守城的将官伊夫蒂哈尔发现城已经无法守住，就撤退到附近的“大卫之塔”内。这座塔楼其实是坚固的堡垒，完全可以在内做长期的抵抗。但伊夫蒂哈尔却以自身的安全离去为条件，向从附近的雅法门入城的圣吉尔提出投降。圣吉尔要求伊夫蒂哈尔留下贵重物品，接受了他的投降请求。在整座城市陷入混乱之后，守将却自己向亚实基伦逃去。
与在安条克城时一样，十字军认为耶路撒冷城内一个穆斯林都不应该留下。此时城里虽然没有基督徒，却还有犹太人在城中。但在西欧来的基督徒看来，犹太人也是异教徒。因此十字军所做的，就是杀死在城内见到的每一个居民。这次占领之后，他们连一个奴隶也没有俘虏。在这座圣城耶路撒冷，一个异教徒也没有活着留下。
在暴乱之中，洛林公爵戈德弗鲁瓦和少量士兵一起，径直来到了圣墓教堂，并在这座耶稣墓上建造的圣所里，虔敬地做了祈祷。但是祈祷并未使他们做出任何努力，来阻止全城内正在发生的暴行。毕竟，戈德弗鲁瓦也只是一名普通的中世纪基督徒。
丹克雷迪则在城门打开之后，独自前往穆斯林的圣所掠夺财富。当他踏入阿克萨清真寺，准备大行劫掠之时，他所见到的是避难于其中的300名穆斯林，其中包括妇女和孩子。
这位25岁的年轻将领命令避难的穆斯林全数离去。之后，他在清真寺的屋顶插上了代表自己和波埃蒙多所属的阿尔塔维拉家的旗帜，并将寺内的宝物全部运走。
但丹克雷迪部下的士兵却在搜索宝物的过程之中，将阿克萨清真寺付之一炬，烧死了其中的300名穆斯林。
第二天，也就是7月16日，耶路撒冷市内的街道到处都被屠杀惨剧留下的鲜血染红了。屠杀居民并不是诸侯的命令。兵士和朝圣者们杀得兴起，直到黄昏时分才告罢休，回到城外的营帐内休息。此时城内已经平静下来，各位诸侯通过成堆的惨遭杀害的穆斯林平民尸体之后，来到了圣墓教堂，进行攻陷城市后的首次会议。
这次会议以在圣墓教堂中对上帝的感谢祈祷而告终。对异教徒见一个杀一个的西欧基督徒，在教堂的祭坛前一个个泣不成声。“解放耶路撒冷”的目标，终于在公元1099年7月15日成功实现了。这时距离十字军从欧洲出发已经有三年之久。
人是很难分善恶的，因为在同一个人心中，同时有善与恶存在。因而宗教、哲学或道德伦理的教导，往往不能取得令人满意的效果。因此古人有言形容现实：“日光之下，并无新事。”（译者按：此出自《圣经·旧约·传道书：1-9》）(www.xing528.com)
城陷后两天，7月17日，十字军的领导人再次聚集于圣墓教堂。这次聚会是为了决定耶路撒冷城今后的命运。
在从军神职人员的强烈要求下，十字军领导人首先讨论了耶路撒冷大主教的任命问题。对神职人员来说，圣城耶路撒冷理应交由神职人员来统治。然而尽管各位诸侯对此没有异议，在具体的人事任命上，还是产生了分歧。
本来最有资格担任耶路撒冷大主教的两位神职人员，现在都无法出任了。他们是教皇的代表阿德马尔，和穆斯林统治耶路撒冷时的大主教西蒙。阿德马尔已经死在了安条克，而西蒙则被耶路撒冷原来的埃及当局流放，并于城陷之前不久死于塞浦路斯岛上。
在这种情况下，十字军只有遣使罗马，请教皇乌尔班二世来裁决。但当时乌尔班二世已经病入膏肓，最终于当年7月29日死于罗马。此时正值耶路撒冷陷落之后两周，由于消息传递慢，以“十字军的教皇”闻名于世的乌尔班二世，最终未能得知收复圣地的捷报。而罗马教廷随即选出了新的教皇。
因此耶路撒冷的大主教就必须在当地选出。在各位诸侯所率领的军中，都有神职人员积极参与。
其中声望最高的，是一位属于南意大利诺曼人的波埃蒙多军队里的僧侣。但他并没有推荐自己，而是推荐了自己的朋友担任耶路撒冷大主教。他本人则被选为伯利恒大主教。
最终被推选为耶路撒冷大主教的，是跟随诺曼底公爵军队的德罗，他曾担任征服者威廉之女塞西莉亚的家庭教师。他作为跟统治者关系紧密的人士而得以获选。
但圣吉尔反对由此人担任大主教。对于占据法国南部图卢兹和普罗旺斯的圣吉尔来说，德罗的上任无异于法国北部势力的胜利。
但圣吉尔的反对并未影响耶路撒冷大主教的选举结果。当这一问题解决之后，下面就是谁来担任耶路撒冷国王的问题了。
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