尼西亚是君士坦丁大帝最初召开基督教公会议的地方，在古罗马时代就是著名的古城。此城有完备的防御体系，6公里长的城墙将城市完全包围。
拜占庭帝国统治下的尼西亚居民多为希腊人，但在伊斯兰化300年之后，和中东地区一样，基督徒已经沦为二等公民。他们不能坐车或骑马，也被完全禁止携带武器。尽管如此，基督徒数量仍然很多。
这一时期的小亚细亚的统治阶层是塞尔柱突厥人，而城市的主要居民则是希腊人。尼西亚的情况便是如此。
尼西亚的领主阿尔斯兰得知诸侯接近的消息后，第一反应是拜占庭皇帝又像往常一样派遣法兰克人雇佣兵，试图夺回旧土。在他看来，这是不可能实现的。阿尔斯兰没有料到的是，法兰克人带着宗教狂热扑向自己的首都。
而此时的十字军并不关心是否能占领这座首都，他们只是朝着尼西亚的方向进军。在沿着从小亚细亚西北部向东南部延伸的未知道路进发的过程中，他们需要保证的是一路上没有后顾之忧。而尼西亚就是这条道路的出发点。
4月26日，两支十字军部队首先开始向尼西亚进军。第一支是戈德弗鲁瓦率领的洛林军队，沿马尔马拉海海岸，从尼科米迪亚附近经过，到达尼西亚。这支部队在行军途中遇到了隐士皮埃尔所率领的贫民十字军的幸存者。
稍后出发的是波埃蒙多率领的南意大利军队。由于波埃蒙多计划与拜占庭海军共同作战，他事先返回了君士坦丁堡。这支军队实际上由丹克雷迪率领。
两支部队在5月6日到达尼西亚城下，准备围攻这座城市。
两军在城下分别列阵。其中戈德弗鲁瓦的军队在北侧城墙下，丹克雷迪的军队在东侧城墙下。5月13日，波埃蒙多返回了自己的部队。
三天以后的5月16日，圣吉尔率领法国南部军队也来到了尼西亚。他的军队在城南布下战阵，其中包括弗兰德斯伯爵率领的500骑兵。
至于6月3日到达尼西亚的诺曼底公爵和布洛瓦伯爵是否参加了攻城战，从目前的资料来看无从知晓。他们可能还沉溺在对君士坦丁堡的赞叹之中。
在唯一没有被包围的城西一侧，城墙正面对着一片湖泊，防御薄弱。湖泊通往不远处的马尔马拉海，因此这一侧的进攻由拜占庭海军负责。拜占庭军队主要是海军，并担负着军粮供应的任务。皇帝自己也渡过了博斯普鲁斯海峡，驻跸在诸侯后方的前线基地帕加马。
虽然诸侯的十字军都是西欧军队的精锐，但是他们并未携带任何攻城武器。如果直接攻击面前坚固的城防，会给自己的部众造成巨大的损失。在前两路诸侯等待圣吉尔的4天之内，突厥人在尼西亚的守备部队在城主不在的情况下，意志坚定地在城墙上防守，密切注视着城下十字军的一举一动。
5月21日，与达尼斯蒙德休战的阿尔斯兰亲率一万突厥骑兵回师尼西亚。由于城中尚有他怀孕的妻子，这位年轻的突厥骑士抱着必死之心投入战场。
突厥军队从南边赶来，首先面对的是城南圣吉尔的部队。
圣吉尔没有料到背后突然出现敌人，因此其中弗兰德斯伯爵的军队刚一遭遇突厥骑兵就陷入了苦战。但随着戈德弗鲁瓦和鲍德温，以及波埃蒙多和丹克雷迪的赶来，西欧诸侯与塞尔柱突厥人的第一次战斗以“法兰克人”的胜利而告终。
从两军的牺牲者数目就可以看出这场战斗的激烈。突厥军队中战死者达到4000之众，其余部众逃离了战场，而战胜的诸侯一方，死者也达到2000人。年轻的苏丹阿尔斯兰最终败退。
此后，胜利的西欧诸侯军队将战死的突厥士兵中2000人的头砍下来，其中1000投入尼西亚城中，另1000呈给皇帝阿莱西奥斯一世。由此，十字军的事迹在西欧广为称颂。
关于这段悲惨而残酷的事迹，在近现代西欧研究者笔下，投入城内的人头数量是实际情况的几倍，但他们却没有提及其中另一半送给拜占庭皇帝的人头。
而在伊斯兰史料中，则完全没有此事的记载。
在我看来，关于此事的记载完全有失夸张。在这场惨剧之中，胜者自然记下各种夸大的数字。而对于败者来说，自然不会因强调自身的悲惨而留下任何记载了。(www.xing528.com)
