办理假冒注册商标类案件就必然涉及行政执法机关与公安、检察机关的配合，2001年7月国务院首次制定了《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，最高人民检察院在2006年也联合公安部等部门下发了《关于在行政执法中及时移送涉嫌犯罪案件的意见》，但由于行政执法与刑事司法衔接工作开展较晚，具体到基层，其形式意义仍然大于实质意义，主要存在以下问题。
1.部分行政执法机关存在以罚代刑现象。假冒注册商标现象在现今愈发明显和严重，行政执法机关查处的案件逐年增长，但移送司法机关追究刑事责任的却比较少，表现出“四多四少”的特点，即实际发生多、查处少；查处的案件中，行政处罚多、移送追究刑事责任少；惩处的犯罪分子中，从犯多、主犯少；判处的刑罚中，轻刑缓刑多、重刑实刑少。[5]
2.行政执法机关与司法机关没有配合机制。由于职能分工及查处领域的不同，行政执法机关与司法机关之间缺乏相应的协调配合。一是虽有相关的文件指导两类机关在信息通报、协作配合、制约监督等方面进行协作，但并没有完全形成合力，目前主要还是靠各机关之间的自觉，主动性较差。二是行政执法机关之间某些职责划分不清，影响了对案件的移交。最突出的问题是，行政执法机关移送公安机关的案件得不到及时依法处理，当场移送难以落实，待案件进入公安、检察环节后时过境迁，错过查处的条件、时机，无法重新收集证据。[6]三是进入刑事程序的案件若事实不构成犯罪没有相应的转换程序，以将案件交由行政执法机关处理。(www.xing528.com)
3.检察机关对行政处罚案件监督手段缺乏。在知识产权案件频发的地区，此类案件可能会得到相关部门的重视，从而开展行政执法机关与公检法的定期联席会议等。但在一般地区，往往在进行打击专项工作时相关部门、机关之间才有一定的联系。检察机关作为法律监督机关亦没有渠道了解此类案件的信息，情况通报制度和信息共享平台的设立目标更遥不可及，进而导致检察机关无法掌握立案监督的线索。
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