼的范围。该条款虽然没有明确列举国有土地使用权出让合同，但从该条款用语“等协议”的字面含义来看，其属于“等外等”，因而是开放性的，加之国有土地使用权出让合同所具有的行政协议属性，那么，国有土地使用权出让合同纠纷应当蕴涵在该条文的内涵之中，由此，该类纠纷原则上应通过行政诉讼方式予以解决。但是，考虑到理论界对行政合同的看法尚未达成一致，且行政合同所具有的合同属性，以及历史原因，导致司法实践中对国有土地使用权出让合同纠纷的救济状态存在“行民”两条途径，或者说“二元化”体制。对此，不能断然认为按照民事诉讼途径解决国有土地使用权出让合同纠纷就是错误的。正确的态度和做法是，应当按照《行政诉讼法》的规定逐步将国有土地使用权出让合同纠纷由民事诉讼途径转为通过行政诉讼途径解决。[15]
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