虽然《意见》等司法解释及典型案例都强调“依法”对涉疫情犯罪进行从严惩治，司法机关在落实从严惩治刑事政策时总体上并无明显违背罪刑法定原则的内容，但是也有值得进一步思考之处。例如，妨害传染病防治罪的适用有违反罪刑法定原则之嫌。
不同于2003年重症急性呼吸综合征（SARS，本文以下简称“非典”）疫情期间“两高”发布的《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》没有提及妨害传染病防治罪，《意见》激活了该罪名，明确指出针对抗拒疫情防疫措施的行为可以妨害传染病防治罪论处。新冠肺炎和非典都被定性为采取甲类传染病预防、控制措施的乙类传染病，[11]但是因对妨害传染病防治罪中“甲类传染病”的理解不同，导致两次疫情防控期间该罪名的适用情况完全不同。[12]“2003年原卫生部将‘非典’列入法定传染病，但未明确为甲类传染病或者按照甲类传染病管理，导致适用妨害传染病防治罪存在障碍。”[13]非典疫情期间的主流观点认为，对乙类传染病非典肺炎适用妨害传染病防治罪有违罪刑法定原则。[14]而在新冠肺炎期间，司法机关在“田某某妨害传染病防治案”等典型案例中均以“国家卫生健康委员会宣布对新冠肺炎采取甲类传染病预防、控制措施”为由认定新冠肺炎属于妨害传染病防治罪中的甲类传染病。学者对此也纷纷表示赞同，认为“应当激活该罪名的威慑效应，为疫情防控发挥作用”，[15]如果沿用2003年的做法可能导致司法机关片面追求适用重罪、判处重刑的倾向，也可能出现要么构成重罪要么不构成犯罪的情况。[16]
本文认为，虽然对新冠肺炎采取甲类传染病预防、控制措施可见其实质危害性接近甲类传染病，但这也不能否定部分妨害疫情防控的行为具有严重的社会危害性，有刑法处罚的必要性，但是在通过刑法追求实质合理性时必须以满足形式合法性为前提。从符合文义的角度来看，将属于乙类传染病的新冠肺炎纳入妨害传染病防治罪中的甲类传染病范围，已经超出了一般人的理解范围。换言之，司法机关对妨害新冠肺炎防治的行为以妨害传染病防治罪论处实际上已经超出了刑法条文的文义边界，作出了罪刑法定原则禁止的类推解释。有观点认为，我国司法解释有“准立法”的性质，部分违背罪刑法定原则的内容也有司法适用的普遍性。[17]但是在人民主权理念的指导下，《立法法》第7条明确规定只有能够代表全体人民意志的全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会有权制定和修改刑法，司法权僭越立法权作出创设性解释扩张刑法适用范围在根本上缺乏正当性，司法实践中具有普遍效力并不能改变这一违法事实，反而有损刑法的权威性和有效性。从另一个角度来说，《刑法》第330条规定妨害传染病防治罪中甲类传染病的具体范围依照《传染病防治法》和国务院有关规定予以确定，刑事司法机关通过解释甲类传染病扩张适用此罪名，在违背了罪刑法定原则的同时也有违刑法谦抑性理念。(www.xing528.com)
也许正是为了避免在发生其他类似的传染病时适用妨害传染病防治罪规制相应的妨害行为再次遭到违反罪刑法定原则的质疑，《刑法修正案（十一）》将《刑法》第330条涉及的传染病范围修改为“引发甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病”。[18]从这一修改内容可知，新冠肺炎防控期间通过司法解释的方式解释甲类传染病进而扩张妨害传染病防治罪适用范围的做法确实值得反思。
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