日本个人所得税设立于明治二十年即1887年，由于当时资本积累水平和国民收入水平低下，直到第一次世界大战爆发前，日本所得税仅占当时总税收的10%不到。昭和十五年（1940年）的税制改革以所得税为主，建立了分类所得税和综合所得税，将法人税从所得税中独立出来，至此，日本的个人所得税开始具有现代化形式。第二次世界大战以后，日本的个人所得税税制进一步发展，大致经历了以下几个时期。
（一）战后初期（1946—1949年）
第二次世界大战的惨败给日本带来了经济的混乱，日本财政到了崩溃的边缘。日本一方面面临税收锐减，另一方面面临着巨额的公债和战时需要补偿的债务，日本政府为了挽救日本经济，对个人所得税进行了改革。1947年，日本政府将原来两种所得税（分类所得税和综合所得税）合并为单一的综合所得税，并对资本利得进行了征税。另外，日本政府对劳动所得按较低的税率征收，并允许劳动所得可扣除20%再征税，这一扣除制度一直沿用到现在。在申报纳税制度方面，对工资收入者采取了源泉征收制度。
（二）经济复苏，肖普税制时期（1950—1958年）
随着战后各项改革的深入开展，美国占领军当局看到所有改革都涉及税收领域，并且开始意识到只有推进日本税制全面改革，才能推动日本经济的全面发展。特别是随着“道奇路线”的推进，美国更是感到了税制改革的重要性。于是，1949年5月，美国请哥伦比亚大学教授肖普和另外5名税收问题专家组成使节团来到了日本，开始对日本的税收制度进行全面的考察。经过3个月的调查研究，提出了《肖普使节团日本税制报告书》，统称为“肖普建议”。“肖普建议”成了日本现代税制的起点。在“肖普建议”中，肖普主张建立以直接税为中心的税收制度，并认为为了社会公平，个人所得税应该在整个税制中占核心地位。他特别强调对所得税进行综合课征，建议废除对债券和存款利息实行的源泉征收制度，强调对财产转让过程中的增值进行全额征税，并将原来的20%～85%的14级累进税率简化为20%～55%的8级累进税率。由于形式的变化，1951年以后，日本对“肖普建议”进行了全面的修改，对所得税进行减税，提高各种所得的扣除标准，又建立了新的所得扣除项目，并修改了所得税税率，改为15%～65%的11级累进税率。从1955年开始，日本在历史上首次对利息收入实行全部免税，恢复对红利所得的源泉征税，废除对有价证券的资本利得征税。
（三）经济高速发展时期（1959—1989年）(www.xing528.com)
1959年，日本进入了经济的高速增长时期，综合国力不断增强，为促进经济增长，日本把减税作为政府政策的支柱之一。1971年的“石油危机”后，日本政府根据新形势不断完善税制，1989年的税制改革堪称是20世纪50年代“肖普建议”以来规模最大的税制改革，它以公平、中性、简化为基本理念，顺应国际潮流，着眼老龄化社会，以构筑所得、消费、资产均衡为税收体系的宗旨。在个人所得税方面，对累进度较高的税率进行了结构性的调整，税率由1974年的10.5%～70%的15级距降低到10%～50%的5级级距，同时设立了配偶专项扣除，提高基本生活扣除额和抚养扣除额，大幅下调个人所得税和居民税税率，以此来减轻工薪阶层的税收负担。
（4）经济下滑时期（1990—1994年）
20世纪90年代初，泡沫经济的崩溃标志着日本经济开始下滑。面对经济的恶化，日本国会审议通过了《1994年个人所得税特别减税临时措施法》，该法规定工薪所得者和经营业主可以在按20%的税额扣除和200万日元的定额扣除中选择比较多的金额作为扣除。提高个人所得税的起征点，把基本生活扣除额、配偶扣除额、抚养扣除额从35万日元提高到38万日元。另外，个人居民也把基本生活扣除额、配偶专项扣除额从31万日元提高到33万日元，抚养扣除额从36万日元提高到38万日元。
（五）金融危机时期（1997—1999年）
通过1994年税制改革以及其他经济政策的共同作用，1995年日本经济出现了好转的势头，但受到1997年亚洲金融风暴的影响，日本经济再度停滞不前。面对这样的形势，1999年日本对个人所得税做了大幅度的调整，个人所得税的最高边际税率从50%降到37%，改5级累进税率为10%～37%的4级累进税率，降低居民税率，使个人所得税和居民税的合计最高税率为50%；实施“定率减税”计划，提高不满16岁子女的抚养和扣除标准及16～23岁特定抚养的扣除标准，同时居民税也相应提高了扣除标准。
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