1993年，欧共体实现向欧盟的转变。欧洲一体化不再局限于经济层面，而增加了政治和外交与安全两根支柱，开始建构欧洲独立的对外政策和安全联盟。德国也逐渐强调德国和欧洲应当在欧洲事务中承担更多责任，以“联系北美与俄罗斯，在雅尔塔体系结束之后，在欧洲建立起新的和平秩序”[35]。与此同时，1993年4月开始，在《俄罗斯联邦外交政策构想》文件中，俄罗斯决定推行“双头鹰”外交，承认俄罗斯与西方国家有一致的利益又存在许多矛盾，甚至对立之处[36]，并开始强调“俄罗斯的大国地位”，对其外交政策进行调整。到了1994年12月，在布达佩斯会议上，俄美就北约东扩问题展开激烈争论，叶利钦严厉批评了西方国家坚持北约东扩的理念，认为“欧洲没有成功摆脱冷战遗产，陷入了一种‘冷和平’的状态”，并警告说，“北约东扩将导致出现两个集团，有重新开始‘冷战’的危险，也有可能使欧洲重新燃起战火。”[37]俄罗斯“一边倒”的战略至此终结。
在上述背景下，德俄安全关系进入了调整期。从德国方面看，在美俄矛盾逐渐凸显的情况下，一方面，德国虽然从原则上坚定站在美国一边，批评俄罗斯阻止北约东扩是“陈旧”的想法，将会导致俄罗斯的孤立；另一方面，德国将欧洲和平置于国家安全利益的最高优先级上，并根深蒂固地认为，欧洲的和平在缺少俄罗斯的情况下是不可能实现的，要是一直罔顾俄罗斯的国家利益，导致反弹，将会对欧洲和平产生极其不利的影响。另外，在德国主张欧盟东扩，从而扩大欧盟影响和德国影响的政策前提下，获得俄罗斯的支持也是非常重要的。因此，为了拉拢俄罗斯，德国也不主张北约过快的扩张，希望美国执行更加温和的对俄政策，并极力在双方之间进行斡旋。
从俄罗斯方面看，尽管感觉到来自西方国家的“背叛感”，认为前期“一边倒”的战略并未为俄罗斯赢得应有的利益和地位，但俄罗斯的最重要安全威胁还是来自不断东扩的北约，希望构建一个“不把俄罗斯排除在外”的没有分界线的统一“大欧洲”，形成有效的欧洲安全保障机制，并以此化解北约东扩的影响，维护俄罗斯在欧洲安全体系中的地位和作用。其实质是向国际社会，尤其是美国表明，欧洲是欧洲人的欧洲，欧洲国家（包括俄罗斯）应该为欧洲安全承担责任[38]，从这个层面来说，这个阶段俄罗斯与德国的欧洲和平秩序构想是较为一致的。此外，在与美国矛盾逐步扩大的时期，俄罗斯一方面加大了与传统盟友和东方国家的联系，但另一方面也希望获得其他西方国家的支持，这其中，与俄罗斯一直保持“特殊关系”，尤其在经济关系上维持密切合作的德国，是俄罗斯最重要的西部伙伴之一。
因此，在这个阶段，德俄双边关系获得了较大的发展。尤其在经济领域和文化领域，双方交流和合作的频率上升，从而增强了一定程度的互信。1997年，德俄双边贸易额达到270亿马克，比前一年增长了12%。此外，德国政府还大力支持对俄直接投资，同样在1997年，通过一项公民框架计划，德国向对俄贸易往来提供了15亿马克的资金支持。此外，德国还为一项鼓励德俄两国企业到对方国家投资的项目提供了10亿马克的支持。其中，有4亿马克已经分配到了具体的投资项目中去。相应地，在1997年3月，“德国经济办公室”在莫斯科设立，这为德国企业，尤其是中小型企业在俄罗斯开展业务提供了相当大的便利和帮助。此外，德国在能源上也开始依靠来自俄罗斯的进口。
在此期间，德国通过补贴、短期和长期信贷等方式为俄罗斯的改革提供了最大的财政援助，并通过塔西斯计划（TACIS）向俄罗斯提供大量技术支持和政策建议，以使俄罗斯尽快完成市场经济体制的改革。(www.xing528.com)
文化方面，俄罗斯和德国积极开展文化交流活动，成为双边关系的一个重要层面。例如在1999年4月27日召开的“波茨坦德俄文化论坛”上，时任德国总统罗曼·赫尔佐克（Roman Herzog）高度评价了德俄在近几年的文化交流频率和质量，认为，“德俄两国密切的文化交流已成为双边外交关系的一个新维度”“德俄之间的文化交流将成为德俄未来交往中的坚实桥梁，两国政治关系可能有高峰有低谷，但这道桥梁却会一直留存。”[39]
政治上，德俄安全关系的良好发展主要表现在德国欢迎俄罗斯参加欧洲事务，俄罗斯也积极予以回应。在这一阶段，俄罗斯与德国建立了双边首脑对话机制，并且促成了俄、德、法三国首脑定期会晤制度（原定每年一次，但事实上只在1998年3月26日在叶卡捷琳堡举行过一次，1999年科索沃战争爆发，该会晤机制中止，并未再恢复）。三国首脑会晤是苏联解体以来俄、德、法三个欧洲大国首脑之间的首次会晤，尽管时间很短，且并未签署任何书面文件，但叶利钦认为，这个“不系领带的外交”为安全、信任奠定了坚实的基础[40]。
与此同时，这阶段的德俄安全关系也时有龃龉。主要体现在对俄罗斯国内事务和欧洲热点事务的不同意见上。例如1994年12月11日爆发的第一次车臣战争，俄罗斯为了维护国家领土完整而使用军事力量的行为遭到了西方国家，包括德国的一致批评。1995年1月5日，欧安组织领导人谴责俄罗斯进攻车臣的行为，并要求俄立刻停止军事行动。在1999年10月5日爆发的第二次车臣战争中，德国更是直指俄罗斯的行为“侵犯人权”“制造人道主义灾难”[41]。此外，在南斯拉夫问题，尤其在科索沃战争时期，德国坚定站在以美国为首的西方国家一边，与俄罗斯矛盾加剧。
总体而言，随着俄罗斯放弃“向西方一边倒”的战略思想，德俄双方在外交理念上的矛盾开始有所显露，尤其在一些涉及俄罗斯传统安全利益的地区冲突中，双方看问题的出发点和处理问题的方式大相径庭。但与此同时，德国依然坚持“没有俄罗斯就不会有欧洲的和平”思想，俄罗斯也希望通过加入“大欧洲”，从而对抗北约的影响，继续在欧洲事务上拥有话语权。因此，这段时间的德俄安全关系依然体现出在矛盾中缓慢向前发展的态势。
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