（一）当地人才不足，产业基础薄弱
筑波市原有的科技基础和人才基础并不好，要完全从东京搬迁而来另建，既耗资、耗时和耗力，又难出成效。日本政府的技术城计划并没有足够的经费支持把研究与教育机构迁出东京，因此，虽然实行了筑波科学城计划，但最好的大学和主要的公司总部仍然集中在东京。
（二）选址存在问题
当初建设筑波科学城时，是有意地把一些设施布局在东京之外，但筑波离东京太近，而且与东京有高速列车相联系。这本来是优势，但是后来却成为筑波科学城发展的主要限制因素。在筑波科学城初建的几年内，愿意搬往筑波的人不多，很多政府职员和职业工人不愿抛弃他们在东京的原有住房，他们的孩子不愿意离开东京上学，因为在东京可以上名牌学校，毕业后可以在企业或政府中找到好职位。很多家长在周末坐高速列车回东京，而在工作的一周内住在筑波的单身宿舍。此外，很多工人考虑到保证退休后的工作机会，也不愿离开东京。因为筑波的私有企业很少，而在国有企业工作的工人60岁退休后需要到私人企业中寻找工作，这样的退休制度使他们感到与东京公司保持联系的重要性。
（三）园区管理相对低效(www.xing528.com)
筑波的各类研究机构和教育设施以及其他产业和公司，都有其各自相应的主管部门。在东京的日本政府有关机构对其下属单位都是垂直领导、垂直指挥，而政府部门之间却缺乏应有的协调和一致。其结果是上面各政府主管部门之间争权夺利，往往造成重复建设和巨大浪费；下面各研究机构之间相互独立，很少交流，它们只对东京的上级行政部门负责。国有机构与民间企业也互不来往。[126]
（四）科技成果转化不足
当地政府作为投资主体，根本不了解市场，作为投资代理人的政府官员也没有激励机制去了解市场、了解技术。在筑波，所有的研究成果创造的价值与研发人员本身的收入并无直接的联系，研发人员缺乏激励动机关心其成果的产业化与应用价值。“或许是政府没有这一计划指标，使这里不太讲究新技术的开发和应用，不太善于与外界发生交往，工作没有多大压力，从而也谈不上对本国经济和对世界科技发展有多大贡献。据了解，筑波的技术创新和产品开发是很艰难的，如他们的一项科研从立项、审批、研究、论证到出成果一般需要10年时间。”[127]
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