以此事件为例，当历史研究者阅读这类史料时，必须直面的是，为了尽可能接近事实，要做到以下两点：
第一，要有与战争双方没有利害关系的第三方留下的记载。
但在十字军的历史中，没有这样的第三方记载。
第二，要参考有着如实记录的史学传统的民族所留下的记载。
根据我自己的经验，秉承这样传统的国家有两个。其一是文艺复兴时代的威尼斯共和国，其二是古代的罗马帝国。
前者作为商业民族，从其商业贸易开始之初就保持数字记录的真实性；后者则是不同宗教与文化民族结合而成的命运共同体，因此有必要尽可能正确地把握事实情况。在十字军的时代，罗马帝国早已灭亡，而十字军东征与威尼斯共和国并没有多少关系。
而不论有多少突厥士兵的人头被扔进尼西亚城，对城内守军的士气都是巨大的打击。当苏丹阿尔斯兰在战斗结束后败走，死亡的士兵首级又被扔进城内以后，守军士气跌落到极点。拜占庭皇帝阿莱西奥斯一世得知战斗胜利的消息以后，更是抢在各路诸侯之前利用了这一大好时机。
到6月17日，诸侯已经将战死者悉数埋葬，负伤者也都得到了初步的治疗。向尼西亚发起总攻的准备在这一天宣告完成。第二天，十字军准备在北、东、南三个方向同时攻城，计划到日没时分攻陷尼西亚。
在6月18日一早，各路军队整齐列于城下，等待指挥官的攻城命令。
然而就在此时，尼西亚城墙上突然响起呼喊声。众人顺声望去，只见城墙最高处的塔顶缓缓升起了一面拜占庭帝国的国旗。
尼西亚城就这样对拜占庭帝国不战而降了。诸侯对此表示异常愤慨，年轻的丹克雷迪更是狂怒不已。
皇帝阿莱西奥斯一世本来就没有打算靠武力夺回尼西亚。毕竟它是小亚细亚距离君士坦丁堡最近的防卫坚固的都市。其居民大多数是希腊人，信仰拜占庭帝国的国教希腊正教。皇帝相信，和平取得尼西亚之后，这座城市就可以作为从塞尔柱突厥人手中收复小亚细亚的前沿阵地。
因此皇帝从拜占庭军队所围困的城西一侧派遣密使入城。密使提出，在保障包括突厥人和希腊人在内全体居民的安全的前提下，整座城市向帝国投降。
城内守军首领见友军败于法兰克人之手，苏丹本人也仓皇逃走，最终决定为了城内居民的安全，接受皇帝的投降建议。苏丹怀孕中的妻子和新出生不久的孩子，也因此得以在拜占庭军队的护送下，前往君士坦丁堡，作为人质在那里得到安全保证。
诸侯尽管对这一做法愤慨不已，却无法应对早已将尼西亚收入囊中的拜占庭皇帝。他们众人中也无人想在这座城市称王称霸，而是准备继续向东进军。而皇帝则从突厥军队回师的5月21日到总攻尼西亚城的6月18日至28日之间，神不知鬼不觉地占领了尼西亚和周边的地区。当局势明朗之后，他无视诸侯的抗议，也没有做任何解释，只是向诸侯展示了他们在君士坦丁堡所签署的宣誓书。他要求诸侯按照宣誓书中的要求，效忠自己。因此，在皇帝的命令下，原来守城的突厥人被赶走，取而代之的是拜占庭的警备部队。
从这次尼西亚之战开始，不仅是怒不可遏的丹克雷迪，全体诸侯心中都对阿莱西奥斯一世充满了不信任。
但对诸侯来说，皇帝的存在仍然十分必要。从军粮的补给，到对陌生的小亚细亚道路的向导，都需要仰仗皇帝。虽然军粮可以靠在穆斯林地区的掠夺来补给，在小亚细亚的行军路线则必须依赖熟悉本地地形的希腊人开路。而十字军行军的向导都是由皇帝派遣的。
6月26日，诸侯的十字军在希腊人向导的带领下离开了尼西亚。沿着古罗马的大道，他们逐渐深入了小亚细亚内地。
塞尔柱突厥人的大军正等待着这些法兰克人。在尼西亚之战中败退的苏丹阿尔斯兰，成功说服了自己的仇敌达尼斯蒙德派出军队，共同对抗法兰克人的威胁。
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