以上论述是国际政治学和国际法学最终逐渐趋同化的表现之一，将在各自领域内从事最具前景研究工作的学者吸引到一起。此外，随着“冷战”结束，联合国复兴，国际法正享受着来自四面八方的红利。
为什么不止步于此？答案在于制度主义在理论上仍有许多不足。如同所有的国际关系理论，这也是一个公认的片面理论。世界上有很多东西是它无法解释的，有些是它意图解释却难以尽善尽美。它的一些不足之处直接与国际法学者有关。
首先，正如制度主义者自身承认的那样，制度主义理论还不能解释制度如何得以创造以及其怎样、何时发生变化。适用制度主义理论的起点是假设各国在一定程度上有共同的利益，通过合作而产生的预期收益大于成本；在这种情况下，制度的存在将促进各方以上述提到过的方式进行合作。但预期收益在什么时候会超过成本？谁在做这类预测？对于国际法学者而言，这些答案是很重要的。他们用不同方式探寻国际法运作的最佳条件。
这些问题可能被外延到制度中的“理性主义”是否维持主导地位的程度。当人类自觉转型时，当国际关系经历重大变革时，由坚持理性主义所带来的思维惯性可能产生极大的阻碍作用。对国际法学者而言，制度主义的缺陷在于它无法将积极的描述与规范的愿望相联系。国家是需要物质层面还是精神层面的东西其实无关紧要。无论是制度化还是非制度化，系统规定了它们可以得到什么。[82]
其次，制度主义不能解释个体国家之间的关系，无论是国内的还是跨国的，或者是个人间的跨国关系。因此，它不能为概念化和分析调整这些关系的法律提供政治经济理论。这个不足很严重，因为这类领域的法律包括人权法、跨国诉讼和仲裁法、调整国际商事交往的法律。这些法律调整的国内和跨国行为体，在制度主义理论中再度被国家概念吞噬。[83](www.xing528.com)
最后，无论是制度主义还是国际法学都没有考虑，遑论应用“民主和平”现象，即“除了极度例外的情况，民主国家在现代社会不会互相攻击”的现象。[84]这些研究也强有力地表明相关性并非虚假的，存在互惠的和平行为与国家内部社会、政治、经济结构的因果关系。
制度主义的前沿理论强调有必要学习国内政治理论以补充制度主义理论的不足。[85]然而，他们的兴趣仅限于用国内政治因素解释制度创设和变革的未决问题。他们对制度水平和国际合作之间联系的极度强调，使他们无法从系统层面上考虑和平所需要素和无关制度的合作等因素。同时，国际法学者已被霍夫曼主张的要通过跨学科努力实现“人人平等、天下大同”所禁锢。[86]自格劳秀斯以降，国际法学界就难以区分基于不同政体而产生的不同国家类型。这个将“主权国家”作为国际法基本主体的概念，由主权平等和互不干涉的积极规范所支撑。
总之，不管对于国际法与国际机构的相关性和功能的观点是趋同还是相异，主流国际关系理论和国际法学界共用了一套基本的分析假设。这是一种“自上而下”的分析方法，由标准的现实主义假设开始，将不同类型的国家放到一起分析，并借助国际体系施加约束和激励机制。至于这个体系是否包括制度化的行为模式以及是否由国际法和国际组织调整制约，是一个次要的问题。核心在于，“国家行为”的模式是国际体系的“黑盒子”或是“台球”，即国家虽然被视为具有相同的外形和功能，但内在的政体和国家—社会关系却是不透明的。[87]
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