早期的文学作品往往有不同的版本，在传播的过程中也会产生流变，《吉尔伽美什史诗》也不例外。公元前3000年中期，出现了最早的文字形式的吉尔伽美什神话故事，用苏美尔语写成。根据《苏美尔王表》的记载，吉尔伽美什是乌鲁克城邦第一王朝第五代王（Lugal），生活在约公元前27世纪前期。他在位期间修筑了乌鲁克城墙，击败了基什城邦王阿旮。公元前2371年，萨尔贡建立阿卡德，承袭了大部分苏美尔文化。到乌尔第三王朝兴起的时候，苏美尔文化更加繁荣。吉尔伽美什的传说开始有了清晰的轮廓并逐渐形成了5个单独的故事：吉尔伽美什与基什王阿旮；吉尔伽美什与永生之地；吉尔伽美什和天牛；吉尔伽美什、恩启都和冥界；吉尔伽美什之死。
到了古巴比伦王朝时期，苏美尔时期的各种吉尔伽美什故事和传说被综合在一起，形成了一个主题为吉尔伽美什寻求永生和不朽的完整而统一的故事，并且融合了大洪水的故事。公元前二千纪中后期，新的外来民族如赫梯人、胡里安人、加喜特人进入到两河流域，巴比伦文化得以传播到两河流域以外的地区。这一时期吉尔伽美什史诗在整个近东地区流传。在赫梯、巴勒斯坦、叙利亚地区都出土了史诗不同部分的抄本。到了公元前1300年，一个叫作辛勒乌尼尼（Sinleqquinninni）的书吏整理出了完整版本的《吉尔伽美什史诗》。这一版本被称为标准版本的《吉尔伽美什史诗》。
吉尔伽美什浮雕，现藏于卢浮宫
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《吉尔伽美什史诗》刻于12块泥板之上，前面11块泥板是正文，最后1块泥板是附录。被收藏于亚述古城尼尼微的阿淑尔巴尼帕图书馆之中，现存于大英博物馆。1853年，英国的考古学家莱亚德的同事霍姆兹德·拉萨姆（Hormuzd Rassam）在尼尼微发掘图书馆遗址，发现大量楔形文字泥板，《吉尔伽美什史诗》的泥板就在其中。20年后，大英博物馆工作人员乔治·史密斯在整理泥板时无意间发现《吉尔伽美什史诗》的第十一块泥板，上面记述了和圣经创世纪内容相似的大洪水的故事，史诗的内容第一次呈现在世人面前。之后，亦有与史诗相关的新的泥板陆续出现。
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