调查分为两种类型：申诉人提起申诉后的调查和申诉专员主动调查，以前者较为常见。主动调查虽然在案件总数中占的比重较小，但是意义重大且呈增多的趋势（见表5），说明申诉专员以一种更为积极的姿态去维护欧洲公民的权利，这也是该制度同司法制度的重要区别之一。到了2014年，申诉专员又进一步任命了“主动调查协调员”（Own-initiative Inquiry Coordinator）专理此事[33]，进一步地提高了主动调查的谨慎性和专门性。欧洲议会鼓励申诉专员就一些事项展开主动调查，因此专员可以在社会舆论等信息的引导下自主地运用调查权，无论是否有具体的申诉人或是申诉人是否适格。这无疑提升了申诉专员处理不当行政行为案件的能力空间。如2011年，在一个针对欧洲投资银行（为欧洲经济共同体成员国合资经营的金融机构）的申诉案件中，虽然存在申诉人不适格的情况，即申诉人不是欧盟公民或居住者，但是申诉专员依然受理了案件，并使用了主动调查权，最后促使欧洲投资银行同申诉人就一些特定事项达成了谅解备忘。[34]
表5 2007—2014年行政申诉专员主动开展调查的案件
注：本表数据统计源于The European Ombudsman Annual Report 2007-2014.
调查一般运用两种方式：(www.xing528.com)
（1）询问、沟通式
如果行政申诉专员发现有足够的理由可以支持该项调查，他应通知申诉人和相关机关，向相关机关转送申诉书副本，并请他们在特定的时间内，通常是在3个月以内，提交一份意见书。该项意见书可以就申诉案件中特定的方面，或者是特定的问题，作出相关解释。但是意见书的内容不包括被相关机关列为机密的信息或文件。[35]行政申诉专员将意见书发送给申诉人，申诉人在特定时间内向行政申诉专员提交评论意见，一般不超过1个月。如果认为有必要，行政申诉专员可以作进一步的后续询问调查工作。除了相关机构作出答复的期限由3个月改为1个月以外，上述内容同样适用于后续的调查工作。[36]
（2）审查式
根据行政申诉专员法所规定的情况，行政申诉专员可以要求欧洲共同体内的机构或组织以及会员国相关机构，在合理的时间内，提供调查所需要的信息或文件（被注明的机密文件除外，下同）；行政申诉专员可以审查相关机构的档案这项权力的使用率正在不断地上升，相比于2010年的26件案件，在2011年的38个案件中，申诉专员使用了审查权，[37]并可以取得所有档案的副本，或者档案中的特定文件资料的副本；申诉专员可以要求共同体机构或组织的官员或其他工作人员，提供符合法律规定的证据；申诉专员可以要求共同体组织和机构，为其安排进行现场调查。[38]另外，申诉专员为了圆满完成一项调查，必要时，可以寻求学理或专家报告的支持。
一般情况下，由于由申诉人提起申诉的案件占多数，所以两种方式在使用时，多是以前者为先、为主，在以申诉专员为“沟通枢纽”的意见交流中，在了解相关申诉事实的基础上，申诉专员可以有针对性地使用审查式的调查方式。对于由申诉专员主动开启的调查，由于大多数情况下没有相关具体的申诉人提起申诉，因而主要使用审查式。调查开展的每一个阶段和步骤，申诉专员都会及时通知申诉人，以便让当事人及时了解案件进展。[39]
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