在出齐《十万个为什么》第四版之后，在1995年，少年儿童出版社就开始筹备出版《十万个为什么》第五版。预定的目标是：在1999年出版，迎接新世纪的曙光，同时也为中华人民共和国50诞辰献礼。于是，《十万个为什么》第五版通常被人们称为“新世纪版”。
这一回，《十万个为什么》很多老编辑退休了，编辑部换了新面孔。担任《十万个为什么》新世纪版总策划的是少年儿童出版社副社长李名慈。他是一位思想活跃的人，点子很多，很快就成为我的好朋友。
这时候，少年儿童出版社第三编辑室已经改名为自然科学编辑室，主任为裘树平。岑建强、熊喆萍等成为新一代的《十万个为什么》编辑。
经过4年的努力，应少年儿童出版社之邀，1999年8月23日，我在上海商务印书馆出席了《十万个为什么》新世纪版开机印刷仪式。在那里我与曹燕芳一起合影留念。
1999年8月23日，叶永烈与曹燕芳在上海商务印书馆出席了《十万个为什么》新世纪版开机印刷仪式。
1999年9月15日，少年儿童出版社推出《十万个为什么》第五版，亦即新世纪版。
新世纪版有几大特色：
一是紧凑、简练。新世纪版从“文化大革命”版的21分册、第四版的24分册，缩减为12分册，其中正文11分册，第12分册是索引和资料。
这12分册是数学、物理、化学、动物、植物、人体科学、地球科学、宇宙科学、环境科学、信息科学、工程科学、索引资料。
二是与时俱进，除旧布新。这一版保留原版中的基础科学知识部分，刷新了三分之二的篇幅，新增了环境科学、材料科学、信息科学、基因科学等最前沿的科学知识。内容涉及50多个学科，3 000多个“为什么”，总计300余万字。
三是强调科学家的作用。21位中国科学院和中国工程院院士组成了这部书的编委会，众多著名科学家担任了各分册的主编。总主编是傅鹰教授的高足、原中国科学院院长卢嘉锡。谷超豪、谢希德、干福熹、叶叔华、孙钧、杨福家、陈佳洱、洪国藩等著名科学家加盟新世纪的相关工作。
四是首次设立索引资料分册。书中对每一个“为什么”设立了关键词。读者依照关键词，可以从资料分册查到相关的内容在第几册第几页。
《十万个为什么》新世纪版的缺点，是由于过分追求增加科学技术的最新进展，有些“为什么”显得过分艰深，远离少年儿童的生活。就新增的文章而言，严肃有余，活泼不够，未能保持《十万个为什么》第一版科学小品式轻松亲切、引人入胜的文风。(www.xing528.com)
《十万个为什么》新世纪封面显得大气而典雅。12个分册用不同的色彩，放在一起如同一道彩虹。封面上《十万个为什么》6个大字格外突出。封面下方是这一分册的一个象征性科学图案。缺点是第几分册的阿拉伯数字以及分册的名字太小，不像第四版那样放在右下角方块里那么醒目。
为了降低成本，《十万个为什么》新世纪版仍沿用以往的黑白图片。新世纪的插图大都是科学性、技术性插图，缺乏美感是一憾事。
《十万个为什么》新世纪版的最大优点是由于内容紧凑，所以平装本168元（取“一路发”谐音），这一价格能够为广大读者所接受，使《十万个为什么》在激烈的市场竞争中得以“飞入寻常百姓家”。
最使少年儿童出版社有着“成就感”的是，由于这时距《十万个为什么》第一版出版已经有38年，已经培养了一代又一代的读者。在这些读者之中，甚至有的成为著名科学家，成为院士。
作为当年《十万个为什么》读者的中国工程院院士钱七虎，这样回忆道[2]：
科学素养、科学精神不是天生的，是在求知求真的过程中形成的。这种素养和精神的培养要从小开始。在我小时候读过的科普读物中，印象最深刻的就是《十万个为什么》。那时在班上我是团支部书记，曾组织同学们一起读，一起讨论。就是从那时候，从书中的是什么、为什么的讨论中，科学素养、科学精神就逐渐培养起来。
在美国华盛顿州立大学圣路易医院从事基因科学研究的中国留学生王水平也发来电子邮件：
对于我们这一代人来说，那最应该读书的年纪就是最没有书读的年代……从小学到高中，如果还记得读过什么书的话，我想除了那些《三国演义》《红楼梦》《水浒传》以外，就是那几本《十万个为什么》了。
可以说，我们的科学常识，基本上是从那几本《十万个为什么》中来的。已经记不得谁是作者了，肯定是什么“编辑组”或“写作组”之类的，但心中真想向那些无名的，活着的或死了的作者说声“谢谢”。尽管一声谢谢有点词不达意，因为这太不尽心意了，但这确是内心深处的感激之声。是这些无名但有识的老师们，在那个年代将我们这一代人带到了科学的大海边。
留学国外多年后回到上海，在整理旧书时又翻出那几本《十万个为什么》。除了对书的旧情不变以外，看看内容都已经陈旧了。于是想，如果有一套新的《十万个为什么》，能将我们中国的下一代带进21世纪科学的大海边，那该有多好……
《十万个为什么》使几亿中国青少年从中得到科学的滋养，钱七虎和王水平仅仅是其中的两位。《十万个为什么》新世纪版正是王水平所希望的“一套新的《十万个为什么》，能将我们中国的下一代带进21世纪科学的大海边”。
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